各位老师好，我使用Amber进行蛋白质配体复合物的MD模拟，我对同一个蛋白质受体，用两个不同的小分子进行了MD模拟，然后我想对二者的轨迹进行一下PCA分析，因为想要看看构象更倾向于那个复合物。
我不知道我这样进行可以不可以，对这个PCA分析了解的不太够，不过我是按照amber的教程走的，报错之后，我就不知道该怎么办了，希望老师给解答一下。要是我对PCA理解有误，麻烦老师指导一下。
下面是我的输入文件和部分报错。
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