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标题: 求助计算ITO吸附能时SCF不收敛 [打印本页]

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Author: BBH 时间: 2023-3-11 23:21
标题: 求助计算ITO吸附能时SCF不收敛
本帖最后由 BBH 于 2023-4-23 14:42 编辑

各位大佬好，本人刚学MS，有较多不懂的地方，还望海涵，我做的是SO2在ITO（110）面吸附能的计算，结构图如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 34)
建立的真空层厚度为15A，SO2在Sn原子正上方2.4A左右，计算采取P1对称性下广义梯度近似GGA/PBE泛函，kpoint2*2*1、截断能571.4 eV 、SCF cycles100
(, 下载次数 Times of downloads: 34) (, 下载次数 Times of downloads: 34) (, 下载次数 Times of downloads: 37) (, 下载次数 Times of downloads: 34) (, 下载次数 Times of downloads: 35)
单击RUN运行后，弹出如下对话框
(, 下载次数 Times of downloads: 36)
计算文件里的SCF结果如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 33)
想请问一下为什么会出现这种情况，以及如何修改。

重新进行了一次几何优化，只进行了截断能的修改，改至650eV，输出的CASTEP文件如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 36)
[attach]63996[/attach]优化后失败的结构如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 34)
-------------问题分界线--------------------------------
In2O3：SnO2=90%：10%，选取的In2O3的空间群号为206，晶格参数a=10.117A，取（110）面进行掺杂，a=8.898786A,b=8.898786，c=21.648757，In：Sn：O =22：2：36
(, 下载次数 Times of downloads: 32)
进行几何优化，Ecut=700eV,K点选取为2*2*2
输入文件：
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
输出文件： (, 下载次数 Times of downloads: 1)
在输出文件里面SCF还是突然就断掉了，我用的是超算进行计算（不知道从哪看超算的内存），cores提交的是32，想问一下这是为什么，以及如何处理。
第二次提交只改变了cores为48，出现了以下问题：
(, 下载次数 Times of downloads: 36)
同样也是SCF突然停止
输入文件：
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
输出文件：
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
我又提交了第三次，这次是迭代了几次突然提示失败，cores这次选择的是64，去超算上查询作业，该项作业已经停止运行了
(, 下载次数 Times of downloads: 35)
补充材料：
优化前：
(, 下载次数 Times of downloads: 28)
优化后：
(, 下载次数 Times of downloads: 32)
参数设置： (, 下载次数 Times of downloads: 34) (, 下载次数 Times of downloads: 31) (, 下载次数 Times of downloads: 32) (, 下载次数 Times of downloads: 35) (, 下载次数 Times of downloads: 33)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-11 23:30
帖子标题不要乱用叹号，置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。这次给你改了，下次注意

作者
Author: 含光君 时间: 2023-3-12 01:09
看SCF是否有收敛趋势，有则适当加大收敛圈数上限，没有则考虑调整参数。你给的输出文件截图是某个opt步的前几圈SCF，看不出什么有效信息。

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-12 09:48
本帖最后由 BBH 于 2023-3-12 10:34 编辑

含光君发表于 2023-3-12 01:09
看SCF是否有收敛趋势，有则适当加大收敛圈数上限，没有则考虑调整参数。你给的输出文件截图是某个opt步的前 ...

老师，您好，那个图片里面是我输出文件里面最后的几个SCF，输出文件到那里就停止了，应该是不收敛的，能否请您帮我看一下，我以上图片中的参数设置是否正确，以及吸附结构是否正确，麻烦您了，不好意思，或者老师，我能加一下您的联系方式吗，帮我远程操控看一下

作者
Author: DesignChemistry 时间: 2023-3-12 11:22
本帖最后由 DesignChemistry 于 2023-3-12 11:25 编辑

一点个人意见：
1. 结构优化的时候没必要上到Fine级别精度，耗时太长而结构优化对精度并不十分敏感，可能要考虑的是受力的计算别太糙，我之前的类似体系中，medium级别即可达到不错的力收敛效果；
2.断在SCF处，可能是内存爆了或者是MS软件自身时常会出现的输出时的怪bug，可以再跑一次看看内存使用情况，以及在之前的几个SCF末尾有没有什么提示；
3.不确定收不收敛的话可以看看能量的曲线图和判断收敛的曲线图，看看有没有明显怪异的突跃点

按理来说这类都是主族元素的体系不至于SCF不好收敛的；以前用CP2K跑过类似的体系，又快又好

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-12 11:43
本帖最后由 BBH 于 2023-3-12 11:47 编辑

DesignChemistry 发表于 2023-3-12 11:22
一点个人意见：
1. 结构优化的时候没必要上到Fine级别精度，耗时太长而结构优化对精度并不十分敏感，可能 ...

