计算化学公社

标题: 分子动力学模拟计算rmsf不对，和别人用一摸一样的数据别人是对的我是错的，为什么 [打印本页]

作者
Author: zhanglei99 时间: 2023-3-16 09:10
标题: 分子动力学模拟计算rmsf不对，和别人用一摸一样的数据别人是对的我是错的，为什么
分子动力学模拟计算rmsf不对，和别人用一摸一样的数据都不对为什么

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2023-3-16 09:24
哪里不对？不明白你在说什么

作者
Author: zhanglei99 时间: 2023-3-16 10:26

GoldenBaby 发表于 2023-3-16 09:24
哪里不对？不明白你在说什么

波动特别大，按道理应该是相对比较平稳只有相对几个氨基酸波动比较大才对

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-17 04:03
把别人的结果在提问时直接贴出来，含糊其辞根本没法回答
重复不出来别人的结果，无非要么初始结构有问题或不同、要么模拟设置有问题或不同、要么力场参数不一样、要么自己分析处理操作有问题、要么别人的结果是错的

作者
Author: zhanglei99 时间: 2023-3-17 09:57

sobereva 发表于 2023-3-17 04:03
把别人的结果在提问时直接贴出来，含糊其辞根本没法回答
重复不出来别人的结果，无非要么初始结构有问题或 ...

这个图是我自己跑的结果不是别人的。初始结构，模拟参数啥的全都是一样的（我直接拿别人处理好的用的，我就想验证一下），就是最后计算的结果不一样，所以就很纳闷到底哪里出了问题。

作者
Author: zhanglei99 时间: 2023-3-17 10:00

sobereva 发表于 2023-3-17 04:03
把别人的结果在提问时直接贴出来，含糊其辞根本没法回答
重复不出来别人的结果，无非要么初始结构有问题或 ...

别人的图要拿来发表的放上去不太合适我就没放，就是相对于这个是很平稳的状态只有某些氨基酸很突出

作者
Author: 亚切ss 时间: 2023-3-18 14:08

zhanglei99 发表于 2023-3-17 09:57
这个图是我自己跑的结果不是别人的。初始结构，模拟参数啥的全都是一样的（我直接拿别人处理好的用的， ...

动力学模拟有随机性，一样的参数不代表会得到一样的结果

作者
Author: 八月的雨季 时间: 2023-3-18 14:52
看了几个评论，其实都没说到点子上。依我看，你这个其实就是没有把轨迹的平动和转动消除而已，所以RMSF相对而言很大。

作者
Author: zhanglei99 时间: 2023-3-20 14:17

八月的雨季发表于 2023-3-18 14:52
看了几个评论，其实都没说到点子上。依我看，你这个其实就是没有把轨迹的平动和转动消除而已，所以RMSF相对 ...

那请问一下要怎么消除这个东西

作者
Author: 八月的雨季 时间: 2023-3-21 10:35
所有帧朝向指定结构叠落后，再做RMSF

作者
Author: zhanglei99 时间: 2023-3-23 09:16

八月的雨季发表于 2023-3-21 10:35
所有帧朝向指定结构叠落后，再做RMSF

谢谢

作者
Author: 啥啥不懂的小白 时间: 2023-3-23 18:06

八月的雨季发表于 2023-3-21 10:35
所有帧朝向指定结构叠落后，再做RMSF

请问，所有帧朝向指定结构叠落这个是有具体的命令吗？

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