公社群聊Q&A整理：2015.06.30 22 ~ 2015.07.10 19 Concate - 计算化学公社

2015.06.30 21:32:33
Q:
高斯的CPMD怎么样？
A:
高斯只有BOMD和ADMP
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2015.06.30 21:38:12
Q:
能提供下“详解gaussian中混合基组，自定义基组..."那篇博文的链接吗，网页上的没有了
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
在博客右上角的搜索栏一搜就能找到
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2015.06.30 21:44:59
Q:
reverse正常结束并且跑到了相应的结构但是forward跑40多步就正常结束退出来了与相应的结构相差有点远（在气相环境中是能够跑出相应的结构，液相中就不行）老师这是怎么了？[图片]
A:
说明有中间体。用forward最后一步结合小步长上限去优化
Q:
谢谢老师[Emoticon]
对不起老师[Emoticon] 弱弱地问一下为什么气相中就能跑完在液相中就不能跑完？
A:
照我说的做，看优化出来是什么结构
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2015.06.30 22:00:48
Q:
请问tddft里的去激发态应该怎么理解
比如36-》39。-0.2332
是说mo由39到36的跃迁吗
A:
这不叫去激发，只不过是组态系数为负而已
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2015.06.30 22:02:09
Q:
[图片]请问下，这样的蛋白质是怎么画的，用的什么软件
VMD里面有PDB（蛋白库）吗
A:
蛋白pdb自行去RCSB数据库下载
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2015.06.30 22:49:35
Q:
各位大神大家好，我是第一次算一个分子的磁化率，看了输出文件的位置眼都花了，不知道该取什么数据好，望各位大神指点一番
A:
[图片]
Q:
,sob老师，我想请问一下，输出文件之后的最后三个有什么区别呢？因为写的都是一样的，但只是后面锁哥的内容不一样，第一个是能量，后面两个呢？还有，这些数据取出来是不是还要做计算呢？比如存在某个公式计算？
A:
都不知道你说的是什么
Q:
是这样的，我是第一次算磁化率，看见输出的这5个Magnetic susceptibility的时候，发现最后三个都是Magnetic susceptibility tensor，但括号的内容却不一样，不太理解，想请教一下@Sobereva
A:
明显单位不一样
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2015.06.30 22:59:06
Q:
高斯本来就不能按在root下
A:
能，我自己机子一直用root
Q:
root下有时候会出问题 sob老师
A:
我没遇到过，一直很正常
王者用root
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2015.06.30 23:06:26
Q:
用#P B3LYP/6-31G(d) Opt freq(noraman)计算如下图分子
[图片]
发现有很多虚频
[图片]
A:
--------Markdown Markdown--------
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
做实验的老师说这个分子存在，有晶体。我正打算让他把晶体发我直接用晶体结构计算频率。大家认为妥当不妥当？
就是苯环很拥挤造成的
我之前手动画出平面了
三本胺不可能是平面
苯
A:
你的体系，先把平面随便哪个二面角扭曲一下再优化，否则会一直限制在平面构型，有虚频是必然的。
由于体系大，建议扭曲过后先用PM6快速初步优化一下再用B3LYP优化
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2015.06.30 23:21:41
Q:
想比较Au-V， Au-O， Ag-V，Ag-O这几个键，为了表现出Au与V成键可以得电子，和O成共价成分很高的键，可以做哪些分析？ 1. Wiberg键级，2. AIM分析。 3. NBO分析里面的NRT。还有更适合的吗？谢谢！
我做了NPA电荷转移的分析
A:
变形密度图可以做做，比较有益
也就是整体的密度减去每个原子的密度，用Multiwfn做很省事
Q:
MultiWfn做东西都比较方便。我选的那几个，是不是都和我说的研究目标密切相关？
A:
对
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2015.06.30 23:34:07
Q:
NBO分析里面的NRT，对一般大一点的团簇都做不出来。看手册说6.0可以算局域的NRT。我刚买了6.0还没有到货，谁有Linux版本的先借用一下？
A:
计算化学公社上有
是GENNBO 6.0
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2015.07.01 00:17:29
Q:
请教大家一个问题 Journal of Physical Chemistry A 文章投稿的参看文献格式是怎样的呢？
A:
所有期刊的投稿要求在网站上都有，网站上没写的地方就随意
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2015.07.01 00:48:55
Q:
[图片]sob老师，我在做分子轨道图的时候，设置最后一项，设置-10.0,5.0 -25.0,5.0 时，程序都闪退了
A:
你输入的是什么？
Q:
-10.0,5.0
A:
把字符敲进去，然后再截图（按回车之前的状态）
Q:
嗯嗯好的
[图片]
还是闪退
A:
你把逗号打成全角了！
关掉输入法再输入
Q:
嗯嗯谢谢老师我在算一次
A:
都是计算机常识问题
Q:
用纯英文的输入法
enen
正常了惭愧的问这种低级问题
