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标题: 在2023版本的cp2k上计算石墨的MD，每隔4步就会卡住停止，请教一下这是怎么回事呢？ [打印本页]

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-3-15 15:05
标题: 在2023版本的cp2k上计算石墨的MD，每隔4步就会卡住停止，请教一下这是怎么回事呢？
输入文件是用卢老师的Multiwfn生成的，用的mpirun提交，64核心，提交版本是cp2k.popt。具体计算内容为：在石墨表面放了一个带NH2的小分子，考察MD过程中二者的吸附行为。
用同样的条件，将石墨换成Si就能够正常运行，但是用石墨就会出现运行到4步的时候就卡住的问题，不知道是不是石墨的原因。

在这个过程中，计算资源依然会占据，内存也没有爆掉，（512G应该不会有问题，我看占用也才40多G），整个过程在输出文件中没有报错，也没有相关提示。

这个输出文件是我反复用restart文件跑了好几次才得到的，发现每次都只能跑4步，就很奇怪，不知道是哪里出了问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-15 15:18
你用的Multiwfn版本太老了。目前的版本对于二维周期性用MT，比analytic强得多。热浴建议用CSVR
如果之后还有问题，尝试不用ELPA，以及尝试用对角化代替OT

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-3-15 16:29

sobereva 发表于 2023-3-15 15:18
你用的Multiwfn版本太老了。目前的版本对于二维周期性用MT，比analytic强得多。热浴建议用CSVR
如果之后还 ...

感谢卢老师及时回复，我换用了新的multiwfn，测试了一下OT和对角化，以及热浴，发现最终是热浴的问题，改成CSVR就好了。

还有个问题想请教一下卢老师，我在创建inp文件的时候用的XY周期性，新版本也用的MT，但是计算后老是提示报错（之前用analytic也会），报错为：Stress Tensor not tested for 2D systems，然后改成XYZ就好了，不知道是不是我的结构不能这么算，还是哪里没有设置正确。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-15 16:42

1138711019 发表于 2023-3-15 16:29
感谢卢老师及时回复，我换用了新的multiwfn，测试了一下OT和对角化，以及热浴，发现最终是热浴的问题，改 ...

用三维周期性，但是固定Z方向尺寸

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-3-15 17:07

sobereva 发表于 2023-3-15 16:42
用三维周期性，但是固定Z方向尺寸

好的，谢谢卢老师~

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-3-20 13:39

sobereva 发表于 2023-3-15 15:18
你用的Multiwfn版本太老了。目前的版本对于二维周期性用MT，比analytic强得多。热浴建议用CSVR
如果之后还 ...

卢老师，最近我加其他官能团的也出现了这样的问题，用的CSVR，对角化和OT都测试过了，基组和赝势也换过，DFTD3关闭过，找不到啥方法可以改变这种算5步就停止的情况，没有测试ELPA，因为我不知道cp2k（2023版本）如何在inp文件中设置关键词关闭使用ELPA，还请卢老师再指点指点。这是我最近测试的输入文件，请卢老师看看或帮忙测试一下有没有什么问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-21 02:58

1138711019 发表于 2023-3-20 13:39
卢老师，最近我加其他官能团的也出现了这样的问题，用的CSVR，对角化和OT都测试过了，基组和赝势也换过， ...

(, 下载次数 Times of downloads: 24)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-21 04:21

1138711019 发表于 2023-3-20 13:39
卢老师，最近我加其他官能团的也出现了这样的问题，用的CSVR，对角化和OT都测试过了，基组和赝势也换过， ...

我测试了一下，你的输入文件在我这里用CP2K 2022.1 popt版81核并行一直跑下去毫无问题，我这里编译过程就是下文说的
CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法
http://sobereva.com/586（http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html）

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-3-21 08:56

sobereva 发表于 2023-3-21 04:21
我测试了一下，你的输入文件在我这里用CP2K 2022.1 popt版81核并行一直跑下去毫无问题，我这里编译过程就 ...

好的好的，非常感谢卢老师帮忙测试，可能是我编译cp2k有些问题。
我先关闭ELPA再进一步试试。

作者
Author: lx506173258 时间: 2024-1-21 08:59

sobereva 发表于 2023-3-15 16:42
用三维周期性，但是固定Z方向尺寸

请问卢老师，固定Z方向尺寸用哪个参数？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-22 02:36

lx506173258 发表于 2024-1-21 08:59
请问卢老师，固定Z方向尺寸用哪个参数？

按下文用Multiwfn产生变胞优化输入文件的时候选
(, 下载次数 Times of downloads: 30)

使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

作者
Author: gejuqing 时间: 2024-7-22 21:48

sobereva 发表于 2023-3-21 02:58

卢老师，我用2024和2023.1版cp2k使用OT跑MD时跑4步就会卡住，想问下不用ELPA对OT有用吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-23 03:45

gejuqing 发表于 2024-7-22 21:48
卢老师，我用2024和2023.1版cp2k使用OT跑MD时跑4步就会卡住，想问下不用ELPA对OT有用吗

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