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标题: 成轴对称环结构的二聚体，使用dimerscan程序做势能面扫描的准备工作 [打印本页]

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Author: liuhui1118 时间: 2023-3-14 15:27
标题: 成轴对称环结构的二聚体，使用dimerscan程序做势能面扫描的准备工作
本帖最后由 liuhui1118 于 2023-3-16 08:39 编辑

大家好，本人现在遇到的问题是：
本人做了一个二聚体，优化出的结构是轴对称的结构，有两组性质相同的相互作用，形成六元环。单体有20个原子。二聚体中两组相互作用的原子标号分别是19,38和18,39。
现在需要做势能面扫描，但是dimerscan程序好像不能输入两组原子标号。
请问该怎么操作？或者用其他方法（主客体复合物，构建虚拟坐标）？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-14 16:55
描述得太抽象，给个图就清楚了

作者
Author: liuhui1118 时间: 2023-3-14 19:20

sobereva 发表于 2023-3-14 16:55
描述得太抽象，给个图就清楚了

老师您好，我已经将图放到了前面。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-14 21:42

liuhui1118 发表于 2023-3-14 19:20
老师您好，我已经将图放到了前面。

把原子序号标上去

作者
Author: liuhui1118 时间: 2023-3-15 18:05

sobereva 发表于 2023-3-14 21:42
把原子序号标上去

老师您好，今天有点事儿，回复晚了。图已经更新了。
结构中是S-N的相互作用形成六元环。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-16 00:41
就让dimerscan按照19-38伸长的方向扫描就完了，如果不符合期望到时候再说

作者
Author: liuhui1118 时间: 2023-3-16 08:39

sobereva 发表于 2023-3-16 00:41
就让dimerscan按照19-38伸长的方向扫描就完了，如果不符合期望到时候再说

好的

作者
Author: liuhui1118 时间: 2023-3-16 10:12

sobereva 发表于 2023-3-16 00:41
就让dimerscan按照19-38伸长的方向扫描就完了，如果不符合期望到时候再说

老师您好，用一组原子坐标是可以的。之前操作的时候出现的问题是因为内坐标文件导出错误，现在已经修改了。
没有一直按照步骤走来问，麻烦老师了。

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