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标题: 求助，如何把多肽放在DPPC膜水层进行穿膜模拟？ [打印本页]

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Author: q11pet28abl21 时间: 2023-3-17 14:01
标题: 求助，如何把多肽放在DPPC膜水层进行穿膜模拟？
本帖最后由 q11pet28abl21 于 2023-3-17 14:03 编辑

各位老师，我想做一个穿膜肽的模拟来考察设计的多肽能不能穿模，计划把多肽放在DPPC上层水里进行MD。尝试中遇到以下问题：

1.我首先尝试使用VMD直接把多肽放到DPPC膜上层，然后进行MD，MD一开始就报错能量未进行最小化，请问这里能量最小化的mdp文件该如何去写？我试着用膜的能量最小化方式，发现不起作用，请问这个该如何解决？

2.然后我尝试用gmx insert-molecules -f peptide.pdb -ci dppc.pdb -o box.gro -nmol 1，发现因为有水，多肽是没法正常插入到DPPC膜里的，请问是哪里问题？

还想请问各位老师，是否有更好的方式把多肽放到DPPC膜上？

感谢解惑。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-17 14:37
“VMD直接把多肽放到DPPC膜上层”不够具体，放到上层后有没有去掉与多肽明显重叠的水？

应当先把DPPC膜扩出真空区，自己把多肽放到上面之后，再用gmx solvate给真空区加水

作者
Author: q11pet28abl21 时间: 2023-3-17 14:57

sobereva 发表于 2023-3-17 14:37
“VMD直接把多肽放到DPPC膜上层”不够具体，放到上层后有没有去掉与多肽明显重叠的水？

应当先把DPPC膜 ...

谢谢老师解答，我是用VMD的move选项把多肽放到DPPC膜上层水里，VMD重新判断成键后，保存成新的pdb文件。
请问老师，先扩出真空区，再使用gmx solvate给真空区加水，如何避免水进入膜里？
我试着修改当前目录下的vdwradii.dat里C的半径为0.5，膜里还是会有零星的水存在。也尝试使用论坛脚本去删除膜里水，发现经常是多删除了水，DPPC膜与水出现薄薄一层空白。

作者
Author: fhh2626 时间: 2023-3-17 15:06
你直接用CHARMM-GUI里面的membrane builder建模得了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-17 15:15

q11pet28abl21 发表于 2023-3-17 14:57
谢谢老师解答，我是用VMD的move选项把多肽放到DPPC膜上层水里，VMD重新判断成键后，保存成新的pdb文件。
...

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作者
Author: q11pet28abl21 时间: 2023-3-17 15:17

fhh2626 发表于 2023-3-17 15:06
你直接用CHARMM-GUI里面的membrane builder建模得了

请问老师 CHARMM-GUI的membrane builder可以把蛋白插入DPPC膜上面的水层里吗？我试了下是插入到膜中间。

作者
Author: q11pet28abl21 时间: 2023-3-17 15:19

sobereva 发表于 2023-3-17 15:15

收到谢谢老师

作者
Author: fhh2626 时间: 2023-3-17 17:55

q11pet28abl21 发表于 2023-3-17 15:17
请问老师 CHARMM-GUI的membrane builder可以把蛋白插入DPPC膜上面的水层里吗？我试了下是插入到膜中间。

你可以先建个膜，然后手动把DPPC放上面，不过这样的话恐怕很难看到多肽自发进入膜的过程

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-3-17 19:21
你直接用smd慢慢把多肽从膜的一边拉过去看看pmf呗

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