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标题: PACKMOL+MS可以结合仿真吗 [打印本页]

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Author: CCFZDLX 时间: 2023-3-11 17:14
标题: PACKMOL+MS可以结合仿真吗
本帖最后由 CCFZDLX 于 2023-3-11 17:57 编辑

求解大神，纯小白一枚，刚接触分子动力学，想问一下MS可以和packmol结合进行分子动力学模拟吗，看到有的视频里用了VMD有必要下载吗

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Author: 含光君 时间: 2023-3-11 17:49
可以但有更好的选择。
表述应该规范：一般叫分子动力学模拟不叫仿真；VMD不叫VDM；标题格式不正确，应仔细阅读首页公告。
VMD的可视化与后处理功能远比MS灵活；进行分子模拟方面，GROMACS和LAMMPS功能比MS强大得多。

作者
Author: CCFZDLX 时间: 2023-3-11 17:53

含光君发表于 2023-3-11 17:49
可以但有更好的选择。
表述应该规范：一般叫分子动力学模拟不叫仿真；VMD不叫VDM；标题格式不正确，应仔细 ...

好的老师，我会继续学习，谢谢您的答复

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-11 22:32
M$又贵又弱又慢又不灵活，而且越来越显得过时，GROMACS不仅灵活得多，速度还能快一个数量级以上（考虑GPU加速，甚至两个数量级的程度）。如果没有很特殊理由不建议用M$，初学者也不要被M$的全图形界面所吸引，学那个东西没前途。

分子动力学程序的流行程度见下文的统计
2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计
http://sobereva.com/599（http://bbs.keinsci.com/thread-23482-1-1.html）

除非是GROMACS不适合模拟的体系，否则入手分子动力学强烈建议从GROMACS上手开始学。在可视化和后处理方面，VMD有无可替代的关键地位，是必须学的。这些在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里都有全面详细讲解。

作者
Author: CCFZDLX 时间: 2023-3-13 15:18

sobereva 发表于 2023-3-11 22:32
M$又贵又弱又慢又不灵活，而且越来越显得过时，GROMACS不仅灵活得多，速度还能快一个数量级以上（考虑GPU加 ...

sob老师您好，我是进行机械摩擦磨损方面的分子动力学模拟，找了一些文献，感觉有关GROMACS的前例较少，大多数是生物方面，GROMACS适用机械这边吗

作者
Author: zaqxs234 时间: 2023-3-13 15:23

CCFZDLX 发表于 2023-3-13 15:18
sob老师您好，我是进行机械摩擦磨损方面的分子动力学模拟，找了一些文献，感觉有关GROMACS的前例较少，大 ...

还是看具体的体系，如果你这个机械摩擦是金属体系的话，LAMMPS相对比较合适，有相关描述金属的势函数eam、meam等， Gromacs这方面比较劣势。如果是其他材料分子体系，不管是有机、无机，GROMACS和LAMMPS均可

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Author: CCFZDLX 时间: 2023-3-13 16:06

zaqxs234 发表于 2023-3-13 15:23
还是看具体的体系，如果你这个机械摩擦是金属体系的话，LAMMPS相对比较合适，有相关描述金属的势函数eam ...

好的，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-13 21:41

CCFZDLX 发表于 2023-3-13 15:18
sob老师您好，我是进行机械摩擦磨损方面的分子动力学模拟，找了一些文献，感觉有关GROMACS的前例较少，大 ...

看具体什么体系
很多金属都有GROMACS可以支持的对势形式的力场可以不错地描述，在北京科音分子动力学与GROMACS培训班里专门有一部分“金属的模拟”，看http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html里的具体介绍，里面也讲了摩擦之类问题怎么模拟。GROMACS在模拟生物体系方面是长处，但绝不意味着其它方面的模拟是它的短处。GROMACS比LAMMPS速度快多了

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