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标题: 十个糖环的多糖分子结构优化失败求助 [打印本页]

作者
Author: 大王雷 时间: 2023-3-13 11:06
标题: 十个糖环的多糖分子结构优化失败求助
本帖最后由大王雷于 2023-3-13 11:10 编辑

各位老师好，我构建了十个糖环的多糖分子，但是结构优化失败了，麻烦老师指点一下，以下是结构及报错信息 (, 下载次数 Times of downloads: 8)   多糖结构式
(, 下载次数 Times of downloads: 8)   所用基组
(, 下载次数 Times of downloads: 9)   报错信息

作者
Author: snljty2 时间: 2023-3-13 11:54
输入文件的坐标部分有问题，用文本编辑器打开把不需要的部分删了。
不加极化函数的几何优化结果定性不能保证正确，没法要。基组至少用6-31G*。
这里面有各种氢键相互作用等，应该加上EmpiricalDispersion=GD3BJ关键词添加BJ阻尼的D3色散校正优化。
如果没设置Default.Route，截图是你文件的第一行，那你这个任务是单核跑，允许使用的内存也很有限。
弄清这个模型的意义和这个几何优化的含义，这种结构构象非常多，不能随便算一个构象，甚至不确定是极小值还是鞍点，就用来代表整个结构。而且这个构象在水中可能受水的氢键影响很大，可能要加上隐式溶剂模型，甚至必要的地方加显式水优化。

作者
Author: 大王雷 时间: 2023-3-13 14:56

snljty2 发表于 2023-3-13 11:54
输入文件的坐标部分有问题，用文本编辑器打开把不需要的部分删了。
不加极化函数的几何优化结果定性不能保 ...

好的，学习了谢谢您，请问如何知道自己的脚本哪部分有问题需要删除呢

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2023-3-13 17:08

大王雷发表于 2023-3-13 14:56
好的，学习了谢谢您，请问如何知道自己的脚本哪部分有问题需要删除呢

报错告诉你“?s”不是可识别的元素符号，所以你应该打开输入文件找?s

?s是GaussView里悬挂键的符号，所以你编辑结构的时候应该有多余的悬挂键，不应该简单删除，应该找一下是不是编辑错了。

这叫输入文件，不叫脚本。

这糖的结构很不自然，我十分怀疑即使优化出来了能有什么实际意义。

作者
Author: 大王雷 时间: 2023-3-15 22:21

liyuanhe211 发表于 2023-3-13 17:08
报错告诉你“?s”不是可识别的元素符号，所以你应该打开输入文件找?s

?s是GaussView里悬挂键的符号， ...

好的，谢谢您，我再查一下

作者
Author: 天下第一大美女 时间: 2024-2-21 12:48
请问楼主是用什么生成的十个糖环的连接呢？我想将我的十个寡糖连在一起，不知道用什么软件好？
谢谢！

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