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标题: 求助用cp2k跑MD,结构变化很小 [打印本页]

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chen0201    时间: 2023-3-14 10:07
标题: 求助用cp2k跑MD,结构变化很小
请问各位老师,我的体系是包含二十个金属的分子和1000个水分子的体系(本身是零维材料),跑MD四百多步发现结构无明显变化,键长变化0.003,并且水分子位置没有变化,请问是我参数设置有问题,还是什么原因呢?附件是输入文件

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sobereva    时间: 2023-3-14 10:25
若无特殊情况,热浴一律用CSVR
注意监控温度,很低的话自然动不起来。为了让体系较快达到平衡,预平衡阶段一般要设较小的热浴时间常数
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chen0201    时间: 2023-3-14 15:09
sobereva 发表于 2023-3-14 10:25
若无特殊情况,热浴一律用CSVR
注意监控温度,很低的话自然动不起来。为了让体系较快达到平衡,预平衡阶段 ...

谢谢老师,温度我设置300K,但是一开始升到了800多K,慢慢开始回落,还没有到目标温度300K。我根据文献使用的都是 Nos´e–Hoover thermostat 方法,并且目前没有进行预平衡。请问老师,是需要设置一段时间的预平衡吗还是直接改用CSVR的热裕方法?
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sobereva    时间: 2023-3-14 21:32
chen0201 发表于 2023-3-14 15:09
谢谢老师,温度我设置300K,但是一开始升到了800多K,慢慢开始回落,还没有到目标温度300K。我根据文献使 ...

始终用CSVR,无论预平衡还是正式的MD。只要有了温度,除非你对原子做了冻结,原子不可能一丁点都不动




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