计算化学公社

标题: 求助：分子动力学在进行能量极小化步骤时，出现报错：Listed nonbonded... [打印本页]

作者
Author: wyxlfw 时间: 2023-3-14 08:53
标题: 求助：分子动力学在进行能量极小化步骤时，出现报错：Listed nonbonded...
各位老师好，我在分子动力学中，进行能量极小化步骤时，出现报错，报错如下：

Listed nonbonded interaction between particles 14786 and 14895 at distance 3.338 which is larger than the table limit 2.200 nm.

==============================================================================

This is likely either a 1，4 interaction, or a listed interaction inside a smaller molecule you are decoupling during a free energy calculation. Since interactions at distances beyond the table cannot be computed, they are skipped until they are inside the table limit again. You will onlyseethis message once, even if it occurs for several interactions IMPORTANT:This should not happen in a stable simulation, so there is D probablysomething wrong with your system. Only change the table-extension distance in the mdp file if you are really sure that is the reason.
===============================================================================

我有在公社中看到和我出现一样问题的帖子，知道是我的拓扑文件出现了问题，但是我反复检查了几遍，依然没法发现问题所在。所以想来求助一下各位老师。
em.mdp文件我用的是师兄用过的原文件，拓扑文件也在附件里面。
小分子的mol2文件用guassianview加氢后保存，保存后用acpype在线网站（https://www.bio2byte.be/acpype/status/xqxlwVdknA）生成的小分子的itp和gro文件，在acpype网站中，Charge Method选择的是user，Multiplicity是1，Net Charge是0，Atom Type为AMBER。
em.mdp文件我用的是师兄用过的原文件，拓扑文件也在附件里面。

希望各位老师能够帮我解决这个报错的问题。

作者
Author: 牧生 时间: 2023-3-14 09:49
本帖最后由牧生于 2023-3-14 10:53 编辑

大概率是结构不合适，这两个氢原子靠有点近，优化结构的过程就有可能造成它们脱掉，你尝试一下把两个氢原子的朝向不同的方向。别的地方可能还有别的不合理的地方。你可以自己先优化一下结构，看看有没有不合理的地方，然后再用sobtop去搞top文件。

同时，VMD打开gro文件时，有提示ERROR) Suspicious pbc side length (a=0 b=0 c=0). Have you forgotten to set the pbc parameters?
ERROR) Suspicious pbc angle (alpha=0 beta=0 gamma=0).

(, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: wyxlfw 时间: 2023-3-14 20:15

牧生发表于 2023-3-14 09:49
大概率是结构不合适，这两个氢原子靠有点近，优化结构的过程就有可能造成它们脱掉，你尝试一下把两个氢原子 ...

谢谢老师！！已经在修改了

作者
Author: wyxlfw 时间: 2023-3-18 11:09

牧生发表于 2023-3-14 09:49
大概率是结构不合适，这两个氢原子靠有点近，优化结构的过程就有可能造成它们脱掉，你尝试一下把两个氢原子 ...

老师好，我更改了小分子的结构以后，还是会出现我提问的这个结果，然后我单独跑了蛋白，发现蛋白质也是显示这样的结果，我就推测是蛋白质的初始结构出了问题，但是我不知道蛋白质的初始结构如何更改，想请教一下老师

作者
Author: 牧生 时间: 2023-3-18 11:41
本帖最后由牧生于 2023-3-18 11:43 编辑

试了下，我把这个小分子放进了一个大的空盒子里面，虽然没有算电荷，但是这个小分子在真空确实是可以跑起来的。

作者
Author: wyxlfw 时间: 2023-3-18 11:55

牧生发表于 2023-3-18 11:41
试了下，我把这个小分子放进了一个大的空盒子里面，虽然没有算电荷，但是这个小分子在真空确实是可以跑起来 ...

那是不是说明是蛋白质的问题，我该如何修改这个问题呢？我看老师之前有用到双精度，我去尝试了，发现也报错...

作者
Author: 牧生 时间: 2023-3-18 11:56

wyxlfw 发表于 2023-3-18 11:55
那是不是说明是蛋白质的问题，我该如何修改这个问题呢？我看老师之前有用到双精度，我去尝试了，发现也报 ...

我用的单精度的，跑起来没有明显问题。。没有必要双精度。你试试我传上来的文件

作者
Author: wyxlfw 时间: 2023-3-18 12:36

牧生发表于 2023-3-18 11:56
我用的单精度的，跑起来没有明显问题。。没有必要双精度。你试试我传上来的文件

好的！！谢谢老师！！

作者
Author: wyxlfw 时间: 2023-3-18 16:19

wyxlfw 发表于 2023-3-18 12:36
好的！！谢谢老师！！

老师好，我试了一下老师的文件，发现还是出现这个报错，我怀疑是蛋白质的初始结构有问题，我该如何查看这两个原子之间的关系呢？

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-11-30 11:18

牧生发表于 2023-3-14 09:49
大概率是结构不合适，这两个氢原子靠有点近，优化结构的过程就有可能造成它们脱掉，你尝试一下把两个氢原子 ...

你好，我想请教下为什么这俩H离得太近会在优化过程中造成他们脱掉呢，分子力学不是不会涉及键的断裂和生成吗老哥？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)