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标题: 沸石数据库IZA-SC下载的模型怎么用？ [打印本页]

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2023-3-16 10:25
标题: 沸石数据库IZA-SC下载的模型怎么用？
各位老师好，我从沸石数据库IZA-SC下一个FAU沸石的结构Na-X-Dehydrated：

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# Crystallographic Information File for Na-X, dehydrated
#
# Reference :
# Olson, D.H.
# Zeolites, 15, 439-443, (1995)
#
#
# CIF downloaded from the IZA-SC Database of Zeolite Structures
# Ch. Baerlocher and L.B. McCusker,
# Database of Zeolite Structures: http://www.iza-structure.org/databases/
#
#**********************************************************************************
data_Na-X_dehydrated
_chemical_name_systematic 'Na-X, dehydrated'

_cell_length_a 25.099
_cell_length_b 25.099
_cell_length_c 25.099
_cell_angle_alpha 90
_cell_angle_beta 90
_cell_angle_gamma 90
_cell_formula_units_Z 1

_space_group.name_H-M_ref 'F d -3'
_symmetry_space_group_name_H-M 'F d -3'
_symmetry_space_group_name_Hall '-F 2uv 2vw 3'
_space_group.IT_number 203
_space_group.IT_coordinate_system_code '2'

loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_B_iso_or_equiv
_atom_site_occupancy
Na1 Na 0 0 0 3.18 0.18
Na2 Na 0.0454 0.0454 0.0454 0.87 0.66
Na3 Na 0.056 0.056 0.056 1.26 0.25
Na4 Na 0.2292 0.2292 0.2292 2.53 0.97
Na5 Na 0.423 0.326 0.158 2.32 0.11
Na6 Na 0.432 0.28 0.164 1.68 0.11
Na61 Na 0.465 0.317 0.158 1.68 0.09
Si1 Si -0.05381 0.12565 0.03508 1.41 1
Si2 Si -0.05524 0.03639 0.12418 1.46 0.08
Al2 Al -0.05524 0.03639 0.12418 1.46 0.92
O1 O -0.1099 0.0003 0.1056 2.47 1
O2 O -0.0011 -0.0028 0.1416 2.45 1
O3 O -0.0346 0.0758 0.0711 2.61 1
O4 O -0.0693 0.0726 0.18 2.37 1
# End of data for Na-X_dehydrated

用cif文件格式打开，怎么是下面这样的?

(, 下载次数 Times of downloads: 11)

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2023-4-4 14:56
有没有人知道呢

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2023-4-4 15:16
Si2 Si -0.05524 0.03639 0.12418 1.46 0.08
Al2 Al -0.05524 0.03639 0.12418 1.46 0.92

这两行的Si和Al的坐标完全一致，这是什么意思?

作者
Author: fux 时间: 2023-8-28 15:15

yaoyuan0711 发表于 2023-4-4 15:16
Si2 Si -0.05524 0.03639 0.12418 1.46 0.08
Al2 Al -0.05524 0.03639 0.12418 1.46 0.92

部分占据这个位置8%的概率是Si占据，92%的概率是Al占据

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2023-8-30 08:48

fux 发表于 2023-8-28 15:15
部分占据这个位置8%的概率是Si占据，92%的概率是Al占据

请教一下您，如何切换成可以计算的晶胞呢

作者
Author: fux 时间: 2023-8-30 15:58

yaoyuan0711 发表于 2023-8-30 08:48
请教一下您，如何切换成可以计算的晶胞呢

可以看看pymatgen的EnumerateStructureTransformation相关的功能，是做部分占据结构枚举的，但这种沸石结构相对来说比较复杂，代码处理能力很有限估计行不通。。。你可以看看icsd里面类似结构有没有部分占据比较简单的

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