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标题: 气相模拟参数设置问题 [打印本页]

作者
Author: 961106 时间: 2023-3-15 17:52
标题: 气相模拟参数设置问题
看到讲义里气相模拟的那一章，发现mdp文件里没有像溶液相模拟里一样设置PBC，PME和cut-off值，请问是什么原因呢，气相模拟和溶液相模拟有什么不同？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-15 20:31
我的培训里的这个例子把体系当孤立体系算，考虑所有原子之间的非键相互作用，自然不需要设cutoff

作者
Author: 961106 时间: 2023-3-16 10:21

sobereva 发表于 2023-3-15 20:31
我的培训里的这个例子把体系当孤立体系算，考虑所有原子之间的非键相互作用，自然不需要设cutoff

谢谢老师，和气相模拟的孤立体系相比，溶液相模拟是不是属于均匀体系呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-17 02:50

961106 发表于 2023-3-16 10:21
谢谢老师，和气相模拟的孤立体系相比，溶液相模拟是不是属于均匀体系呢？

是否均匀看具体对什么而言
模拟不能互溶的两种物质构成的液体，分布得自然不均匀

作者
Author: 961106 时间: 2023-3-19 09:46

sobereva 发表于 2023-3-17 02:50
是否均匀看具体对什么而言
模拟不能互溶的两种物质构成的液体，分布得自然不均匀

谢谢老师

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