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标题: 请教velacc算得光谱信息只有较低频部分的可能原因 [打印本页]

作者
Author: Ase 时间: 2023-3-10 12:10
标题: 请教velacc算得光谱信息只有较低频部分的可能原因

请教一个关于GROMACS velacc指令计算模拟体系光谱的问题，已被困扰多时。

我准备计算钠通道过滤器的羰基红外光谱，体系为NaCl溶液，mdp模拟参数文件（如附件所示）中设置模拟时长为300ps，步长（dt）为2fs，坐标（nstxout）、速度（nstvout）和力（nstfout）的输出间隔均设为2fs，模拟前对通道过滤器的羰基原子另建索引组（carbonyl）。

模拟结束后，我参考李老师的方案（https://jerkwin.github.io/2017/0 ... %E5%85%89%E8%B0%B1/），使用以velacc为基础的bsh脚本对结果文件进行处理，选定组即为carbonyl组，得到的光谱如图所示。

光谱频率范围大致为0-40THz。因为前设精度并不低，而所得光谱图线基本只在10THz以下出现，其余区域为相对数值很小的均匀变化非零值，与10THz以下区域的起伏程度有明显不同。因为李老师提到“要计算光谱, 模拟时最好不要使用刚性模拟或者约束, 否则的话, 所得光谱只包含低频部分, 而缺失了高频部分的细节”，我也有专门注意，鉴于是溶液模拟，在mdp文件中只设置了转换氢原子键为约束。

经过多次尝试，光谱信息都是仅位于低频区域，因此我不确定光谱中的峰值频率是否为体系真正的特征频率，也不清楚约束是否需要重新调整，请教一下光谱的计算过程是否存在问题，谢谢！

作者
Author: caiar 时间: 2024-4-1 17:24
您好，请问您的问题解决了吗？我最近也遇到类似的问题了

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