标题: 求助如何计算重复模拟结果的平均RMSD [打印本页] 作者Author: 亚切ss 时间: 2023-3-16 22:21 标题: 求助如何计算重复模拟结果的平均RMSD 大佬们好，纯动力学小白，疑问如题，按审稿意见补充了纯蛋白以及蛋白质和配体的三次动力学模拟，之后审稿人要求以这三次的RMSD/RMSF结果计算平均RMSD/RMSF（calculate average RMSD /RMSF），我准备用Xmgrace直接计算平均值，请问这么做可以吗，还是有更规范的做法？另外审稿人还要求了show the RMSF for the ligand (not for the protein residues)，请问这个是只针对配体计算RMSF就可以吗，横轴应该用atom？