计算化学公社

标题: 求助小分子用GAFF，磷脂双分子层用什么力场比较好 [打印本页]

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-3-10 20:00
标题: 求助小分子用GAFF，磷脂双分子层用什么力场比较好
本帖最后由 tsgyls 于 2023-3-10 22:27 编辑

想在gromacs模拟金属配合物在POPC磷脂双分子层中的运动，请问如果金属配合物用GAFF，那磷脂是用Lipid力场比较好吗（把下载的lipid文件夹放到gromacs/top里就可以用了吗）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-11 22:22
可以用Lipid，但不是唯一选择，也可以用Slipid等其它兼容AMBER/GAFF的力场

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-3-15 22:36

sobereva 发表于 2023-3-11 22:22
可以用Lipid，但不是唯一选择，也可以用Slipid等其它兼容AMBER/GAFF的力场

老师，后续的时候，我发现我的配体（900个原子）用Multiwfn算resp的时候直接闪退了，是不是分子太大的原因

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-16 00:31

tsgyls 发表于 2023-3-15 22:36
老师，后续的时候，我发现我的配体（900个原子）用Multiwfn算resp的时候直接闪退了，是不是分子太大的原 ...

一般配体没那么大的，怀疑你在以明显错误的方式计算
没细节没法说
900原子通常算不动

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-3-16 13:35
本帖最后由 tsgyls 于 2023-3-16 22:27 编辑

sobereva 发表于 2023-3-16 00:31
一般配体没那么大的，怀疑你在以明显错误的方式计算
没细节没法说
900原子通常算不动

谢谢老师
是一个有四个锌离子配位的金属配位四面体笼，M4L6的形式，所以比较大。我试了一下老师您说的IOp(6/33=2,6/42=6) pop=MK，还是会闪退。我再找找其他办法

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-17 02:55

tsgyls 发表于 2023-3-16 13:35
谢谢老师
是一个有四个锌离子配位的金属配位四面体笼，M4L6的形式，所以比较大。我试了一下老师您说的IO ...

Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
里面搜闪退

光是简单地说成闪退没法提供帮助

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-3-17 09:44

sobereva 发表于 2023-3-17 02:55
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
里面搜闪退

谢谢社长
是我操作不够熟练。把iESPcode改成1，就能正常运行了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)