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标题: 求助：使用gmx_MMPBSA计算能量贡献之前，需要对GPU跑出来的轨迹rerun一下吗 [打印本页]

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Author: Aswau 时间: 2023-3-13 09:32
标题: 求助：使用gmx_MMPBSA计算能量贡献之前，需要对GPU跑出来的轨迹rerun一下吗
本帖最后由 Aswau 于 2023-3-14 14:21 编辑

蛋白质配体复合物模拟，先是用了Gromacs GPU加速跑出了轨迹，然后直接对轨迹进行了周期性校正，再得到了RMSF、RMSD、Rg等结果。
现在想要根据轨迹使用gmx_MMPBSA计算能量贡献，请问需要对GPU跑出来的轨迹进行rerun吗？
如果要rerun的话，rerun的轨迹是周期性校正前还是后的呢？RMSF等结果针对的也该是rerun后的轨迹吗？
谢谢。

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