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标题: 求助用cp2k跑周期性结构的MD晶格问题 [打印本页]

作者
Author: chen0201 时间: 2023-3-11 11:19
标题: 求助用cp2k跑周期性结构的MD晶格问题
求助各位老师，我的体系是分子体系加水分子，因为跑MD，因此采用了一个正交晶格，通过multiwfn直接生成的.inp的输入文件，修改参数以后提交cp2k的MD计算，但是跑了一段时间发现生成的.xyz的文件用MS打开并没有包含晶格信息，只是分子结构，请问1：这样的操作是合理正确的吗？如果不是，那应该怎么改cp2k的参数呢？或者说，跑分子加水的MD过程可以不加晶格吗？不加晶格跑出来的结果可信吗？由于目前跑的时间不长，水分子还没有明显变化。附件为输入文件

作者
Author: 王二葛 时间: 2023-3-11 11:46
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xyz 不记录盒子信息

总是问低级问题，显得你很廉价

作者
Author: chen0201 时间: 2023-3-11 15:14

王二葛发表于 2023-3-11 11:46
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xyz 不记录盒子信息

是的，我知道的，那请问cp2k跑了的结构怎么把盒子信息加载出来呢？或者说cp2k计算就是不包含盒子信息吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-11 15:56
用pdb或dcd格式记录的轨迹里就有每一帧的盒子信息。restart文件里有最后一帧的盒子信息，Multiwfn载入时也会在屏幕上显示其中的盒子信息

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