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标题: 求伯胺分子RNH2酸化变为RNH3+后与金属酸根V4O124-的相互作用怎么在gaussview中建模 [打印本页]

作者
Author: Conan 时间: 2023-3-13 17:12
标题: 求伯胺分子RNH2酸化变为RNH3+后与金属酸根V4O124-的相互作用怎么在gaussview中建模
本帖最后由 Conan 于 2023-3-13 18:09 编辑

求助大家！现在想要通过Gaussian探究RNH3+与V4O124-之间的键的作用强度，但是在gaussview中不知道这两个基团间的键应如何连接。（由于我是这方面小白，我曾经尝试过将这两个基团分别进行结构优化，对伯胺优化时曾分别尝试1.在RNH2的N上多加一个H，改变电荷和自旋多重度进行优化；2.不加H，直接改变电荷和自旋多重度进行优化，由于第2种方法成功收敛，因此就使用第二种结构与V4O124-进行连接，但连接方式查阅文献并没有找到）下面是做的与上述体系相似的RNH3+与H2VO4-形成化合物的两个gaussview的建模，也想请大家看看是否合理。
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作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-13 17:46
仔细阅读http://sobereva.com/414，了解为什么不需要管键怎么连的问题。
另外切忌以哪个计算收敛了为判断哪个结构合理的标准。一定要从化学角度判断这个氢是否存在，例如通过画共振式或者查文献类似体系的方式。有的时候不合理的结构反倒容易收敛，合理的结构反倒不好收敛。

作者
Author: Conan 时间: 2023-3-13 18:08

wzkchem5 发表于 2023-3-13 17:46
仔细阅读http://sobereva.com/414，了解为什么不需要管键怎么连的问题。
另外切忌以哪个计算收敛了为判断 ...

非常感谢老师回答！对于第二个收敛问题我会重新尝试，对于成键问题我明白不需要管键连问题，但是：1.可能对我的初猜结构位置有些影响，因为我曾经试着对V4O124-与(RNH3)+进行一个初猜位置优化，虽然没有收敛，但进入.log文件观察中间结构发现几个分子之间的位置越来越离谱，不明白是不是分子间发生了氢键作用；2.研究过的另一个体系是伯胺RNH2与金属酸H4V4O12之间的氢键作用，在建模上与现在这个体系过于相似，所以一直困惑。所以恳请老师指导解决办法。

作者
Author: Conan 时间: 2023-3-13 18:10

wzkchem5 发表于 2023-3-13 17:46
仔细阅读http://sobereva.com/414，了解为什么不需要管键怎么连的问题。
另外切忌以哪个计算收敛了为判断 ...

已在提问中补充了不收敛的中间结构截图

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-13 18:19

Conan 发表于 2023-3-13 11:08
非常感谢老师回答！对于第二个收敛问题我会重新尝试，对于成键问题我明白不需要管键连问题，但是：1.可能 ...

“过于相似”为什么是个问题？可能本来就应该相似。
位置离谱具体是怎么个离谱法？

作者
Author: Conan 时间: 2023-3-13 18:58

wzkchem5 发表于 2023-3-13 18:19
“过于相似”为什么是个问题？可能本来就应该相似。
位置离谱具体是怎么个离谱法？

就是提问中我新补的那第三张图，如果这样没问题的话那应该就是我的优化问题了，总之非常感谢老师！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-13 20:02

Conan 发表于 2023-3-13 11:58
就是提问中我新补的那第三张图，如果这样没问题的话那应该就是我的优化问题了，总之非常感谢老师！

检查一下电荷和自旋多重度是否设置正确，可能是因为设置不合理导致氨基变成了自由基阳离子

作者
Author: Conan 时间: 2023-3-13 20:40

wzkchem5 发表于 2023-3-13 20:02
检查一下电荷和自旋多重度是否设置正确，可能是因为设置不合理导致氨基变成了自由基阳离子

明白了，再次感谢老师！

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