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标题: 请问如何判断用cp2k跑结构优化后的得到的结构是合理的 [打印本页]

作者
Author: gehan 时间: 2023-3-3 20:32
标题: 请问如何判断用cp2k跑结构优化后的得到的结构是合理的
本帖最后由 gehan 于 2023-3-3 20:31 编辑

由于我最近在研究Mg2NiH4体系的脱氢性能，想对从Materials Project上下载下来的Mg2NiH4结构先进性结构优化，用的都是OT算法。接下来我有几个问题想请教各位
1.①用cp2k跑结构优化，进行多少步最后四个标准都变成yes才算合理，我这次的例子就是跑了八百多步，耗时过长，用36核跑了将近一周的时间，我怀疑是参数的问题，但我并没有发现问题出在哪，还请各位指正（除了这里的结构优化步骤是八百多步才收敛，其他几个结构优化的结构都是两三百步收敛的）
②最后跑出来的结构我用VESTA和MS打开后都是呈现出被压扁的形状，我还不清楚问题出在哪里，接着我取出结构优化最后一帧的结构拿出来看，结构还是和原始结构变化很大，结构散掉了，还请多多指正。对应的文件为1开头的文件。
2.后来我又去Materials Project下载了另一种空间群的Mg2NiH4结构，重新做了一遍结构优化，这次，我改小了结构优化收敛的四个标准，最后跑出来的结果还是有不小的变化。在此，我有一个疑问，请问结构优化的结果怎么样才能判断最后的结果比较合理呢，对应的文件以2开头
3.我接着又尝试固定了原始结构的Mg和Ni原子，跑了结构优化，时间很短就跑完了，最后的结果我发现Mg和Ni原子还是换了位置。请问，这样跑结构优化固定所有的Mg、Ni原子合理吗？最后的Mg和Ni原子位置发生变化是哪些参数没有设置对吗？对应的文件用3开头表示，也附上了对应的coord坐标信息在3coord.inc文件中
4.我最后用了,multiwfn生成输入文件跑结构优化，和原结构还是有些许变化，我还是没办法确定最后的结构是否合理，对应的文件以4开头。还请各位赐教
在此，2，3，4，对应的初始结构文件都是一样的。我将上述四个问题，对应的输入文件而且将结构优化后的最后一帧结构文件end.xyz附在下方，最后我将对应的初始结构和结构优化的最后结果在MS中的显示图形截图附在word文档中。

作者
Author: gog 时间: 2023-3-4 11:33
看看，是不是每一步离子步能量都收敛了。如果有一个离子步没有收敛，这个结构就可能不合理。

作者
Author: zmjsce 时间: 2023-3-9 00:52
你的1cp2k.inp文件里，为何包含C O H Ti等元素的赝势？另外，Ni在计算的时候是否考虑下加入磁性初猜，最终总磁0。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-9 17:01
这么小晶胞的体系不考虑k点绝对不行

作者
Author: gehan 时间: 2023-3-13 18:57

zmjsce 发表于 2023-3-9 00:52
你的1cp2k.inp文件里，为何包含C O H Ti等元素的赝势？另外，Ni在计算的时候是否考虑下加入磁性初猜，最终 ...

那是之前别人给的模板，我只是改动了里面一部分自己需要的部分。好的，后面会试试磁性初猜

作者
Author: gehan 时间: 2023-3-13 19:00

sobereva 发表于 2023-3-9 17:01
这么小晶胞的体系不考虑k点绝对不行

好的，谢谢社长回答，请问，在结构优化时固定原子的做法是否合理，我是将所有的mg、ni原子固定了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-15 14:08

gehan 发表于 2023-3-13 19:00
好的，谢谢社长回答，请问，在结构优化时固定原子的做法是否合理，我是将所有的mg、ni原子固定了。

如果没有特殊理由就不要固定。另外也不要把MP上的结构当参照标准，本来就是高通量方式自动优化的而不是精确的晶体结构，结构很可能没你优化出来的合理。如果MP上的结构是基本合理的，也没理CP2K在恰当的设定下优化不出来。

作者
Author: gehan 时间: 2023-3-15 17:07

sobereva 发表于 2023-3-15 14:08
如果没有特殊理由就不要固定。另外也不要把MP上的结构当参照标准，本来就是高通量方式自动优化的而不是精 ...

好的，我理解了，谢谢社长

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