没得事，高级问题是在低级问题基础之上出来的
但是这种低级问题不该浪费sob得时间
我觉得有必要在说明书（电子版，网页版）的最开始注意栏里“红色，加粗”写明“请在英文输入状态下操作”
A:
写这些没用，手册第二页的USER MUST READ根本没几个人看
我太清楚大多数使用者的心态了
Q:
我也了解
很少有人像我一样是很喜欢看说明书的人……
约定熟成的东西好不好，而且真正好的软件一般都是老外开发的。Sober的那个除外@Sobereva
A:
比如类似这样一则通知，“xxx培训将于xxx日召开，将讲授xxxxxx，详情见nico-nico-ni.com”
然后肯定有人问，培训多少钱？在哪召开？就是不去看网页！真没辙
Q:
伸手党太多了
给群主做个回答机器人
A:
[图片]
Multiwfn一启动，该干什么都写得这么清楚了，输入例子都给了，可有人就是问接下来怎么办
Q:
我说过的，最好问sob怎么吃饭
我估计是英文，大家一看就头疼
A:
还有人问怎么引用，程序一启动时不就赫然写明了，怎么就不看呢
[图片]
Q:
写中文也没有人看
A:
对
Q:
而且我们对英文不敏感
中文要敏感点
A:
态度问题
Q:
唉，现代社会产物，大家都比较浮躁
A:
还有人问Multiwfn在哪里下载，真是无语
问手册怎么得到
Q:
这种直接无视就可以了，o(∩_∩)o
A:
无视又会显得群主不负责任
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2015.07.01 01:17:39
Q:
请问理论计算的吸收光谱是单峰而实验测得的吸收光谱是双峰，这样的结果合理吗？谢谢
A:
1 尝试其它计算方法
2 把FWHM减小点，看看是否是展宽过度导致的
3 其它：诸如建模、构型、振动耦合的考虑等等
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2015.07.01 01:23:00
Q:
老师怎么理解Atomic-Atomic Spin Densities
A:
这是个矩阵，就是把自旋布居分解成原子的局域贡献（对角元）和原子间的交叉贡献（非对角元）
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2015.07.01 01:37:13
Q:
请问，gaussian BOMD设置temperature 跟pressure是不是都是无效的啊。
temperature 跟pressure在频率计算热力学数据时候试用的
A:
对轨迹计算不会有任何影响
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2015.07.01 01:51:27
Q:
[图片]这应该算凑合的符合美的要求了吧
A:
还可以再简化简化、调整连线规则，比如如果你想着重研究两个片段轨道的混合，可以设定比如同时贡献大于20%才显示连线
虚轨道没必要显示那么多
能量上限设为0或者-1也就够了
Q:
[图片]这个图Multifwn也可以做吗？请问在manual的第几章？@Sobereva
A:
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
手册4.16节也有例子
适当调节加上ps可以做得很好看
[图片]
Q:
[图片]sob 老师标有30%的那个轨道是三个简并轨道吧那个是multiwfn默认判断并画出的还是自己设置的
A:
自行看轨道能量，发现能量很相近，就当成是简并的
Q:
那是在multiwfn里面设置还是ps出来的效果谢谢老师太麻烦老师了
A:
把横杠分隔成三个小横杠是用ps
Q:
[图片]老师如果选四个碎片还能做这种图吗？@Sobereva
A:
CDA可以设无穷多个片段，但这种图一次只能对指定的两个片段来做
Q:
老师跟你问一下做分子轨道图的时候例如ZrC4H6 能不能用做了优化的Zr和c4h6 ,我不懂为什么要用单点的片段，因为仅仅做单点的Zr原子跟它本来的原子轨道差别很大，都找不到那5个d轨道，不知怎么分析
A:
优化完了坐标都和复合物对应不上了，显然不能做CDA
Q:
我只想要分子轨道图不分析CDA
A:
不可能和它原本的原子轨道差别很大。原子轨道的形状是绝对不变的
用不用nosymm只是影响原子轨道的朝向，不会影响形状
只画轨道图就随意了。
Q:
[图片]老师这个上边显示的是是否翻转某一片段的自旋态但我算出的是[图片]翻转整个复合物不知道是否有错
A:
复合物不用翻转
Q:
[图片]出错了
A:
无论是复合物还是片段，只要是开壳层，就问你是否翻转。
高斯算出来是alpha电子数>beta电子数，即没配对儿的是alpha电子。你翻转了，则beta就和alpha交换。
你得保证片段的alpha/beta电子数加和和复合物的一致。
片段1是闭壳层的，显然要么复合物和片段2都翻，要么都不翻，否则显然对不上
Q:
这里的优化是指对配合物，片段1和2都分别进行了优化吗？
“The output files and corresponding input files can be found in "examples\CDA\CH3NH2" folder, the geometry was pre-optimized under B3LYP/6-31G** level.”
A:
否。
只优化了复合物
Q:
怪不得输入文件相应坐标都一致
还有这一段话看的不是很懂
Note that both CH3 and NH2 have 5 alpha and 4 beta electrons, while CH3NH2 has 9 alpha and 9 beta electrons. Evidently, the total numbers of alpha and beta electrons in the two fragments, namely 5+5 and 4+4, does not match the ones of the complex. So, we must flip electron spin of one fragment (either CH3 or NH2). In this example, we will flip electron spin of NH2, i.e. exchanging all information of its alpha and beta electrons.
