计算化学公社

标题: 请教GROMACS对异常二面角四个原子顺序的要求 [打印本页]

作者
Author: iuhgnor 时间: 2023-3-15 01:44
标题: 请教GROMACS对异常二面角四个原子顺序的要求
请问GROMACS对拓扑文件中定义异常二面角的四个原子的顺序有要求吗？谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-15 11:31
直接说improper，说异常二面角显得怪怪的
和一般二面角定义规则一致

作者
Author: iuhgnor 时间: 2023-3-15 12:31

sobereva 发表于 2023-3-15 11:31
直接说improper，说异常二面角显得怪怪的
和一般二面角定义规则一致

Sob老师，我还是不太理解。比如对于A-B-(C)-D这种improper，中心原子是B，A、C和D均与B相连。定义这个improper时，A、B、C、D的顺序是不是不重要？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-15 13:06

iuhgnor 发表于 2023-3-15 12:31
Sob老师，我还是不太理解。比如对于A-B-(C)-D这种improper，中心原子是B，A、C和D均与B相连。定义这个imp ...

对应的是ABC和BCD平面的二面角，根据这个规则自己自然能想清楚

作者
Author: iuhgnor 时间: 2023-3-15 13:14

sobereva 发表于 2023-3-15 13:06
对应的是ABC和BCD平面的二面角，根据这个规则自己自然能想清楚

Sob老师，抱歉我没有把问题表述清楚，A、B、C和D按照不同顺序定义的improper是不是等价的？比如A-B-C-D和A-B-D-C两个improper，都是将4个原子约束在一个平面上，在拓扑文件中写哪一个，结果是不是一样的？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-15 13:44

iuhgnor 发表于 2023-3-15 13:14
Sob老师，抱歉我没有把问题表述清楚，A、B、C和D按照不同顺序定义的improper是不是等价的？比如A-B-C-D和 ...

不总是等价关系。gromacs手册里搜Improper dihedrals are meant to keep planar groups看示意图

作者
Author: iuhgnor 时间: 2023-3-15 14:00

sobereva 发表于 2023-3-15 13:44
不总是等价关系。gromacs手册里搜Improper dihedrals are meant to keep planar groups看示意图

Sob老师，谢谢您的回复。我在Gromacs论坛和mailing list上搜索到关于improper四个原子顺序的讨论，有的说中心原子应该在首位 (Aw: [gmx-users] Order of atoms in topology)，有的说顺序不重要 (The atom order (i,j,k,l) in defining an improper dihedral in Gromacs using the OPLS-AA force field)。
请问，在定义improper应该以什么标准确定原子顺序？对于A-B-(C)-D这种improper，按照Gromacs手册的说法，似乎中心原子在首位即可，对其他三个原子的顺序没有要求，这样理解对吗？

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作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-15 14:01

iuhgnor 发表于 2023-3-15 14:00
Sob老师，谢谢您的回复。我在Gromacs论坛和mailing list上搜索到关于improper四个原子顺序的讨论，有的说 ...

如果你的目的就是维持ijkl局部的平面性，C和D的顺序是不重要，都能起到维持平面性的效果，可以视为实际效果上等价，因此不需要较真。只不过两种情况在几何上并不严格等价。

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