计算化学公社

标题: 求问使用gmx_mmpbsa(李继存脚本)的结合能结果分析方法 [打印本页]

作者
Author: LY123 时间: 2023-3-13 15:45
标题: 求问使用gmx_mmpbsa(李继存脚本)的结合能结果分析方法
求问
1、在使用gmx_mmpbsa(李继存脚本)分析蛋白配体复合物结合能后，该怎么分析计算结果
2、计算结果绘图方法
3、如何引用方法至文章
4、此方法是否可行

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-13 21:18
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/上面有充分的教程、引用说明

作者
Author: LY123 时间: 2023-3-16 17:13

sobereva 发表于 2023-3-13 21:18
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/上面有充分的教程、引用说明

您好，感谢回答。
但是我使用的是李继存老师的脚本而不是官方的gmx
并非来自于您给出的网址

作者
Author: LY123 时间: 2023-3-16 17:18
本帖最后由 LY123 于 2023-3-16 17:19 编辑

sobereva 发表于 2023-3-13 21:18
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/上面有充分的教程、引用说明

C:\Users\Administrator\Desktop\COU.png
请问这里的“COU”库伦力是否就是“elec”静电力

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-16 22:29

LY123 发表于 2023-3-16 17:13
您好，感谢回答。
但是我使用的是李继存老师的脚本而不是官方的gmx
并非来自于您给出的网址

极小众程序找原作者问效率最高

GROMACS用户做MMPBSA/MMGBSA没理由不用主流、功能全面、文档和教程详细的https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/。这不叫什么“官方的gmx”，本来这个程序就不是GROMACS官方开发的

作者
Author: LY123 时间: 2023-3-17 09:56

sobereva 发表于 2023-3-16 22:29
极小众程序找原作者问效率最高

GROMACS用户做MMPBSA/MMGBSA没理由不用主流、功能全面、文档和教程详细 ...

好的，感谢

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2023-3-17 14:17

LY123 发表于 2023-3-16 17:18
请问这里的“COU”库伦力是否就是“elec”静电力

我也有这方面的疑问，我也觉得COU应该是ele能量，前提是键合势能忽略不计

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