A:
看中文的
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
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2015.07.01 01:58:34
Q:
因为我的片段2是Zr原子，所以我想着15 16 17 18是不是并列的d轨道，如果是我想保留分析
A:
看轨道图形就知道了
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2015.07.01 02:07:07
Q:
peace 之前做的以水箱为mm部分的时候，mm的能量是负值，这一般是由什么影响的呢？[Emoticon]
A:
你得从结构、特征上考虑为什么为正或者为负。
水做MM时，水的原子之间的范德华吸引、氢键（静电吸引），都会让能量变负
如果你的MM区域是一个比如扭曲得比较厉害的结构，各个键长、键角项之类偏离平衡位置明显，相应的势能就会比较高，可能就为正值。
为正为负都是有可能的。
Q:
嗯嗯,谢谢老师！老师，如果“键长、键角项之类偏离平衡位置明显，相应的势能就会比较高”，同时mm部分能量基本稳定，这样对后续的QM区的操作是不是还会有影响呢
A:
并没什么问题，正值不代表不合理
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2015.07.01 02:58:16
Q:
Multiwfn功能的确强大。哪里有手册呢？
A:
[图片]
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2015.07.01 03:38:23
Q:
请问如何做态密度图？
A:
看你用什么程序，诸如CASTEP，图形界面里直接就有做态密度图的选项。
如果是Gaussian，算完了得到fch文件后用Multiwfn做，见multiwfn手册4.10节的例子
Q:
请问高斯可以计算 Density of states (DOS)
A:
高斯里的TD(SOS)没什么用，这个关键词能干的事Multiwfn都能干
如果是Gaussian，算完了得到fch文件后用Multiwfn做，见multiwfn手册4.10节的例子
Q:
老师请问高斯可以计算 Density of states (DOS)
A:
这已经是第三遍回复了：
如果是Gaussian，算完了得到fch文件后用Multiwfn做，见multiwfn手册4.10节的例子
提问时不要用病句
Q:
老师你好，刚才你说的例子4.1中有 Density of states (DOS) 我没有找到
A:
我说的是4.10节
Q:
老师好，我看了4.10的例子，上面是把片段组合到一起，可以把不同的分子放在一起吗，比如[图片]
A:
你得让multiwfn依次处理不同的分子，分别导出DOS曲线数据，然后自行把几个分子的数据一起弄到origin里作图作到一起
Q:
[图片]我输入3，为啥不显示数据呢
A:
仔细看屏幕提示
往上拉
Q:
[图片]没有数据显示
A:
这不都告诉你导出到哪了么
Q:
老师，高斯如果利用SOS计算γ，那么如果写td(sos)，还需要写什么呢？
老师什么时候能在multiwfn里加入计算γ的功能呢？
A:
高斯里的TD(SOS)没什么用，这个关键词能干的事Multiwfn都能干
现在Multiwfn就能计算gamma
Q:
好的老师
A:
使用Multiwfn基于完全态求和(SOS)方法计算极化率和超极化率
http://sobereva.com/232
Q:
老师，我刚看完，就是没看懂，利用polar=gamma，可以使用multiwfn计算吗？
A:
高斯的polar是利用导数方法来计算alpha,beta和gamma的，Multiwfn是利用SOS方法来计算alpha,beta,gamma和delta的
Q:
[图片]老师，这里所说的三阶导数和二阶导数与对应的理论方法是什么意思呢？
[图片]老师是指这个吗
A:
看这个就够了
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
[图片]
Q:
老师，是不是说，只有利用了这个关键词才能看到结果，否则就不显示？
了解了老师，不过就是看不到四阶导数的结果
A:
高斯计算极化率应当用polar关键词，但是输出信息很难阅读。Multiwfn会读取高斯的polar关键词的输出，将它以非常容易阅读的方式输出出来，并且还顺带着输出很多与之关系密切的量。
高斯用polar=gamma计算gamma的时候所需要的四阶导数是对HF/DFT三阶解析导数进行有限差分得到的
Q:
强烈建议老师把polar=gamma这个关键词加入multiwfn中
A:
这不是一回事，这是高斯的关键词，怎么能加到Multiwfn里？
把帖子里仔细看看，例子照着做做就明白了
Q:
是这样的，老师我希望能够把polar=gamma计算得到的结果能够在multiwfn中直接读出
A:
polar=gamma在输出文件末尾输出的gamma信息还算容易读，也没太大必要再去解析了
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2015.07.01 03:41:14
Q:
sob 老师我看到你有帖子讲怎么看某个分子轨道的轨道图可是如果想看某一片段的某一轨道的轨道图进一步判断这个轨道是什么怎么做的到
A:
你就用Multiwfn打开那个片段单点计算得到的fch文件，用主功能0看即可
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2015.07.01 04:03:28
Q:
请教sob老师为什么高斯里面用opt=readoptimize或者坐标加-1
之后优化了还是会移动？
A:
注意用nosymm，否则会被高斯摆到标准朝向下，看起来好像动了似的
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2015.07.01 04:06:10
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
sci-hub.org替代品有了：sci-hub.club
把之前的.org改成.club即可使用
大家尽量省着用，弄坏了谁都遭殃。
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2015.07.01 04:09:46
Q:
想买服务器，大家给推荐一下呗，最好是能给个卖服务器的电话
A:
找群里的[图片]
电话：13521045896
Q:
谁有保德服务器代理的电话。急用，谢谢！
A:
王殿品就能代理宝德的，他什么品牌都代理
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2015.07.01 04:36:56
Q:
娃娃痛恨为什么高斯把科学计数法弄的那么蠢
A:
不蠢啊
Q:
[图片]老师，excel没办法读取这些数据
A:
把D替换成E
Fortran程序双精度变量习惯输出为D，但大多数程序都只认E
像这样重要的常识性问题在培训班里也会讲
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2015.07.01 04:41:23
Q:
[图片][图片]老师，这两个γ是一回事儿吗
第一个是[图片]
A:
得注意看标题，看清标题就不会搞混。好像标准朝向和输入朝向的结果都会输出一次
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2015.07.01 04:46:31
Q:
老师好，[root chw]# formchk 1234.chk 1234.fchk
Segmentation fault (core dumped)
为什么会出现这样的错误
A:
chk本身有毛病，或者formchk和计算chk时所用的高斯版本不同。如果不属于这两个问题，换个高斯版本再试
