计算化学公社

标题: VMD中用脚本计算回转半径时出错 [打印本页]
作者
Author: 啊哈哈哈    时间: 2023-3-10 20:27
标题: VMD中用脚本计算回转半径时出错
用下面三个脚本计算回转半径时显示invalid command name "1"是什么原因，有没有大神告诉我怎么修改
作者
Author: 丁越    时间: 2023-3-11 11:30
  1. #********PARAMETER*********
  2. set sel "all"
  3. set fileid [open gyration.dat w]
  4. set begframe 0
  5. set endframe -1
  6. set stride 1
  7. #**************************
  8. set selvar [atomselect top $sel]
  9. set nframe [molinfo top get numframes]
  10. if { $endframe == -1 } {set endframe [expr $nframe-1]}
  11. set com [measure center "$selvar" weight mass]
  12. set totmass 0
  13. set sum 0
  14. foreach i [$selvar get mass] {
  15.         set totmass [expr $totmass+$i]
  16. }

  18. for {set i $begframe} {$i<=$endframe} {incr i $stride} {
  19.         foreach j [$selvar get mass] k [$selvar get {x y z}] {
  20.                 $selvar frame $i
  21.                 $selvar update
  22.                 set sum [vecadd $sum [expr $j*[veclength2 [vecsub $k $com]]]]
  23.         }
  24.         puts -nonewline [format "   Now is calculating %i_th frames....\r" $i]
  25.         set gyr [expr sqrt(double($sum)/$totmass)]
  26.         set sum 0
  27.         puts $fileid "$i \t $gyr"
  28. }
  29. close $fileid
复制代码
作者
Author: 啊哈哈哈    时间: 2023-3-12 16:01
丁越 发表于 2023-3-11 11:30

感谢
作者
Author: 花花花    时间: 2024-5-14 18:55
丁越 发表于 2023-3-11 11:30

求问，这段代码放到哪里呀



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