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标题: 分子距离大于cutoff值的问题 [打印本页]

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Author: MGET127 时间: 2023-3-15 10:41
标题: 分子距离大于cutoff值的问题
在尝试蛋白(4wpn)-水(SPC)体系，分别使用editconf加cube盒子、solvate加水、genion加抗衡离子后，进行能量最小化操作。出现如图警告. (, 下载次数 Times of downloads: 15)
请问下该如何操作，是在.mdp文件中对cutoff值进行修改么？或者是在构建过程中存在问题？
以下附件 (, 下载次数 Times of downloads: 3) 是我的.gro、.mdp文件。先谢谢各位老师同学。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-15 11:52
检查拓扑文件合理性、创建过程
跟mdp没直接关系。mdp本身没明显问题

作者
Author: MGET127 时间: 2023-3-15 15:16

sobereva 发表于 2023-3-15 11:52
检查拓扑文件合理性、创建过程
跟mdp没直接关系。mdp本身没明显问题

老师，我拓扑文件选用的是gmx54a7，水是spc，pdb2gmx生成。填充水分子使用gmx solvate命令，包括-p自动修改拓扑文件。我尝试换成amber99sb，操作步骤相同，但得到的错误相同（较大的距离均为2.114nm）。我看gmx的gitlab上，是因为2022版本的新检查，目的是为了防止获得轻微不正确的能量。我想再请问下，这个问题的存在是否会导致部分大于cutoff的非键作用缺失，问题属于比较严重的类型吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-15 16:02

MGET127 发表于 2023-3-15 15:16
老师，我拓扑文件选用的是gmx54a7，水是spc，pdb2gmx生成。填充水分子使用gmx solvate命令，包括-p自动修 ...

尝试更老的诸如2018有什么提示。检查拓扑文件试图弄清楚2.114nm的exclusion对应什么

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Author: MGET127 时间: 2023-3-15 18:48

sobereva 发表于 2023-3-15 16:02
尝试更老的诸如2018有什么提示。检查拓扑文件试图弄清楚2.114nm的exclusion对应什么

好的，十分感谢老师。

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