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标题: grompp报错No default LJ-14 types [打印本页]

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Author: MGET127 时间: 2023-3-18 16:02
标题: grompp报错No default LJ-14 types
尝试建立配体蛋白水溶液模型。蛋白.gro、.itp由pdb2gmx得到，配体由sobtop_1.0(dev3.1)得到。以pdb2gmx得到的蛋白top文件为基础，引入配体的top文件。由gmx加盒子加水，均无报错。但在加抗衡离子时，使用命令"gmx grompp -f em.mdp -c complexsol.gro -p topol.top -o em.tpr"报错"No default LJ-14 types"（在lig2.itp配体的top文件中）
我在lig2.itp中找到报错位置，均为"pairs" 1-4作用项。
不是很明白该如何修改，先谢谢各位老师同学。
错误信息：
(, 下载次数 Times of downloads: 13)
lig2.itp报错位置：
(, 下载次数 Times of downloads: 13)

附件 (, 下载次数 Times of downloads: 5) 中包含.top、.gro、.mdp文件。

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-3-18 19:05
在top文件里的[ defaults ]部分有没有写gen-pairs yes？

作者
Author: MGET127 时间: 2023-3-18 20:19

Lacrimosa 发表于 2023-3-18 19:05
在top文件里的[ defaults ]部分有没有写gen-pairs yes？

谢谢老师，确实是top文件里的gen-pairs的问题。我还想请教下，我调用的是gmx自带的 "gromos54a7/forcefield.itp"，我修改gen-pairs也是去这里面改的。可以通过在自建的top文件里添加什么参数修改么？我去翻了手册，没有找到相关的提示。

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-3-18 20:56

MGET127 发表于 2023-3-18 20:19
谢谢老师，确实是top文件里的gen-pairs的问题。我还想请教下，我调用的是gmx自带的 "gromos54a7/forcefie ...

我不太确定你想要修改什么。
如果想要修改gen-pairs又不影响gmx里原本的参数，也可以把gromos54a7/forcefield.itp里面的内容复制到你的top文件里，同时删掉 #include “gromos54a7/forcefield.itp”。 forcefield.itp里复制过来的内容中路径可能需要修改一下。
另外还有别的解决报错的方法，比如直接在itp里删掉[ pairs ]部分或者在[ pairs ]部分补上参数。我不了解gromos力场也不太了解蛋白模拟，所以你需要自己判断一下。

作者
Author: MGET127 时间: 2023-3-18 22:18

Lacrimosa 发表于 2023-3-18 20:56
我不太确定你想要修改什么。
如果想要修改gen-pairs又不影响gmx里原本的参数，也可以把gromos54a7/force ...

好的，十分感谢老师。

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