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标题: 求助：ASE调用DMol3 Calculator服务器只会单核跑 [打印本页]

作者
Author: 含光君 时间: 2023-3-15 17:00
标题: 求助：ASE调用DMol3 Calculator服务器只会单核跑
在使用ASE为DMol3添加dftd3校正时，虽然已按官方文档(https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/as ... se.calculators.dmol)设置了环境变量DMOL_COMMAND

export DMOL_COMMAND="/home/lijun/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np 44"

复制代码

from ase.io import read
from ase.calculators.dmol import DMol3
from ase.calculators.dftd3 import DFTD3
from ase.optimize import GPMin
atoms=read('H2Ox1.xyz')
calc=DMol3(symmetry='off', max_memory=20480, file_usage='smart', scf_density_convergence=1.0e-6, scf_charge_mixing=2.0e-1, scf_spin_mixing=5.0e-1, scf_diis='6 pulay', scf_iterations=50, spin_polarization='unrestricted', charge=0, basis='dnp', basis_version='basfile_v4.4', aux_density='hexadecapole', preconditioner=4.0, pseudopotential='none', functional='pbe', occupation='fermi', integration_grid='fine', cutoff_global='4.0 angstrom', cosmo='ibs', cosmo_dielectric='78.54 Water', kpoints='on 4 4 4 0.0 0.0 0.0')
d3=DFTD3(dft=calc,xc='pbe')
atoms.calc=d3
opt=GPMin(atoms,trajectory='opt.traj',logfile='opt.log')
opt.run(fmax=0.054)

复制代码

但在实际执行上述python脚本的时候，在top中查看任务运行情况发现dmol3程序仅使用单线程计算，不太明白问题出在哪里，请各位老师指正~

作者
Author: Aletyx 时间: 2023-3-16 00:27
最好先正常提交一个任务，看看dmol3是否还是单线程计算。如果还是单线程计算，可能安装有点问题。
我原来在ubuntu下安装DMOL3，也是只能1个线程跑，后来换成centos就正常了。

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-3-16 08:39
这个问题我曾经在给某台老电脑装vasp的时候遇到过，也是只能单核。后来判定是mpi问题，话说应该是dmol3自带mpi，有个帖子参考下试试。https://blog.shishiruqi.com/2021/05/20/intel-2018-fix/

作者
Author: 含光君 时间: 2023-3-16 12:58

Aletyx 发表于 2023-3-16 00:27
最好先正常提交一个任务，看看dmol3是否还是单线程计算。如果还是单线程计算，可能安装有点问题。
我原来 ...

谢谢你的建议！我的DMol直接提交可多线程跑，所以应该是ASE的问题，最近正在看ASE的代码~

作者
Author: 含光君 时间: 2023-3-16 12:59

wypkdhd 发表于 2023-3-16 08:39
这个问题我曾经在给某台老电脑装vasp的时候遇到过，也是只能单核。后来判定是mpi问题，话说应该是dmol3自带 ...

谢谢！我去学习一下

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