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标题: 如何将同一个分子内原子的编号连续起来？谢谢 [打印本页]

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-22 09:51
标题: 如何将同一个分子内原子的编号连续起来？谢谢
1：背景：取了实验上3个晶体文件 cif文件。然后保存了坐标如附件，然后做ONIOM模型，同时把low层分子后面用背景电荷的方式处理，所以，这个同一个分子的编号连起来最好，这样好处理。

2：现在是通过cif得到的坐标，初始没有H，后来，我用VESTA软件保存了坐标，然后再用高斯view打开就是H的编号不再分上。

3：能不能帮我弄一下，让分子的编号连接起来，或者介绍一个方法。谢谢指点，
之前在qq群中，冰释之川和perl高手两位老师给我指点了，但是没明白。谢谢两位老师。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-6-22 11:43

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首先选分子边上的一个原子

(, 下载次数 Times of downloads: 46)

把它设成第一号

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然后如上操作，可见已经“连续起来”了。。。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-22 11:54

liyuanhe211 发表于 2016-6-22 11:43
首先选分子边上的一个原子

把它设成第一号

谢谢你，应该可以了，我再检查一下，谢谢你。
PS：我记得当时上sob老师培训课的时候，和你聊起来。你不是做实验的来？怎么理论操作懂这么多？牛人，嘿嘿。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-6-22 12:01

小范范1989 发表于 2016-6-22 11:54
谢谢你，应该可以了，我再检查一下，谢谢你。
PS：我记得当时上sob老师培训课的时候，和你聊起来。你不 ...

噫~~多好玩

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-30 16:54

liyuanhe211 发表于 2016-6-22 12:01
噫~~多好玩

李老师，按照你的方式，我把分子重新编号了，确实能够实现同一个分子连续。
但是，我现在遇到这样的问题，就是相同的分子，他的编号是不对应的，比如说：第一个分子中S是1，N是2.然后在第二分子中S是5，N却是10，按说N因该是6才对。
不知道我这样说的是否明白，就是虽然同一分子内的编号是连续了，但是，相同的分子，他们的顺序是不对应的。
我尝试了这样的方式：
把第一个分子的元素，复制到第二个分子，第三个分子..第12个分子上，然后再用高斯view打开，挨个改元素对应，但是这样又变了。
自己也没想到好的办法，不知道李老师是否有好的方式，让这两个附件分子顺序连续并且相同分子之间也是对应的。谢谢指点。

作者
Author: 菲比的洪均 时间: 2025-12-18 21:43

小范范1989 发表于 2016-6-30 16:54
李老师，按照你的方式，我把分子重新编号了，确实能够实现同一个分子连续。
但是，我现在遇到这样的问题 ...

楼主好，请问您的问题解决了吗，我现在也碰到同样的问题了。我的一个团簇由十几个一样的分子构成，这个团簇中每个分子中原子的序号都不连续，用了上述李老师的方法之后，跟您的问题一样，虽然每个分子的原子序号都连续了，但是不同分子中相同原子的序号并不对应，按理说第n+1个分子和第n个分子中对应原子的序号之差应该等于分子中包含的原子个数。

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