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2015.07.01 04:50:36
Q:
[图片]跟大家问一下这是Px轨道吗怎么不像啊
A:
分明是
说px不妥，应该说是一个p轨道
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2015.07.01 04:55:24
Q:
请问老师：若采用NBO 5.0计算的时候，先要用G09得到***.47文件，然后将得到的****.47 文件不修改内容，直接作为GenNBO5.0W的输入文件进行计算的话，默认得到的是什么信息呢？
A:
NPA、NBO、E2
你一试就知道。
Q:
[图片]
[图片]
sob老师，我用.47 文件直接进行NBO分析的时候，生成的NBO文件里面有两部分，计算的是带一个电荷的阳离子，那么两部分那个是我需要的电荷分布的结果呢？
[图片]
[图片]
我不清楚哪个才是我想要的分子的电荷布居
A:
会输出三次，一次是基于总密度的，一次是基于alpha密度的，一次是基于beta密度的。你看基于总密度的那次分析结果就够了
仔细看一遍输出文件就能分清这三次的输出
Q:
Sob 老师我只看到两种
A:
看得不仔细
Q:
对对
是我不仔细
那我是不是只需要看第一个总密度的就行
A:
对
Q:
好的谢谢 sob老师！
Sob老师，下面的轨道信息有两组，请问应该看哪一组的信息呢？
[图片]
[图片]
A:
也是会输出三次，看第一次输出的。第一次输出的BD占据数应当接近2.0
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2015.07.01 05:07:43
Q:
体系都是单重态，D2d 对称性的能量只是比 C1 (没有对称性) 的能量高了 0.08 kcal/mol，这个是不是DFT的误差导致的？
怎么判断基态结构呢？有点不理解。
A:
谁能量低谁就是基态。
但DFT算不到0.1kcal/mol这种数量级的精度，所以当前数据还不足以进行判断。应当多试几种泛函，或者更可靠的方法以确认。
Q:
好的，多谢，Sob老师。
这种情况是不是能说明势能面很平滑？
势井很浅。
结构之间易于相互流动。
A:
没具体体系没法说，不知道你说的这两个结构相差多少
Q:
【潜水】AI(1526784564) 21:07:44
体系都是单重态，D2d 对称性的能量只是比 C1 (没有对称性) 的能量高了 0.08 kcal/mol，这个是不是DFT的误差导致的？
【潜水】AI(1526784564) 21:08:48
怎么判断基态结构呢？有点不理解。
【传说】Sobereva(190258442) 21:10:26
谁能量低谁就是基态。
但DFT算不到0.1kcal/mol这种数量级的精度，所以当前数据还不足以进行判断。应当多试几种泛函，或者更可靠的方法以确认。
to :
我计算的是合金体系，根据Jahn-Teller effect，结构对称性降低必然导致能量下降，高对称性比低对称性的结构能量高大约 0.1kcal/mol，纯泛函和杂化泛函都是如此，是否可以认为就是高对称性是基态了？
A:
再用双杂化泛函试试。并且写上int=ultrafine
如果也是这个结果，大抵是你说的情况
Q:
谢谢指点，还有就是，您建议的双杂化泛函和高精度，把高对称和低对称的能量分开到多少 kcal/mol以内，才能算是高对称是基态？
或者说，如果分开到 2kcal/mol，高对称还能认为是基态吗？
A:
现在算出来的是高对称的能量高，基态是C1。但是能量差太小，不好确认这一点。双杂化精度更高，如果算出来还是高对称性的能量高，哪怕高一点，也是更有力的证据说明C1是基态。
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2015.07.01 05:13:55
Q:
sob老师，我从大连到培训地点，订到北京哪个站的动车啊
A:
请咨询群里的萌君
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2015.07.01 05:38:55
Q:
我用autodock做网上的例子，run autodock这步程序出错，。dlg文件中提示如下：
autodock4: I'm sorry; I can't find or open "hsg1_rigid.maps.fld"
autodock4: FATAL ERROR: autodock4: I'm sorry; I can't find or open "hsg1_rigid.maps.fld"
可是我看了一下，我的文件夹里是有这个文件的.dlg文件包括的内容如下：
Autodock parameter version 4.2.
DPF> outlev 1 # diagnostic output level
Output Level = 1 ADT-COMPATIBLE OUTPUT DURING DOCKING.
DPF> intelec # calculate internal electrostatics
Electrostatic energies will be calculated for all non-bonds between moving atoms.
DPF> seed pid time # seeds for random generator
Random number generator was seeded with values 12968, 1435651141.
DPF> ligand_types A C NA OA N HD # atoms types in ligand
DPF> fld hsg1_rigid.maps.fld # grid_data_file
Real= 0.26, CPU= 0.23, System= 0.00
autodock4: I'm sorry; I can't find or open "hsg1_rigid.maps.fld"
autodock4: FATAL ERROR: autodock4: I'm sorry; I can't find or open "hsg1_rigid.maps.fld"
谢谢指教。
是前面的autogrid有问题吗？
sob老师能看一下我的问题吗？
A:
N年不用autodock几乎都忘了
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2015.07.01 05:51:29
Q:
好的谢谢老师
A:
用matlab，eig(a)就可以得到a矩阵的本征值
比如这么定义矩阵a=[0.0,0.0,-1.0;1.0,0.0,0.0;0.33333,0.66666,0.0]
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2015.07.01 05:54:41
Q:
求教，electronic surface potential map这个用高斯计算的话，在高斯手册哪一块有介绍的
A:
并没有这个词
Q:
老师，electronic surface potential是这个吗？ESP是不是就是它的简写，map应该是作者为了形象加的
A:
ESP=electrostatic potential
一些文章瞎写
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2015.07.01 06:51:59
Q:
我急用一篇Springer的文献，上小木虫求助也没反应，求帮忙，先谢谢啦！
Theoretical investigation of the mechanism for the cycloaddition of CO2 to epoxides catalyzed by a magnesium(II) porphyrin complex. Journal of Molecular Modeling 2015, 21 (7), 1-9.
