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标题: mdp文件里能量最小化和约束问题 [打印本页]

作者
Author: 961106 时间: 2023-3-14 22:51
标题: mdp文件里能量最小化和约束问题
看到文献中对于mdp参数设置的描述，想自己也复现一下，遇到两个问题，请教各位老师：
1.文献中能量最小化的方法steepest descent energy minimization是不是在mdp文件中应该写成integrator=steep

2.文献中对蛋白和水分别做了约束，mdp文件中除了写constraint algorithm=LINCS还需要写什么呢？

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-14 23:01
1 是
2 不要效仿此文。仅仅对H相关的化学键约束就够了（constraints=hbonds），其它的键绝对不要约束。用gmx自带的水的itp文件，水默认就会用settles算法约束

作者
Author: 961106 时间: 2023-3-15 09:57

sobereva 发表于 2023-3-14 23:01
1 是
2 不要效仿此文。仅仅对H相关的化学键约束就够了（constraints=hbonds），其它的键绝对不要约束。用g ...

收到，谢谢老师的详细解答！再请问老师一下，我用的tip4p/2005水模型，默认也是settles算法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-15 12:15

961106 发表于 2023-3-15 09:57
收到，谢谢老师的详细解答！再请问老师一下，我用的tip4p/2005水模型，默认也是settles算法吗？

itp文件里看到有[settles]字段就是

作者
Author: 961106 时间: 2023-3-15 15:52

sobereva 发表于 2023-3-15 12:15
itp文件里看到有[settles]字段就是

谢谢老师了！

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