好的，谢谢老师，我的输出文件是保存在D盘的，还有八百多G可以使用，感觉应该不是内存的问题

作者
Author: DesignChemistry 时间: 2023-3-12 16:30

BBH 发表于 2023-3-12 11:43
好的，谢谢老师，我的输出文件是保存在D盘的，还有八百多G可以使用，感觉应该不是内存的问题

分清内存（memory）和硬盘（disk），后者在手机里叫”内存“

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-13 12:13

DesignChemistry 发表于 2023-3-12 16:30
分清内存（memory）和硬盘（disk），后者在手机里叫”内存“

老师，我重新计算了一次，师兄说让我增大截断能，还是失败了，我上传了输出文件，能否麻烦您再帮我看一次，是否是哪里有问题

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-13 12:18

含光君发表于 2023-3-12 01:09
看SCF是否有收敛趋势，有则适当加大收敛圈数上限，没有则考虑调整参数。你给的输出文件截图是某个opt步的前 ...

老师，我新补充了一些资料，能麻烦您在帮我看一下吗

作者
Author: 含光君 时间: 2023-3-13 15:18

BBH 发表于 2023-3-13 12:18
老师，我新补充了一些资料，能麻烦您在帮我看一下吗

我不知为啥这几天看公社总有图片显示不出来，楼上DesignChemistry老师5楼的回答已经比较明确了。
照你后面说的，输出文件就断在SCF第6步，这样的话也不叫SCF不收敛，极有可能是网络、硬件问题导致计算停止了，到了步数上限自动停止SCF迭代才叫不收敛。

对于你的情况，你得看看是不是网络崩了，任务还在服务器上算，但windows端不更新了；还是内存爆了停了。以你交的输出文件来看，没有任何SCF不收敛的情况。

输入文件不用在可视化界面一个个截图，直接给param文件；输出文件也别放word里，原来的对齐都没有了。

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-13 19:19

含光君发表于 2023-3-13 15:18
我不知为啥这几天看公社总有图片显示不出来，楼上DesignChemistry老师5楼的回答已经比较明确了。
照你后 ...

好的，谢谢老师，还想再请问一下，如果不是SCF不收敛的问题，但还是弹出失败的对话框，在Convergence的那个图里，max displacement和max force没有达到水平线以下，我是需要调整吸附结构，还是调大这两个参数（max displacement、max force），以达到几何优化成功呀。

作者
Author: 含光君 时间: 2023-3-13 20:26

BBH 发表于 2023-3-13 19:19
好的，谢谢老师，还想再请问一下，如果不是SCF不收敛的问题，但还是弹出失败的对话框，在Convergence的那 ...

如果确定不是任务意外中断的话，我觉得可能k点取大一点比较好。我不清楚你的晶胞参数，但感觉可取331，不过你这一圈SCF时间快一分钟了可能再提高精度会算得更慢。或者你可以把下面两层原子在开始优化前固定住，一方面促进结构优化收敛，也可以较好地体现体相环境。此外，我觉得像这种体系opt 50步没收敛是正常的，从图中看有收敛趋势完全可以多等等

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-13 20:39

含光君发表于 2023-3-13 20:26
如果确定不是任务意外中断的话，我觉得可能k点取大一点比较好。我不清楚你的晶胞参数，但感觉可取331，不 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-14 18:04
本帖最后由 BBH 于 2023-3-14 18:08 编辑

含光君发表于 2023-3-13 20:26
如果确定不是任务意外中断的话，我觉得可能k点取大一点比较好。我不清楚你的晶胞参数，但感觉可取331，不 ...

老师，您好，我这出现了新的问题，资料已补充至一楼，能否劳烦您帮我看一眼如何处理

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-14 18:04
本帖最后由 BBH 于 2023-3-14 18:08 编辑

DesignChemistry 发表于 2023-3-12 11:22
一点个人意见：
1. 结构优化的时候没必要上到Fine级别精度，耗时太长而结构优化对精度并不十分敏感，可能 ...

老师，您好，我这里出现了新的问题，资料已补充至一楼，能否劳烦您帮我看一眼该如何处理

作者
Author: 含光君 时间: 2023-3-14 20:48

BBH 发表于 2023-3-14 18:04
老师，您好，我这里出现了新的问题，资料已补充至一楼，能否劳烦您帮我看一眼该如何处理

感觉是在超算使用上存在一些问题，这个就没法儿具体地判定哪个环节出错了。而且你给的输入输出文件都是同一份输入文件。

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-14 23:01

含光君发表于 2023-3-14 20:48
感觉是在超算使用上存在一些问题，这个就没法儿具体地判定哪个环节出错了。而且你给的输入输出文件都是同 ...

老师，我之前发现了输入输出文件的问题，后面已经修改过了，如果您有时间，还劳烦您再看一次

作者
Author: DesignChemistry 时间: 2023-3-16 16:58

BBH 发表于 2023-3-14 18:04
老师，您好，我这里出现了新的问题，资料已补充至一楼，能否劳烦您帮我看一眼该如何处理

抱歉这两天忙着干实验qwq
最后的这个新问题不像是计算本身问题，可能是超算问题，这个我没经验（一直都是自装机跑计算）
有个疑问是，你似乎一直执着于提高截断能呢？可以考虑k点的调整，有时用Gamma点会让受力计算粗糙、力震荡而不收敛（个人经验）

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-16 20:26

DesignChemistry 发表于 2023-3-16 16:58
抱歉这两天忙着干实验qwq
最后的这个新问题不像是计算本身问题，可能是超算问题，这个我没经验（一直都 ...

