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标题: 读赝势文件给cp2k molden file添加Cell和Nval section [打印本页]

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Author: ykhuang 时间: 2023-3-12 17:59
标题: 读赝势文件给cp2k molden file添加Cell和Nval section
本帖最后由 ykhuang 于 2023-3-14 19:07 编辑

读你本地的cp2k/data/文件夹下赝势文件，之后给cp2k输出的molden文件加[Cell]、[Nval] section，然后顺便还可以调起Multiwfn，当然了你得设置好...（啊突然想起来我一开始只是为了想要做一下双正交化的...又写小程序玩了一下午
调用方式有很多，你可以
1. 在IDE里面打开主动模块，设置moldenFileName = [你的molden文件（含路径）]，也可以
2. 命令行里面> python cp2kMoldenPostProcessingToMultiwfn.py -i [你的molden文件（含路径）]（更多的选项请“--help”）。
程序会读赝势文件然后提取出来价电子处理的电子数量，存成字典，导出json，这样下回就可以再用了。

注意哈，斜杠同时还是个转义符号，所以得转义掉，就像pseudoPotentialPath最后两个“\\”一样（啰嗦给不写程序的人）

# Section: pseudopotentials I/O
pseudoPotentialFile = 'GTH_POTENTIALS' # only GTH_POTENTIALS is supported, for supporting more kinds of pseudopotential files,
# modify _cp2kImportNumOfValenceElectrons.py
pseudoPotentialPath = 'D:\cp2k-2023.1\data\\'
functional = 'PBE'
boolSmallCorePseudoPotential = True
pseudoPotentialDatabaseGenerator = '_cp2kImportNumOfValenceElectrons.py' # what contents you must not change
pPDGPath = 'E:\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\\' # absolute path of _cp2kImportNumOfValenceElectrons.py file
# Section: molden file I/O
moldenFileName = 'F:\***\***\***.molden'
# should include absolute path of your molden file
# however if you also supply another molden file by stdin, then that will be read instead
outMoldenPath = '.\\'
# Section: Multiwfn
multiwfnPath = 'E:\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\\'
boolCallMultiwfn = True

PseudoPotentialFile：读取的赝势文件名
pseudoPotentialPath：赝势文件文件夹路径，推荐是写绝对路径
functional：你DFT用的泛函
boolSmallCorePseudoPotential：考虑到有的元素的赝势分小核和大核，True和False自行选择
pseudoPotentialDatabaseGenerator：读取赝势文件的那个程序，名字没事的话一般不用动，里面内容要动的话一般也是为了支持更多格式的赝势文件
驼峰命名法的好处就是可以肆意在后文缩写，然后缩写pseudoPotentialDatabaseGenerator -> pPDG，
pPDGPath：读赝势文件程序的文件夹路径，同样推荐写绝对路径
moldenFileName：你的molden文件路径，如果你还在命令行调用的时候又提供了新的，那就会默认读那个新的，即设置stdin优先级更高
outMoldenPath：添加[Nval]信息之后新的molden文件放在哪里
multiwfnPath：你安装Multiwfn的地方
boolCallMultiwfn：决定要不要唤起Multiwfn

展示几种调用方式：
1. 目录下没有json文件&以设置moldenFileName变量方式传入molden&不唤起Multiwfn
(, 下载次数 Times of downloads: 12)
2. （刚刚跑了上一run所以）目录下有了json文件&stdin方式传入molden&不唤起Multiwfn
(, 下载次数 Times of downloads: 13)
3. 目录下有了json文件&stdin方式传入molden&唤起Multiwfn
(, 下载次数 Times of downloads: 12)
那就这样，886

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