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标题: 求助乙醇盒子边界分子拉长的问题 [打印本页]

作者
Author: MGET127 时间: 2023-3-11 20:47
标题: 求助乙醇盒子边界分子拉长的问题
新手尝试做一个乙醇盒子的能量最小化。将trr文件载入VMD看轨迹，发现从第二帧开始出现边界分子跨越拉成直线的问题（如下图）。猜测和周期边界条件有关，但是不知道该如何设置，或者是坐标文件出了问题吗？
以下附上我的整个模拟文件，先谢谢各位老师同学。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-11 21:04
不要自己在标题里手写[新手求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-11 21:07
老生常谈的问题。看我的GROMACS培训班的ppt

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Author: MGET127 时间: 2023-3-11 21:25

sobereva 发表于 2023-3-11 21:07
老生常谈的问题。看我的GROMACS培训班的ppt

好的老师，我以后会注意标题的格式，十分感谢。

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