A:
http://link.springer.com.sci-hub.club/article/10.1007/s00894-015-2733-y
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2015.07.01 07:18:14
Q:
请教sob老师想在高斯的subroutine调用Mol这个common block的话是不是得把下面这个抄到subroutine里面
[图片]
A:
对
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2015.07.01 16:43:41
Q:
请问一下，10%HF的泛函，除了Tpssh，还有哪种？谢谢
A:
不同DFT泛函的HF成份一览
http://sobereva.com/282
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2015.07.01 17:19:45
Q:
请教一个问题：用gview打开fch文件，发现两个相距很远的原子之间成键，怎样修改fch文件才能去掉这个化学键呢？在fch文件中没有找到原子之间的连接信息
应该可以修改fch文件来实现。我是想做分子轨道，所以必须去掉这个错误的连接信息
A:
光靠fch文件没法设
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2015.07.01 17:49:18
Q:
[图片] 这是我做的三重态的zr原子片段的各个轨道图，不是有6个d轨道吗为什么这个只显示有两个而且出现如上的轨道都不知属于什么
奥说错了是5个d 可那个怎么会是dz2,不过z轴啊
A:
只有形状有意义，具体朝着什么轴无所谓。
尤其是你用nosymm的时候，比如px,py,pz轨道，就不会正好朝着笛卡尔轴，而是歪着的，但本质上还是px,py,pz轨道。
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2015.07.01 17:59:25
Q:
[图片]请教一下各位老师，运行gromacs的时候提示这个，应该怎么解决。
谢谢解决了
A:
仔细看前面的提示，到底是什么warning，有的警告是重要的，有的可忽略
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2015.07.01 18:00:14
Q:
跑过渡态的时候可以同时指定两个变量变化吗？[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
A:
找过渡态是所有变量一起变化的，没法制定哪几个变量变化
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2015.07.01 18:05:51
Q:
大家谁跑过一个蛋白和2个小分子的模拟啊？
我想模拟下一个小分子将荧光物质（另一个小分子）从蛋白的口袋中挤出去的过程，这样有意义吗？amber里面能实现吗？
A:
原理上可以实现，也有意义
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2015.07.01 18:09:46
Q:
想对分子中的作用力进行分解，sigma的， pi的，静电的等，如何实现？
想起来有这个程序，试试的
A:
SAPT没法分解sigma、pi，这个用ETS-NOCV大抵可以
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2015.07.01 18:14:14
Q:
老师：您好！把chk转换成fch文件过程中[图片]出现这种提示，我该怎样做呢？这里是要我输入fck文件的保存位置吗？
[图片]
找到转出的fck文件，发现是空的
A:
chk文件有毛病，或者产生你的chk文件用的高斯版本和你的formchk版本不同
Q:
老师：您好！对于chk文件转为Fck文件，我又试了一下，出现的是这种况[图片][图片]。，这个是怎么回事了?
A:
如果其它chk都能正常转换，这个重新算一遍单点再尝试转换
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2015.07.01 18:18:34
Q:
[图片]跑irc的时候可不可以让氮氮双键以二面角旋转的同时让氧甲基单键也以二面角的形式旋转，求大神指点[Emoticon][Emoticon][Emoticon][Emoticon][Emoticon][Emoticon]
A:
同时扫描两个变量即可
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2015.07.01 18:19:10
Q:
大家谁跑过一个蛋白和2个小分子的模拟啊？
我想模拟下一个小分子将荧光物质（另一个小分子）从蛋白的口袋中挤出去的过程，这样有意义吗？amber里面能实现吗？大神们指点下啊
我想模拟下一个小分子将荧光物质（另一个小分子）从蛋白的口袋中挤出去的过程，你见过相关的文献吗？有木有什么指导啊？我最担心的是在处理小分子的时候，同时把两个小分子放到prmtop和inpcrd中，模拟的时候，会不会有问题啊？
或者有哪些需要注意的地方吗？前辈们指导指导啊
A:
不会有问题
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2015.07.01 18:21:23
Q:
请教sob老师：高斯可以做能量分解分析EDA，EDD吗
请教sob老师：高斯可以做能量分解分析EDA，EDD吗
A:
电子密度差(EDD)用Multiwfn做，见
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
EDA高斯没法做，但Multiwfn结合高斯可以做很简单的能量分解，见手册4.100.8节的例子
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2015.07.01 18:34:50
Q:
再请教老师，高斯可以做NCI surfaces和Delocalization Index (DI)吗？有没有类似的分析
再请教sob老师，高斯可以做NCI surfaces和Delocalization Index (DI)吗？有没有类似的分析？
A:
这两个高斯都没法直接做，需要用multiwfn来做
NCI分析
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
DI分析：
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
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2015.07.01 18:38:38
Q:
请问老师gaussview中 [图片]此图中[图片]这一部分指的什么呢图中的值 -1.4444 -0.3294 0.0000代表什么呢？谢谢老师
A:
偶极矩矢量。
拉动那个轴可以调节在图中显示的箭头的长短
Q:
从图中箭头所指的方向就是偶极矩方向吗？
A:
对
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2015.07.01 18:41:25
Q:
好哒，我先去愉快的玩耍下试试，对了，是不是可以用自由能微扰？不过自由能微扰是不是和真实的这种模拟一个分子挤走另一个分子不一样，自由能微扰适合算结合自由能差值，而后者适合模拟这个动态变化[图片]
A:
用不着自由能微扰，你想复杂了
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2015.07.01 18:41:51
Q:
老师跑irc的时候怎么同时指定两个变量看gaussian好像没有相应的关键字求老师指点[Emoticon]
A:
字尽量小一些
希望大家使用的字号最多不要超过12
Q:
老师两个变量怎么指定[Emoticon][Emoticon]
