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标题: 多帧文件如何利用multiwfn计算 [打印本页]

作者
Author: chuan437 时间: 2023-3-9 13:14
标题: 多帧文件如何利用multiwfn计算

各位老师好，我请教一个问题。

我用Gaussian对一个有机分子做了柔性扫描得到了一个含有50帧的输出文件。

1.如果我直接将这个输出文件导入multiwfn软件计算分子键级，那么得到的结果对应最后一帧吧。

2.如果我想计算50帧中每一帧结构的键级，请问如何便捷的操作？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-9 16:11
让gview把柔性扫描轨迹的每一帧都转成单独的pdb或mol2文件，然后用类似下文的做法用Multiwfn批量转成gjf格式，分别计算得到chk文件
一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本
http://sobereva.com/530（http://bbs.keinsci.com/thread-16161-1-1.html）

然后写脚本批量调用Multiwfn计算，参考
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

作者
Author: chuan437 时间: 2023-3-9 18:10

sobereva 发表于 2023-3-9 16:11
让gview把柔性扫描轨迹的每一帧都转成单独的pdb或mol2文件，然后用类似下文的做法用Multiwfn批量转成gjf格 ...

社长您好，谢谢你的方法。
这里我还有一个地方想请教你，那个50帧的输出文件是不是已经包含了这所有50帧结构的波函数信息，如果已经已经包含所有帧的波函数信息，能否直接采取某种方法直接利用multiwfn计算，这样可以省去那个“分别计算得到chk文件“的过程。

作者
Author: chuan437 时间: 2023-3-11 15:08
我看了几篇帖子和社长的博文，这种情况合适的做法如下：
1 利用gview6打开柔性扫描的输出文件，选择file - save，点advanced，把save molecule group设成Yes，同时需要鼠标右键 all items——include molecule numbers，这样为每个构型编号，可顺利保存为gjf文件；
2 然后在Gaussian下批量计算所有gjf，得到chk；
3 将chk转fch文件，利用Multiwfn命令行批量处理。

我主要是在第2步有点疑惑，感觉上重新计算一遍所有帧比较耗时，最好是利用最终柔性扫面里已经计算好的波函数。
不过社长没说可以，那估计是不行，耗时就耗点吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-11 23:30

chuan437 发表于 2023-3-11 15:08
我看了几篇帖子和社长的博文，这种情况合适的做法如下：
1 利用gview6打开柔性扫描的输出文件，选择file - ...

这种做法可以

每一帧算一次单点，相对于柔性扫描来说耗时低得多得多，只有N分之一

如果想柔性扫描过程中就把每个点的波函数搞出来，需要自己改源代码并结合非标准路径，参考
自写Link生成Gaussian的IRC任务中每个点的波函数文件
http://sobereva.com/85

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