计算化学公社

标题: 关于MS的轨迹转化脚本运行速度的探讨 [打印本页]

作者
Author: rdcfm1223 时间: 2023-3-9 09:50
标题: 关于MS的轨迹转化脚本运行速度的探讨
本帖最后由 rdcfm1223 于 2023-3-24 20:25 编辑

请问一下，我看了sob老师的博文http://sobereva.com/143 里面的给的针对粗粒化的转化脚本。
我单独做了两帧粗粒化，然后试运行了一下。导出效果可以在VMD中使用（sob老师大赞

）。所以我就大胆地调用了，去读取我的全文件的轨迹。
然后，就出现了一个问题

。我从昨天上午11点跑到了今天早上9.30。这个脚本还是完全么有停止的迹象。

请教下，这种情况是不是MS程序崩溃了呀。如图，他右下角的计算框一直在转啊转，而且MS的其他选项之类的不可用。左下角还提示我关掉脚本。
（MS没有崩溃，不是程序的问题）

如果不是MS程序的问题的话，我应该怎么提升这个脚本的运行速度呢。
初步的想法是这几个：
1、在外层循环的递增语句上由逐帧转化变为每隔10步转化下；
2、MS有没有限制核心调用之类的设定啊。我感觉MS在跑的时候，我其他应用没有卡顿，应该是核心没有跑满。看了一下任务管理器，MS只调用了我13%左右的cpu，内存调用甚至没有我的edge浏览器调用的多。
（发帖更改：好像有这方面的设定，但是似乎只能在运行MS内置计算时的job control子页里设置，无法在pl脚本的运行中设置？我通过copy script命令复制来一下，但是没有看到相关的cpu核数设定）
（发帖更改：对不起，我好像找到了。Tools-Scripting-Script job 里面可以设置，我再跑跑看）
（我设置了12个核心，反而比1个核心的cpu占比更低了，速度并没有快很多。又跑了一天多了）

之后还想按照论坛里hxd_yi前辈在帖子里给的语法增加一个珠子受力的语句。只有坐标就已经很慢了，再加上受力感觉是不是要跑好久

。

另外，新手提问。是不是其实大家做计算化学，就是要很耐着性子的等待

。
所以，如果速度实在是提升不了，有没有啥方法能够让我至少知道他跑到第几帧了，还大概要等待多久呢。我昨天2帧很快啊。1分钟。我就以为我这个600帧的大概也就10个小时。晚上满怀着期待的心情等了很久

如何将Material_Studio的xtd文件中原子的受力信息导出
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 10903&fromuid=45524
(出处: 计算化学公社)

看了一下，好像perl可以有多线程编程。有会的大佬嘛？请大佬们不吝赐教
（ps：我一开始是以为中间有delay之类的延时设定，想将这个数值减少一下，结果发现老师的脚本里面就是一个嵌套循环，没有设定延时的语句）

(, 下载次数 Times of downloads: 25)

作者
Author: rdcfm1223 时间: 2023-3-11 21:51
本帖最后由 rdcfm1223 于 2023-3-24 14:23 编辑

哈！盲目地等待大神是没有结果的！
我研究了一下文件的状态：脚本一开始运行，就能够产生结果文件。但是在我2帧的试运行轨迹转化脚本运行的时候，等到脚本运行完成之后，这个结果文件才会有内存大小。我猜测了一下，sob老师的代码要一直跑，一直等到所有的数据都在MS的文本图像中写出，才会一股脑地写在创建的trj.txt里面。造成2帧用2分钟，但是600帧跑60小时不出结果的原因，大概是在首先是MS脚本运行界面缓存过多数据（我估计涉及一点写放大），其次还有时间长了笔记本降频

（小小的吐槽一下我的老板让我自备生产力工具）。
带来的其他后果就是：一旦中断就前功尽弃，以及我没法知道现在跑了多少帧，还要等多久。茫然的等待让我很焦虑。
我开始尝试在脚本代码里加入一些，在图1中所示的框里显示当前帧数的命令，以便至少知道自己跑到哪一帧，需要等待多久。但是很快发现。这个命令基本无效。因为，如果不把脚本跑完！，MS是会一直显示待输出数据（如图2!）,根本看不到当前帧数。
所以我做了一个很大胆的改动，我让他每一帧都生成一个文件吧。至少，我知道跑到哪里，即使运行中断可以保留之前的轨迹。还可以通过改framebegin和frameend续跑。啊哈！
改过的aha脚本实测可以每一帧都保留成单独的文件。我自己改了一点，很有成就感，所以，我也在代码里加了自己的名字

