计算化学公社

标题: 做Mayer和LBO分析出现的问题求助 [打印本页]

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Author: 楠楠 时间: 2023-3-9 10:04
标题: 做Mayer和LBO分析出现的问题求助
本帖最后由楠楠于 2023-3-9 10:07 编辑

各位老师好我想证明如下分子在处于基态时氨基N周围有孤对电子而处于激发态时孤对电子转移到主链了（已有研究表明）故氨基N周围没有电子或电子密度降低了
想通过帖子http://sobereva.com/380定域化分析计算C-N间的mayer和LBO键级看成键情况分析
但是基于基态的相关C-N键没有输出mayer键级数激发态的输出的mayer数值小于1
请教一下这是什么情况

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-9 16:52
还不如用Multiwfn直接画个激发态和基态间的密度差图（http://sobereva.com/113），或者做空穴-电子分析（http://sobereva.com/434）
Multiwfn算Mayer和LBO键级都需要波函数信息，你只发out文件没意义。具体怎么算的都完整交代清楚

作者
Author: 楠楠 时间: 2023-3-9 19:31
本帖最后由楠楠于 2023-3-10 08:38 编辑

sobereva 发表于 2023-3-9 16:52
还不如用Multiwfn直接画个激发态和基态间的密度差图（http://sobereva.com/113），或者做空穴-电子分析（ht ...

老师我是将opt和td的fchk文件通multiwfn 19-1-9-1 然后输出的mayer键级数值 opt文件没有C-N（氨基）键的键级 td的有但是不到1因为文件太大所以分开上传望老师见谅
另还想问一下基于这个结构优化的时候电荷和自旋多重度是设置为（0，1）还是（2，3）呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-11 23:02

楠楠发表于 2023-3-9 19:31
老师我是将opt和td的fchk文件通multiwfn 19-1-9-1 然后输出的mayer键级数值 opt文件没有C-N（氨基）键的 ...

我不知道你选19-1是什么意思。算键级并不需要做轨道定域化
输出键级的时候屏幕上有明确的提示大于多少的才被输出出来，没显示的数值过小的通过导出的bndmat.txt里看。

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作者
Author: 楠楠 时间: 2023-3-13 08:32
本帖最后由楠楠于 2023-3-13 15:10 编辑

sobereva 发表于 2023-3-11 23:02
我不知道你选19-1是什么意思。算键级并不需要做轨道定域化
输出键级的时候屏幕上有明确的提示大于多少的 ...

谢谢老师
老师学生还想请教一个问题基于以上更改后做mayer分析结果显示无论基态还是激发态的C-N键的mayer键级都在0.97左右都不具有pi键特征但是基于帖子http://sobereva.com/432 3.2例子表征在基于opt时的一个侧链C-N键有pi特征基于td的没有
请问老师这样能否说明基态时N周围是存在孤对电子的，而激发态时没有呢
是否得换别的方法来证明

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-13 21:36

楠楠发表于 2023-3-13 08:32
谢谢老师
老师学生还想请教一个问题基于以上更改后做mayer分析结果显示无论基态还是激发态的C-N键的 ...

不能说明
基态计算时N上有一坨LOL-pi等值面只不过是对定域化轨道特征的误判，不应当算作pi
对于自然轨道描述的激发态波函数，没法做轨道定域化，得到的LOL-pi根本没意义

直接做空穴-电子分析看一下电子激发特征就完了

作者
Author: 楠楠 时间: 2023-3-14 10:07
本帖最后由楠楠于 2023-3-14 10:26 编辑

sobereva 发表于 2023-3-13 21:36
不能说明
基态计算时N上有一坨LOL-pi等值面只不过是对定域化轨道特征的误判，不应当算作pi
对于自然轨 ...

老师学生根据老师的指导做了空穴-电子分析基于td文件表征了S1-S5的CDD
结果显示S1时其中一个侧链N周围有空穴分布 S2时另一个侧链N周围有空穴分布
S3-S5时双侧链N均无电子空穴分布
基态时双侧链N有电子空穴分布
请问老师这意思是激发态时侧链N上的孤对电子转移到主链了呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-14 21:38

楠楠发表于 2023-3-14 10:07
老师学生根据老师的指导做了空穴-电子分析基于td文件表征了S1-S5的CDD
结果显示S1时其中一个侧链N周围 ...

“基态时双侧链N有电子空穴分布” 语义不明。空穴-电子分析是对电子激发而言的

对于S0-S1和S0-S2激发是这样，是典型的n-pi*激发

以后图片直接贴，不要放压缩包里，否则观看麻烦

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