A:
你原先是指定了一个，你再把另一个变量以相同方式指定即可
Q:
老师在irc的输入文件中怎么指定变量[Emoticon] 以前没遇到过这样的情况在网上也没找到[Emoticon] 谢谢老师了
A:
IRC干嘛要指定变量？
从TS结构直接跑就完事了，不要人为设任何限制
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2015.07.01 18:42:55
Q:
谢谢sob老师，Multiwfn需要买吗
A:
just google or 百度
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2015.07.01 19:02:56
Q:
老师，高斯能修改反应温度么？如何修改？
A:
看你具体怎么考察温度对反应的影响。
Q:
我想考虑不同温度下反应的吉布斯自由能，通过反应动力学计算反应过渡态活化能K=Aexp(-Ea/RT) 。就是我如何修改关键词是输入文件在不同温度下的吉布斯自由能。
A:
用temperature指定温度，这样振动分析时输出的吉布斯自由能就是指定温度的
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2015.07.01 19:41:08
Q:
老师好， # opt cis=(nstates=6,root=1)/3-21g geom=connectivity，我用这个算激发态，我要的结果是第一激发垂直态的能量，是这个能量吗[图片]
A:
要垂直激发，你就在优化好的基态结构下写诸如PBE1PBE/6-31G* TD，然后输出文件中你图中这样的信息就是。
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2015.07.01 19:54:25
Q:
sob老师，近期还会有Multiwfn培训班吗
A:
就是8月11~14号的培训班，见www.keinsci.com
第二届波函数分析暨Multiwfn培训班
Q:
sob老师报名满了没有?我们这边一老师有兴趣，我帮忙问问
A:
还没有。随时欢迎报名
Q:
好的，那我把链接发给那个老师，让她自己去报名
可以介绍我们具体都交流哪些吗？
A:
什么意思？是指培训内容？
Q:
[图片]群主不是8月10号开始吗？
A:
刚才写错了，是10号开始
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2015.07.01 21:36:43
Q:
http://www.nature.com/nature/journal/v453/n7195/abs/nature06964.html求助文献呀，自然杂志的都没有权限
A:
用sci-hub.club
Q:
老师，是在后面直接加上吗
A:
见这里的说明
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1378
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2015.07.01 22:24:00
Q:
大家有计算过ECDbands的吗？我在高斯说明书不知道怎么去找这个的输入
A:
直接照常做TDDFT计算，然后用Multiwfn或gview打开输出文件就能看ECD谱
Q:
谢谢sob老师，但是照常做TDDFT计算？我不明白是什么意思？不会怎么去构建一些输入文件，您有什么帖子能借我拜读一下的吗？
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
Q:
请问磁化率和算出来的能量如何转换？用NMR得出的单位是au的数值如何转换为磁化率的μb
A:
根本就没有转换关系
不是一码事
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2015.07.01 22:39:07
A:
用MP2/def2TZVP这种级别的，肯定精度不会差
Q:
如果是bp86/def2tzvp呢
A:
凑凑合合。DFT算磁性质没MP2准确。
Q:
BP86太原始了，有机分子很少用了
偶尔金属体系表现不错
A:
非用DFT，用KT系列泛函比较合适
Q:
老掉牙的方法，最近几年有机根本没见过啊
A:
算很多配合物还是不错的，比B3LYP往往更好
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2015.07.01 23:39:07
Q:
关于电子转移，在一篇文章中看到[图片]，我没看懂，能否解释一下?
图片中ET是尖子转移
电子转移
Design 能否推荐几篇论文
A:
[图片]
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2015.07.01 23:39:24
Q:
谁能给能用的谷歌
A:
https://g.51open.net/?gws_rd=ssl
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2015.07.02 00:02:33
Q:
用Marcus理论来计算电子转移反应活化能，[图片]，[图片]通过您给的解释，我现在明白了，对于[图片]，文献中的计算公式是[图片][图片]，对于这个，我不是很理解，能否解释一下？
A:
一篇文章一个地方看不懂，就多搜搜其它相关资料，多看看就自然明白了
比如这篇2.3节就有详细介绍 mediatum.ub.tum.de/doc/820913/820913.pdf
----------------------------------------------------
2015.07.02 00:21:30
Q:
老师，请问一下，自旋轨道耦合和自旋轨道耦合能是常数的关系吗？
A:
旋轨耦合是一种效应，旋轨耦合能是具体的量，不是一类
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2015.07.02 00:25:37
Q:
老师我在下载multiwfn软件的时候，后来打开应用程序出现这个[图片]
这是什么意思啊
A:
[图片]
昨天下午说完，第二天就...
Q:
我没看到啊?
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
[图片]
Q:
哦，知道啦，谢谢老师，我去看入门资料啦，是我太懒啦[Emoticon]
[图片]
尝试了下，谢谢你啦
对于这个软件可以支持的高斯的输出.OUT文件吗
A:
看那个博文
看完就都明白了
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2015.07.02 01:10:50
Q:
老师好，请教个问题，如果高斯运行加上polar，那么输出的超极化率是下面的值吗， Diagonal vibrational hyperpolarizability:
-0.0000001 -0.5067340 -0.0000097，这三个值代表什么呢
A:
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
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2015.07.02 01:12:59
Q:
请教sob老师，整体结构非平面的程度有没有具体数值表征？plane RMS是吗？如何得到？
A:
网上搜不到就自己写程序搞
Q:
平面性也许可以照着线性回归的做法做做。
A:
也可以把所有二面角偏离0或者180度的数值取绝对值加和然后除以二面角数
----------------------------------------------------
2015.07.02 01:15:05
Q:
不要重复的问一个问题
A:
没错，尤其是刚问完还没一会儿又发一遍
Q:
紧接着这个也是
A:
没时间回答的时候问多少遍也不会回答的
Q:
一直重复问一个问题感觉跟逼债的一样...