。虽然今天看了一点AIMD的公式感觉自己离SOb老师还差得远，但是，留点脚印嘛。

个人总结：1、MS可以先在软件内播放，确定大致的自己需要的轨迹长度。第一次练手，我跑了30000步，50一输出傻傻等转换。
如果不要求分析的话，点击菜单栏“File”—“Export”，选择动画导出的路径。在对话框“保存类型”处选择“Movie Clip（*.avi）”可以导出动画。导出路径不能有中文，会报错。
点开.xtd文件，菜单栏“View”—“Toolbars”—“Animation”，然后就会看到轨迹按钮。
2、我改的脚本是1帧一个文件，我写帖子的时候才想到，我可以分大段跑，这样短一点。当然，一帧一帧导出，数据保存肯定最不容易前功尽弃（自我安慰）
3、接下来要做的是加一个tcl脚本，看能不能傻瓜化把txt文件的格式改成xyz，顺便给VMD加一个一键导入文件夹内部所有轨迹到一个体系的脚本。一个一个改名字，一个一个导入估计也很窒息。或者可以想办法把多帧txt合并成一个txt
4、虽然不用担心数据，可以看到跑到哪里，但是运行速度还是没法保证。不知道啥时候有空再学perl线程吧，现在多线程还看不太懂。

作者
Author: rdcfm1223 时间: 2023-3-23 21:16
本帖最后由 rdcfm1223 于 2023-3-24 16:11 编辑

一、aha使用效果
在使用每一帧都进行单独轨迹导出的方式进行之后，我的程序运行相对良好。可以看到目前进度，并且已经跑完的数据有了较好的保存，可以通过修改脚本的起始帧数来进行续跑。
本次任务我多核1天9H跑完了所有帧。整体数据量超过我之前没有使用aha方式时试图导出的数据量，但是上一次的数据在整体读取完毕之后才会写入txt文件。4天多都没跑完。所以，如果可以的话还是建议单帧跑，单帧记录，再通过其他技术合并。

二、MS脚本运行单多核使用体感
在顶部工具栏中，使用Tool-Scripting-Script Job,可以自主设置运行脚本使用的核数。在单核的情况下，第一帧的运行时间大概是7分钟，但是第二帧的运行时间就出现了CPU降频，20分钟第二帧仍然没有跑完。但是多核虽然同样的数据因为要分配到多核心所以要慢一点，单帧要9分钟左右。但是并不会因为长时间的运行而产生降频的现象。

三、合并多帧txt的外载手段：调用dos命令：type
另外，在CMD控制台中，通过linux命令进入当前项目文件夹。可以通过type *.txt >>D:\merge.txt类似的命令来调用。将多个txt合并为一个完整的txt，完整TXT名字为merge，出现在D盘的根目录里。如果不在输出文件名之前加载D:\的话，就会出现在当前目录下。同时，经过尝试，.txt文件后缀并不是唯一的。我们可以在type命令中直接整合为.xyz文件，即使用type *.txt >>D:\merge.xyz。我也尝试在perl脚本里直接创建.xyz文件，但是不成功。所以，还是不可避免的有一个转换文件的步骤。dos命令type也可以将.xyz文件合并和转化格式。

四、type命令执行顺序问题：需要注意的是type命令会按照首字母排序。按照我缩写的程序，每一帧的文件名为1-201.则在type命令下。他会按照大概1、10、100、101~199、2、20、200、201、21、22……的顺序来排列。所以通常899（可谓非常严谨

）帧以内，只看最后合并的txt，会以为是只合并了1-99的文件。
解决办法有两个：
1、每100个合成一次。比如1-99.100-199这样多次合并后，再将结果文件执行二次合并。
2、我们可以将1命名为001.这个可以通过在脚本里分别提取帧数的百位、十位、个位来命名文件或者进行高位补零，以避免忽略百位和十位上的“0”。

五、type排序问题的解决尝试
1、尝试通过类似print的手段，将New出来的txt名字用%i%i%i来代替。分别通过floor（）和%来求取百、十、个位的数字。然后用New（“%i%i%i.txt”，$hundred,$ten,$one）的命令。哈哈哈，报错了，New只能跟一个参数。
2、因为perl语言的一些问题或者学艺不精，将整形数字$frame通过$name=(“%04d”,$frame);$name=("%04s","frame");等手段转换为高位补零的字符串name，再将name作为新建文件的名字，即New("$name.txt");不太可行。第一帧生成的文件名始终为1.txt
3、最终解决办法是，通过$name="$frame";来将frame数字转化为字符串。然后调用length（）命令来判断$name的长度。然后通过$name="00".$name;和$name="0".$name;两个语句对个位数和十位数的字符串进行补长。狗血的事情发生了。perl不内置switch语句

！如果是常规系统可以使用cpan来增加这个模块。但是，MS里面应该咋加？不知道。只能很丑陋的：if(length($name)==1){}。虽然最后成功了就是了。

六、友情提示
建议应该将这些txt拷贝到单独的盘的根文件夹，不然按照MS的运行逻辑，要进入很多个名字很长很复杂的文件夹，要不停的cd。很痛苦

不妨在磁盘根目录下建立一个专用文件夹，比如我在D:下建立一个名为combine的文件夹。

作者
Author: rdcfm1223 时间: 2023-3-27 16:57
很痛苦。在学Sob老师的分子动力学教程。看到tcl语言里面有这样的命令:
$sel writexyz "[format %05d $num].xyz"
直接完成00000.xyz文件的命名。。我仿照语句在perl里试了一下。不行。

作者
Author: yyqwq 时间: 2024-4-3 09:17
请问楼主解决了计算速度吗？我用脚本计算选择32核但是cpu只占用6，望回复！谢谢

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