计算化学公社

标题: gromacs普通命令在集群上如何并行？ [打印本页]

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2023-3-16 11:28
标题: gromacs普通命令在集群上如何并行？
如题。
体系非常大的情况下，如何使用并行来处理降低耗时？
当前配置：36核心，72线程，ubuntu系统，openMPI

命令：gmx insert-molecules

作者
Author: lyj714 时间: 2023-3-16 13:24
gmx大多数自带工具都没有并行支持，不可能用多核。
你这种构建体系的直接用packmol就完事了，尺寸设置大一点基本上也不怎么耗时。

作者
Author: wolfli369 时间: 2023-3-16 15:38
http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html这里面有你的答案

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-3-16 16:28
mdrun以外支持并行化的模块屈指可数，具体自己去看手册。

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