计算化学公社

标题: 求助：Gromacs跑动力学CPU和GPU占用率均不高 [打印本页]

作者
Author: whitemouse 时间: 2023-3-14 11:12
标题: 求助：Gromacs跑动力学CPU和GPU占用率均不高
本帖最后由 whitemouse 于 2023-3-14 11:35 编辑

如题，我的机子是新配的AMD 7950x + 华硕的4090，在用Gromacs（2020.6）跑一个20w原子体系时CPU和GPU的占用率都只有60%，但是当我同时运行其他软件，占用率可以满载，运行时相关log信息如下：
1 GPU selected for this run.Mapping of GPU IDs to the 2 GPU tasks in the 1 rank on this node:
PP:0,PME:0
PP tasks will do (non-perturbed) short-ranged interactions on the GPU
PP task will update and constrain coordinates on the CPU
PME tasks will do all aspects on the GPU
Using 1 MPI thread
Using 16 OpenMP threads

Non-default thread affinity set probably by the OpenMP library,
disabling internal thread affinity
System total charge: -0.000
Will do PME sum in reciprocal space for electrostatic interactions.

请问各位老师这是什么问题呢，我应该如何尝试提升运行速度？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-3-14 17:08
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-3-14 17:35 编辑

1. 已经2023年3月了，至少用GMX2021.7吧？
2. 跑GPU加速GMX应当用上CPU的超线程。
3. GMX2023以前的版本需要在mdrun命令中加-update gpu，论坛中已经无数次提及。
4. 某些体系可尝试再加-bonded gpu。
5. 用CUDA Toolkit 12，并更新N卡驱动到相应版本。例如基于CUDA Toolkit 12.1编译GMX，配N卡驱动530.30.02，用RTX4090跑GMX性能比CUDA11.8提升约10%，使用与去年10月测试相同的平台做的复测过些天会发布，和新的Xeon W2400/3400系列一起。

最后，至少仔细看看http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html，把每句话都看清楚了。

作者
Author: syx123456 时间: 2023-3-14 19:09
本帖最后由 syx123456 于 2023-3-14 20:03 编辑

可以试一下装一个CUDNN，但是CUDA 12.*的CUDNN貌似还没出来。

作者
Author: whitemouse 时间: 2023-3-14 19:40

Entropy.S.I 发表于 2023-3-14 17:08
1. 已经2023年3月了，至少用GMX2021.7吧？
2. 跑GPU加速GMX应当用上CPU的超线程。
3. GMX2023以前的版本 ...

谢谢老师回复，我会更新我的gmx版本并尝试一下您说的方法。请问老师gmx用上CPU的超线程具体应当怎么做呢，在BIOS里开启就可以了吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2023-3-14 19:56

syx123456 发表于 2023-3-14 19:09
可以试一下装一个CUDNN，但是CUDA 12.*貌似还没出来。

CUDNN对于gmx加速没有用处的吧？？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-3-14 20:51

syx123456 发表于 2023-3-14 19:09
可以试一下装一个CUDNN，但是CUDA 12.*的CUDNN貌似还没出来。

逆天，你知道CUDNN是干啥的吗？或者你是ChatGPT机器人？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-3-14 20:58
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-3-14 21:01 编辑

whitemouse 发表于 2023-3-14 19:40
谢谢老师回复，我会更新我的gmx版本并尝试一下您说的方法。请问老师gmx用上CPU的超线程具体应当怎么做呢 ...

BIOS默认都是开着超线程的，除非你看了哪里的“建议”然后主动给关了。

对于你的情况，在GMX 2021.7下建议尝试以下2条，看看哪个快：
1. gmx mdrun -v -deffnm [name] -pin on -pinstride 1 -nt 32 -update gpu -notunepme -resetstep 5000 -nsteps 50000
2. gmx mdrun -v -deffnm [name] -pin on -pinstride 1 -nt 32 -update gpu -bonded gpu -notunepme -resetstep 5000 -nsteps 50000

跑正式模拟时去掉“-notunepme -resetstep 5000 -nsteps 50000”即可。

作者
Author: whitemouse 时间: 2023-3-14 21:33

Entropy.S.I 发表于 2023-3-14 20:58
BIOS默认都是开着超线程的，除非你看了哪里的“建议”然后主动给关了。

对于你的情况，在GMX 2021.7下 ...

谢谢老师！

作者
Author: MYSY08 时间: 2024-4-20 21:17

Entropy.S.I 发表于 2023-3-14 20:58
BIOS默认都是开着超线程的，除非你看了哪里的“建议”然后主动给关了。

对于你的情况，在GMX 2021.7下 ...

大佬好，我用的是9700K+2060Super跑MD时CPU100%GPU从不到80%会慢慢跑到90%多一点，但功耗一直不高，最高175W跑MD是通常只有100W多一点，这是显卡自己的原因吗？还有优化的空间吗？谢谢

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