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标题: vasp-vtst 优化过渡态时不走步 [打印本页]
作者
Author: 北大-陶豫    时间: 2023-3-15 12:16
标题: vasp-vtst 优化过渡态时不走步
本帖最后由 北大-陶豫 于 2023-3-15 13:49 编辑

我在并行超算平台编译好了 VASP-vtst，计算频率等任务均能正常完成，但在Dimer法寻找过渡态时，无法正常走步。
例如我试图运行 vtst 官网的一个例子：http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/dimer.html，里面提供了一个氢在铱晶格中迁移的例子，输入文件为http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/_static/dimer/dimrun.tar.gz，最后优化达到的结果应该为http://theory.cm.utexas.edu/vtst ... run_complete.tar.gz。
但我优化过程中，原样照搬样例的输入文件，计算结果放在附件中。我发现过渡态优化并不能走步。例如我原样照搬官网上 dimrun.tar.gz 的输入输出文件，结果放在帖子附件 dimrun_failed.tgz 中。查看 OSZICAR 可以发现结构没有任何变动：
  1. [dimrun]$ grep "F=" OSZICAR | tail
  2. 331 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =-.154159E-09
  3. 332 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =0.537057E-09
  4. 333 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =0.361979E-09
  5. 334 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =-.182627E-08
  6. 335 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =0.447926E-09
  7. 336 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =0.100817E-08
  8. 337 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =-.143245E-08
  9. 338 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =-.149157E-09
  10. 339 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =0.115870E-08
  11. 340 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =0.171440E-09
  12. [dimrun]$
复制代码
事实上这三百多步每一步的能量都是 -.38080430E+02，没有任何变动，在 VESTA 中查看 CONTCAR 文件也发现与 POSCAR 没有肉眼可见的区别，而官网上给的样例中的 CONTCAR 就明显与 POSCAR 有肉眼可见的区别。另外，官网说计算过程中应该生成 DIMCAR 等文件，在我的计算中也没有生成。


想请问一下问题出在哪里了呢？我是否应该抛弃vasp-vtst，转用其它方法？谢谢！






作者
Author: 含光君    时间: 2023-3-15 14:57
陶豫师兄好，我用你的输入文件放超算上算任务可以正常进行，离子步用了35步收敛，也有正常生成DIMCAR。

  1. [lijun@c01n01 ty]$ grep F= OSZICAR | tail
  2.   26 F= -.38191302E+02 E0= -.38171336E+02  d E =-.719782E-04
  3.   27 F= -.38191304E+02 E0= -.38171327E+02  d E =-.177206E-05
  4.   28 F= -.38191344E+02 E0= -.38171365E+02  d E =-.394289E-04
  5.   29 F= -.38191090E+02 E0= -.38171093E+02  d E =0.253318E-03
  6.   30 F= -.38190796E+02 E0= -.38170872E+02  d E =0.294196E-03
  7.   31 F= -.38191304E+02 E0= -.38171327E+02  d E =-.508443E-03
  8.   32 F= -.38191344E+02 E0= -.38171367E+02  d E =-.391910E-04
  9.   33 F= -.38191243E+02 E0= -.38171295E+02  d E =0.101044E-03
  10.   34 F= -.38191029E+02 E0= -.38171044E+02  d E =0.213735E-03
  11.   35 F= -.38191305E+02 E0= -.38171330E+02  d E =-.275688E-03
  12. [lijun@c01n01 ty]$ cat DIMCAR
  13. Step         Force        Torque        Energy     Curvature         Angle
  14.     1       3.26054       1.41155     -38.08043      -3.67132       7.26870
  15.     1       3.26054       0.41632     -38.08043      -3.87527       0.42468
  16.     2       0.65166       0.31151     -38.17794      -2.88579       0.96438
  17.     3       0.18221       0.23912     -38.19432      -2.86153       0.25977
  18.     4       0.21125       0.12936     -38.19318      -2.83568       0.16507
  19.     5       0.03442       0.62479     -38.19130      -3.03986       0.63869
  20.     6       0.01106       0.07201     -38.19130      -3.06545       0.14553
  21.     7       0.00565       0.05258     -38.19130      -3.04113       0.07753
  22.     8       0.00189       0.04252     -38.19130      -3.04675       0.15472
  23.     9       0.00073       ---         -38.19130       ---           ---
复制代码


可能是vtst编译的问题，可以检查下CINEB等功能是否可以正常使用


作者
Author: 北大-陶豫    时间: 2023-3-15 15:55
本帖最后由 北大-陶豫 于 2023-3-15 15:56 编辑
含光君 发表于 2023-3-15 14:57
陶豫师兄好，我用你的输入文件放超算上算任务可以正常进行，离子步用了35步收敛，也有正常生成DIMCAR。

...