好的，谢谢老师，提高截断能是因为我去问组里面一个也用MS的师兄，师兄说提高截断能试一下，他之前就是靠提高截断能成功的。

作者
Author: DesignChemistry 时间: 2023-3-16 20:51

BBH 发表于 2023-3-16 20:26
好的，谢谢老师，提高截断能是因为我去问组里面一个也用MS的师兄，师兄说提高截断能试一下，他之前就是靠 ...

在我做过类似的主族金属氧化物体系（如In2O3）中，结构优化用收敛性测试得到的值就够用了，基本只微小地影响数值，没遇到过影响SCF和几何优化收敛的，升高并不会有明显增益。

作者
Author: reid 时间: 2023-3-16 23:10
初始结构中，为什么不让SO2躺下？上几天用cp2k算二水合铊，发现如果站着，容易跑散，也不容易收敛；让它们躺下则容易地多

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-20 16:43
本帖最后由 BBH 于 2023-3-20 16:50 编辑

DesignChemistry 发表于 2023-3-16 20:51
在我做过类似的主族金属氧化物体系（如In2O3）中，结构优化用收敛性测试得到的值就够用了，基本只微小地 ...

好的，谢谢老师，最近在忙别的事情，就没有怎么登这个网站，不好意思这个时候才看到消息，同时我也想问一下老师一个问题，就是老师在对In2O3进行的几何优化过程中，有选择自旋或者LDA+U吗，因为我看的一些参考文献里面有用LDA+U去对SnO2进行几何优化，但是Sn和In一样都是主族元素，师兄告诉我对于主族元素不需要用这些去加长计算时间，想问一下，老师是怎么选择的

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-20 16:43

reid 发表于 2023-3-16 23:10
初始结构中，为什么不让SO2躺下？上几天用cp2k算二水合铊，发现如果站着，容易跑散，也不容易收敛；让它们 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: DesignChemistry 时间: 2023-3-21 16:15

BBH 发表于 2023-3-20 16:43
好的，谢谢老师，最近在忙别的事情，就没有怎么登这个网站，不好意思这个时候才看到消息，同时我也想问一 ...

自旋没必要开；+U与否看你后边需不需要进行电子结构的分析，以及多找些文献看看LDA/GGA级别描述的偏差有多大。我当时的体系只算个吸附能和自由能台阶图，就没有加；如果后边需要DOS、能带之类的分析，应该从几何优化就开始加

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-25 17:38

DesignChemistry 发表于 2023-3-21 16:15
自旋没必要开；+U与否看你后边需不需要进行电子结构的分析，以及多找些文献看看LDA/GGA级别描述的偏差有 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-26 10:13

DesignChemistry 发表于 2023-3-21 16:15
自旋没必要开；+U与否看你后边需不需要进行电子结构的分析，以及多找些文献看看LDA/GGA级别描述的偏差有 ...

老师，您好，我还有一个问题想请教一下，就是ITO吸附一般是在较高温度下进行的，在用castep计算吸附能时，可以从哪里修改温度吗，我在网上搜索没有搜索到

作者
Author: DesignChemistry 时间: 2023-3-26 22:11

BBH 发表于 2023-3-26 10:13
老师，您好，我还有一个问题想请教一下，就是ITO吸附一般是在较高温度下进行的，在用castep计算吸附能时 ...

不考虑温度影响的话，算出来的电子能量（E）直接减就行了，算电子能量无法考虑温度
需要考察温度影响的话，建议AIMD

作者
Author: BBH 时间: 2023-3-27 19:30

DesignChemistry 发表于 2023-3-26 22:11
不考虑温度影响的话，算出来的电子能量（E）直接减就行了，算电子能量无法考虑温度
需要考察温度影响的 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: BBH 时间: 2023-4-23 14:32
本帖最后由 BBH 于 2023-4-23 17:10 编辑

DesignChemistry 发表于 2023-3-16 20:51
在我做过类似的主族金属氧化物体系（如In2O3）中，结构优化用收敛性测试得到的值就够用了，基本只微小地 ...

老师，您好，我最近又遇到了一些问题想请教一下您，我再算ITO吸附能计算，首先构建的晶面是In2O3的（100）面，选取的是In终止面，为了不破化化学计量比，所以在切面时top值为0.033，thickness值为1，并且对In原子和O原子均加了U值，分别为3eV和5eV，切出来的面包含8层原子，为极性表面，所以我进行了偶极修正（只是在calculation里勾选了self-consistent），固定了下面的四层原子，真空层厚度为20A，但是在优化前后原子的整体位置进行了移动，想问一下我这种情况正确吗，计算时core选择了32，跑了一天了也之跑出一个点，也能否麻烦您帮我看一下我的参数设置是否正确，同时也想问一下，对于这种极性表面，若不加偶极修正，对计算吸附能、能带结构、PDOS以及mulliken有影响吗？麻烦老师了。
（材料我补充在了一楼）

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