计算化学公社
标题: Windows10 下 安装双系统 Centos 8 stream下VASP6.1.0和MS2019安.... [打印本页]
作者Author: 煎蛋再临长安 时间: 2023-3-9 11:29
标题: Windows10 下 安装双系统 Centos 8 stream下VASP6.1.0和MS2019安....
1.写在前面： 主要是做缺陷材料/新化合物研究的，主要计算能带/态密度/缺陷形成能等，因为需要进行100-1000原子的结构优化和DFT计算，按照sobereva的推荐，自己组了一台AMD单路的电脑。在量子化学群和网络教程上的问题解决了很多问题，有些问题很费时间，所以踩过的坑，大家就看贴跨过去吧！
2.机器配置：
cpu AMD R9 5950x
主板 微星b550m迫击炮
内存 金百达3600 32g*4
固态 金士顿 500g
显卡 任意
机箱 爱国者yogom4pro
电源 微星迫击炮650w
散热 利民360（感谢@瓜皮群主推荐配置，20221111）
3.安装系统：
1）踩坑1 (AMD5950不支持Centos7.X，我下的7.6)
方案：下载系统（直接镜像或者官网下载）+ultraSO制作USB启动盘（UEFI+硬盘GPT格式）安装，微星主板，调整启动项，U盘启动就行
CentOS7 No!!!!!!系统硬件是不识别的，直接放弃
CentOS8 stream YES!!!!!!!硬件识别，但无法安装
问题1：【centOS8安装报started cancel waiting for multipath siblings of sda问题】
解决方案：https://blog.csdn.net/m290345792/article/details/119385505
问题解析：系统找不到U盘的位置，改到他认识的位置就好
2） 踩坑2 （双系统无法打开Centos，开机就进win10）
问题2：安装到最后一步，reboot，完事之后重启直接进入win10，调整启动盘的顺序也无济于事
解决方案：微星开机按F11，选择CentOS8 stream （感谢瓜皮群主的群友@野百合也有春天）
问题解析：UEFI的启动顺序问题
到这一步，已经完成安装，进入系统的设置，见大佬sobereva的b站视频，设置同视频
4.编译VASP
方案：Intel 的编译器最新版安装+VASP编译
踩坑3 ：Intel 的2019和2020版的编译器 不知为何 许可证明都过期了 无法使用
varpro.F(493): catastrophic error: Function return parameter requires SSE register while SSE is disabled.
compilation aborted for varpro.f90 (code 1)
make[2]: *** [makefile:169：varpro.o] 错误 1
make[2]: 离开目录“/sanqiu/vasp.5.4.4/build/std”
cp: 无法获取'vasp' 的文件状态(stat): 没有那个文件或目录解决方案：Makefile.include 中的-xhost 对于AMD的编译 改为 --mAVX，代表用ifort编译出可以用于所有支持AVX指令集的CPU（不限于Intel的）的可执行文件。至少对于ifort 19，-m最高只能支持到AVX。
之后就完美安装了 但随后出现关于GPU的报错 不必理会 按照大神的方法 跑一遍Hg的测试程序 没问题就好
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5.编译Materials Studio + Centos 8 Stream
踩坑6 ：安装很简单，但Centos 的新系统会有缺很多组件，导致安装失败
失败代码：
解决方案：增加系统的命令补丁，参考https://blog.csdn.net/weixin_40069439/article/details/127482541
以上的问题 链接中没有提到，自己摸索得到答案（解决了还是蛮开心的，哈哈哈哈哈哈），运行以下代码可以解决：
sudo yum install tcsh
踩坑6： Windows 端链接Centos服务器，第一次可以，重启Centos后第二次就失败了，报错代码
Error in http test:
Unexpected server gateway error.
Code 408
Description: time out
Tests failed
代码的上半段讲的是连接到服务器主机了，Ping 是通的，所以是链接主机的状态，但连不上端口
解决方案：1.检查http://主机ip:18888/在Centos 的浏览器上能不能打开，打不开说明是MS lunix gateway 的服务没打开
运用以下代码，重启服务，再试试链接，如果还有问题，看2
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2. 如果是http://主机ip:18888/在Centos 的浏览器上能打开，但windows gateway 报错（先refresh gateway 本地的端口，如果通过了进行下一步；如果通不过，重启以下windows里的gateway 服务，再试链接)，说明lunix 的防火墙把软件端口墙了，运行以下代码，关闭防火墙，就success了 （感谢理论计算公社的 @蒙特脱氢脱不掉卡洛 ）
systemctl stop firewalld #开启防火墙
systemctl disable firewalld #禁用防火墙 （不建议）
新人入计算 好难呀 大量的小问题 也许就让我们萌生了退缩的念想 所以感谢前辈的无私分享和排忧解难！
这也是写这个贴子的初衷，大家可以帖子下面贴问题，我可能上的不太勤 看到了我会回复的！
作者Author: anson 时间: 2023-3-10 11:15
同样折腾过装机+编译 深有同感
作者Author: 煎蛋再临长安 时间: 2023-3-16 19:36
确实挺累
作者Author: sun35mr 时间: 2023-3-20 11:28
ubuntu默认不开防火墙的，所以基本装上MS就能打开gateway，CentOS是默认打开防火墙的，省事的话就直接关闭防火墙，也可以挨个将常用的端口加入白名单。
我还没用AMD的cpu通过oneAPI编译VASP，先记下--mAVX，万一以后用AMD的CPU的话就用上了，在这里先谢谢了。
不过锐龙R9 5950x只有16核，你确定要用于100-1000个原子体系的DFT计算吗？
建议楼主趁着现在干劲十足，把PBS也一鼓作气装上，Torque或slurm都可以，有了队列系统，提交任务会方便很多。
作者Author: 煎蛋再临长安 时间: 2023-3-29 11:38
哈哈哈哈哈 感谢解释
100-1000个原子确实费劲 目前没有更多的资金 慢慢算吧 嘿嘿
队列系统还不太会 还是需要继续学习呀！
作者Author: neocc 时间: 2023-9-5 17:42
请问楼主请问各位大佬，materials studio2019在windows里提交job给linux工作站，出现如下报错，请问要如何解决呢？
forcite报错Status:Job incomplete... (sbStatusRemoved)
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dmol3直接报错没有报错日志。
castep报错
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安装没问题，server console测试一切正常，18888端口没问题
作者Author: Pengplus 时间: 2023-11-1 19:32
楼主您好，请教一个问题。我在虚拟机的centos里面安装了ms，http://主机ip:18888/这个页面能打开，但是gateway一直连接不上报错408,。按照您的帖子也关闭了防火墙，可是还是连接不上，想请教一下怎么样“重启一下windows里的gateway 服务”。万分感谢
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