请问你用的是什么版本的VASP和VTST，超算平台环境都是啥样的？安装过程可以给我看看吗？非常感谢！！
作者
Author: 含光君    时间: 2023-3-15 16:06
北大-陶豫 发表于 2023-3-15 15:55
请问你用的是什么版本的VASP和VTST，超算平台环境都是啥样的？安装过程可以给我看看吗？非常感谢！！

我用的版本是vasp6.3.0，vtstcode-184，自己组centOS7环境服务器和南大超算都顺利编译并正常使用。安装过程：
  1. VASP+VASPsol+VTST+vaspkit

  3. =========================================

  5. VASP

  7. 参考网站  https://www.vasp.at/wiki/index.php/Installing_VASP.6.X.X

  9. tar -zxvf vasp.6.3.0.tgz; cd vasp.6.3.0

  11. 从本地复制makefile.include模板，如无模板需 cp arch/makefile.include.intel  ./makefile.include 后修改参数

  13. source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
  14. make DEPS=1 -j56 all
  15. make test

  17. 修改 .bashrc 文件：
  18. export PATH=$PATH:/home/lijun/softwarez/vasp.6.3.0/bin

  20. source ~/.bashrc

  22. 测试
  23. mpirun -np 16 vasp_std

  25. =========================================

  27. VASPsol

  29. 参考网站  https://github.com/henniggroup/VASPsol

  31. <<修改部分文件重新编译，如果已编译过 VASP 需要先执行 make veryclean 再重新编译>>
  32. 把 VASPsol/src 目录下的 solvation.F 文件拷贝到 VASP/src 目录下
  33. 把 VASPsol/src/patches 目录下的补丁文件 pbz_patch_610 拷贝到 VASP 目录下
  34. 在 VASP 目录下 makefile.include 中添加 -Dsol_compat
  35. 确认 VASP/src/.objects 文件中 solvation.o 出现在 pot.o 之前

  37. VASP目录下运行
  38. patch -p0 < pbz_patch_610

  40. 编译VASP

  42. =========================================

  44. VTST

  46. 参考网站  https://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html

  48. tar -zxvf vtstcode-184.tgz

  50. 根据网站指示修改 VASP/src 目录下的 Main.F 文件  
  51. 把 vtstcode-184 目录下的所有 .F 文件（对应 VASP6.3 版本）拷贝到 VASP/src 目录下
  52. 修改 VASP/src/.objects 文件，在 chain.o \ 一行之前加入下面两行

  54. bfgs.o dynmat.o  instanton.o  lbfgs.o sd.o   cg.o dimer.o bbm.o \
  55. fire.o lanczos.o neb.o  qm.o opt.o\

  57. 编译VASP


  60. ***关于VTST脚本

  62. 参考网站  https://www.bigbrosci.com/2018/11/10/ex72/

  64. tar -zxvf vtstscripts.tgz

  66. 根据网站指示修改 nebresults.pl 文件

  68. 修改 .bashrc 文件：
  69. export PATH=$PATH:/home/lijun/softwarez/vtstscripts-1022

  71. source ~/.bashrc


  74. **CI-NEB 使用方法
  75. 准备好POSCAR、CONTCAR、INCAR、POTCAR、KPOINTS、提交脚本于同一目录下。
  76. （注意INCAR修改相关关键词）

  78. 轨迹检查 vaspkit 504

  80. nebmake.pl POSCAR CONTCAR 8

  82. dist.pl POSCAR CONTCAR

  84. ==========================================
复制代码


作者
Author: wypkdhd    时间: 2023-3-16 08:34
版本很关键，vasp5和6使用的VTST的code不是一个，所以编译的时候很容易出问题。建议grep VTST OUTCAT看看有没有返回值，再说其他的。
作者
Author: 北大-陶豫    时间: 2023-3-16 16:36
wypkdhd 发表于 2023-3-16 08:34
版本很关键，vasp5和6使用的VTST的code不是一个，所以编译的时候很容易出问题。建议grep VTST OUTCAT看看有 ...

谢谢。我看了一下，确实OUTCAR里没有。我想问一下，我自己编译的时候，按照官网上的提示操作之后编译，最后就会报错。报错之后我原样重新编译，make > log.txt 2>err.txt，会跳过之前已经成功了的部分，然后输出如下报错信息（放在附件里）。可以帮忙看看这是怎么回事吗？谢谢！
作者
Author: wypkdhd    时间: 2023-3-20 20:27
北大-陶豫 发表于 2023-3-16 16:36
谢谢。我看了一下，确实OUTCAR里没有。我想问一下，我自己编译的时候，按照官网上的提示操作之后编译，最 ...

实话说，我现在都没编译过vasp6版本，所以我也不知道你是啥情况，建议参考下刘锦程老师在论坛的帖子，先保证能正常编译不带VTST的vasp，然后删干净，再下VTST code进行操作。



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