A:
恩，逼债是因为对方欠钱，有义务还
完全看不明白，还是发在公社论坛里为宜，QQ这么点窗口一个图都显示不全
----------------------------------------------------
2015.07.02 01:15:11
Q:
老师好，请教个问题
O2的单重态和三重态的能量差，
我算的是４０ｋｃａｌ／ｍｏｌ左右，但是审稿人说实验值是２０多ｋｃａｌ／ｍｏｌ
我查看了下是这样子，我不知道该怎么办，我用gaussian怎么算都是４０ｋｃａｌ／ｍｏｌ左右
A:
肯定有大量文章算过，多看看别人是怎么算的
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2015.07.02 01:20:43
Q:
[图片]http://pan.baidu.com/share/link?shareid=759751855&uk=1074012119我想看看这个，可是不知道是网速原因还是怎么？每次下到一半就下不了了。可以麻烦哪位网速好一点老师帮我下一下吗？谢谢
[图片]
你欠揍啊
在这里
发这个东西
小心老师发怒
A:
没事，本来就是我的帖子里的
Q:
[Emoticon]
A:
这次培训班和上次完全不一样，幻灯片是全新的，而且都是中文的
----------------------------------------------------
2015.07.02 01:25:23
Q:
老师好，我用HF理论算的，当我选1的时候为啥页面自动关闭了呢[图片]
A:
写了#P没有？
Q:
没有写
需要写上吗
A:
帖子里强调了
[图片]
Q:
好的，我再试试
A:
看帖子务必仔细
Q:
好的，谢谢
老师好， #p opt freq hf/3-21g geom=connectivity polar
--------------------------------------------我输入#p了，但还是页面消失
A:
不要写opt freq
多余的关键词一律不要写
----------------------------------------------------
2015.07.02 02:41:35
Q:
sob老师，怎么由chk查看lumo轨道能量啊
不对，怎么由chk查看lumo轨道形状啊
A:
转换成fch，载入Multiwfn，进主功能0，文本窗口上就会显示HOMO、LUMO能量
屏幕上同时会提示LUMO的编号，在图形界面右下角选择相应的轨道编号即可
Q:
我转为fchk文件，高斯看到lumo的轨道形状吗，不会啊
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Q:
老师，怎么用chemcraft查看lumo轨道形状啊
A:
用chemcraft干嘛？multiwfn和gview都能看，论方便、速度明显不如Multiwfn，论效果不如gview或multiwfn+VMD
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2015.07.02 03:39:02
Q:
老师：您好！刚刚在看您写芳香性的帖子，有一句话[图片]，老师请问什么叫通过Bq原子？
[图片]
恩，[Emoticon]，好的，谢谢老师！[Emoticon]
A:
应该叫鬼原子(ghost atom)。虚原子在高斯里用X表示
Q:
老师麻烦您帮我看一下我在高斯里的NICs输入文件，[图片]。我感觉和您说的有些差别。我是错在哪了
我这好像没指定Bq,
A:
关键词并无问题。坐标里用Bq指定NICS的计算位置
PS：scf、test、GIAO都是多余的关键词，不要写
Q:
老师：是否是所有的芳香性计算都要加入虚原子？如果我没指定的话。我这个算的是什么呢？[Emoticon]
A:
是鬼原子，不是虚原子
考察芳香性的方法一大堆，NICS只是其中之一
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
不写鬼原子只是计算普通的NMR
Q:
请问鬼原子bq是怎么应用的，具体有什么用途 @perl高手
A:
counterpoise、使用键函数、计算NICS，都需要用鬼原子
Q:
哦，那如果计算分子间的弱相互作用时，是不是也是要用到鬼原子的？
A:
不用。高斯能直接做counterpoise，一般不用自己手动用鬼原子。
而且弱相互作用计算本身也不是必须用counterpoise校正。
----------------------------------------------------
2015.07.02 03:43:55
Q:
[图片]
请问一下，这个温度指的是什么呢？
A:
只不过是把振动频率换算了一下单位而已，不用管它
Q:
这样
有没有办法知道某一种振动频率在某一温度下发生的概率呢？
A:
没法这么说。每个振动模式即便在0K下也是振动的。只不过升温后处于振动激发态的概率会增高，可以用波尔兹曼分布考察。
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2015.07.02 04:10:07
Q:
请问一下，Gaussian怎么算振动能级呢？用Freq
A:
你先看一些基本资料了解一下分子振动的基础知识为宜
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2015.07.02 04:17:35
Q:
谁有Sobereva关于Multiwfn的帖子的合集啊，能一下子全部直接打印出来那种。求分享，谢谢了。最近一看电脑就头疼，想打印出来看看。谢谢了。
A:
在sobereva.com右面点击
[图片]
可看到汇总
----------------------------------------------------
2015.07.02 04:19:33
Q:
老师，我想请问一下系间窜越几率指的是跃迁几率之和还是选择其中最大的？
A:
“其中”是指的什么其中？
Q:
不是有一次跃迁和二次跃迁嘛。就选哪个？
A:
没听说过
Q:
老师，Landau-Zener公式算出来的跃迁几率，然后算的系间窜越几率
A:
就是这个，二次指什么？
Q:
你稍等，我给你找找
[图片]
[图片]
由Plz计算的Pisc
那意思就是两个之和了？
A:
先看文献14，看具体怎么说，怎么推导的
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2015.07.02 04:40:08
Q:
[图片]sob 老师这句话的意思是两个片段的多重度得保持一致吗还是没有特别的要求
只是用各个片段默认的多重度
A:
没这个要求。应该根据实际情况合理设置。显然这两个都是自由基，所以是0 2
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2015.07.02 04:49:20
Q:
哦，那我问一下sob老师，我现在在计算乙醇分子之间的弱相互作用用mp2/aug-cc-pvdz 这个基组可以吗？
A:
这叫级别(level)
可以，虽然性价比不高
Q:
那比较有性价比的是？
A:
看此文的推荐
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
这种体系，B3LYP-D3或M062X结合6-311+G**优化，然后PWPB95-D3/def2-QZVP算单点。
Q:
我想的就是用DFT-D3的方法来的
[图片]
A:
PWPB95-D3/def2-QZVP不用考虑BSSE问题，此文明确说过
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
Q:
PWPB95-D3/def2-QZVP算单点这个是要ORCA才能实现吧
A:
对
只用高斯的话就按照图中的推荐即可
几何优化用小康级别精度已经完全够了，单点计算能用多高用多高
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2015.07.02 05:06:14
Q:
老师：刚刚拜读了您的一份帖子，关于芳香性的。这里的输入文件[图片]和我之前给您看的这个输入文件（当然您让我把Scf.test,GA··给去了）[图片]。这两个输入文件的区别是？您帖子里说前者是将核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献，后者是直接看正负。是这样的吗？分析芳香性的时候，可以把这两者结合，是吗？
A:
显然计算有问题，总电子数都对不上
Q:
[图片]您这里写了定义Bq原子，但是NICs有两种一种是NICs(0),还有一个还是NICS(1)。在单独的NICs计算中，如果我写[图片]表是的是第一种吗?写[图片]表示的是第二中吗？如果是要核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献，则两个一起写。是这样的吗？
A:
直接写NMR只能得到总的磁屏蔽张量，写上pop=NBO可以将磁屏蔽张量分解成轨道的贡献，这对于更深入地考察问题有益。
比如计算NICS，分解开之后就可以独立考察sigma和pi的贡献，从而研究sigma和pi芳香性。
是
是
这和是否一起写是两码事。NICS(0)和NICS(1)都能分解成sigma和pi的贡献。
----------------------------------------------------
2015.07.02 05:14:05
Q:
[图片]
请问一下……这个振动的序号对应的是什么呢？能级吗？
A:
那些显示的都是低频模式对热力学量和配分函数的贡献
----------------------------------------------------
2015.07.02 05:26:32
Q:
老师：您的这句”是否一起写是两码事。NICS(0)和NICS(1)都能分解成sigma和pi的贡献。“我可以这样理解吗？输入文件的开头
[图片]，Bq原子的定义是这样的[图片]则表示在NICs(0)下进行的磁屏蔽张量分解。而如果是[图片]则表示在NICs(1)下进行的分解。这两个不可以同时进行定义是吗？老师，请您原谅，我的理解能力比较差，怕理解错了，所以.......希望您见谅
A:
你理解没错，可以同时定义，同时写就是两个都分解
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2015.07.02 05:36:10
Q:
NBO的NRT计算，就只是想得到一个键的共价和离子成分，结果有的体系很难算出来。
有人用NBO6.0吗？在高斯的输入里面，pop=nboread和nbo6read会有区别吗？（手头试不了，明天试试应该会知道）。
A:
换个基组或者泛函
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2015.07.02 05:45:11
Q:
请教下氢键和静电能的关系 the disappearance of the hydrogen bonds will weaken the electrostaic interactions.
这种说法基因什么原理呢?
A:
这种说法不太好，虽然也勉强正确。
因为氢键的主要成分是静电作用
Q:
哦那次要成分呢？
A:
色散
Q:
就是范德华作用了
A:
色散是范德华作用的吸引部分
Q:
我记得是说H键比一般范德华作用要强比共价作用弱，也就是介于2者之间了
A:
对
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2015.07.02 06:39:56
Q:
大家好，有谁能帮我看下我的输入文件的错误吗？系统一直提示 Error termination via Lnk1e in /home/pengq//g09/l101.
A:
去掉geom=connectivity
Q:
好的，那个混合基组格式是对的吗》老师
A:
对
Q:
我之前在帖子上看的是要顶格写的
A:
说错了，你写得不对
你都没定义赝势
gen改成genecp，最后写
C H O P 0
6-31g*
****
Sn W 0
LANL2DZ
****
Sn W 0
LANL2DZ
----------------------------------------------------
2015.07.02 07:52:47
Q:
请问一下，表征键级一般用Mayer，但是我算出来的Mayer值高的键在semi-empirical MD中却显得更容易断裂了，这是什么原因呢？
A:
Mayer键级和键的强度并无直接关系。仅对于同类的键的强度有正比关系。
这点在群共享里Bond Order Analysis Based on the Laplacian of Electron Density in Fuzzy Overlap Space有很多例子
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2015.07.02 09:57:04
Q:
走廊一女生拜托我给她买黄瓜，我第一反应是，如果没有黄瓜，香蕉可不可以....还好没说出来.....
A:
买苦瓜
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2015.07.02 11:17:16
Q:
Sob老师，我看了一下那篇Bond Order Analysis Based on the Laplacian of Electron Density in Fuzzy Overlap Space
我想问一下，关于金属配位键，这方面LBO的效果如何？（里面主要都是共价键的情况）
[图片]
测试了一下……大概这个值
A:
不适合配位键
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2015.07.02 16:28:54
Q:
请问nbo分析，alpha轨道有一个bonding beta轨道有三个bonding 这两个原子间的共价键应该怎么分析能对应到单键双键吗
A:
如果不想单独分析alpha和beta，可以在NBO5里用MSPNBO关键词，直接基于总密度矩阵分析
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2015.07.02 17:12:21
Q:
请教大家，我在看文献时有这么一句，Basis sets of quadruple-zeta quality were applied for the 4s, 4p, 4d, and 5s electrons of Ru and Mo,里面的quadruple-zeta quality是什么意思？我在自己的Gaussview中怎么没有找到？
A:
def2QZVP、cc-pVQZ等都属于quadruple-zeta quality
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2015.07.02 17:36:23
Q:
[图片]请问下，我的电子转移怎么这么大，是哪里出错了么？
A:
先用最新版本，如果还这样，确保输入文件无误
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2015.07.02 18:18:47
Q:
想请教大家之前计算芳香性的各种方法评估的那个帖子怎么没有了
A:
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
----------------------------------------------------
2015.07.02 18:28:24
Q:
嗨
A:
不要说意义不明的话
A:
刚同时加入好几个以“理论化学”为验证消息的人，怀疑是不是发广告的
Q:
[Emoticon]
A:
我看得很严
Q:
老师应该给一些人一些踢广告的权力
A:
这倒不必
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2015.07.10 18:19:12
Q:
老师：您好！这个是我在小木虫上看到的自旋电子密度的解释：[图片][图片]这两个，我该信哪个呢？
A:
下面的对
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