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标题: 眼球晶状体膜和蛋白结合模拟选用什么MD软件合适 [打印本页]

作者
Author: pserimal 时间: 2023-3-9 11:39
标题: 眼球晶状体膜和蛋白结合模拟选用什么MD软件合适
毕业设计老师让研究 α晶体蛋白（alpha-crystallin）和人眼晶状体膜的蛋白质分子动力学，之前没有学习过分子动力学，老师让使用 Amber 来做，但是跟了两个 Amber 的教程（官方教程）以后发现做不出来，数据直接使用教程里的，软件版本一致也不行。在考虑和老师商量改用 GROMACS，感觉 GROMACS 用的人多，教程也更多，不知道可行性如何，没有学习过这方面知识，可能表述存在问题，希望各位能给点建议

作者
Author: ys_song 时间: 2023-3-9 13:33
可以用Amber力场，没有必要用Amber软件，目前分子动力学主流软件是Gromacs和NAMD，支持的模拟技巧多，计算效率也高。

作者
Author: pserimal 时间: 2023-3-9 13:44

ys_song 发表于 2023-3-9 13:33
可以用Amber力场，没有必要用Amber软件，目前分子动力学主流软件是Gromacs和NAMD，支持的模拟技巧多，计算 ...

嗯嗯，感谢，打算今晚和导师商量下

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-9 16:14
用GROMACS是首选
参加今年4月份举办的第12届北京科音分子动力学与GROMACS培训班（介绍见http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）完整系统性学一遍，回来立马直接就能直接上手做了

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