计算化学公社

标题: 请教一下细胞膜如何设置成周期性的？ [打印本页]

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2023-3-20 16:40
标题: 请教一下细胞膜如何设置成周期性的？
如题。
课题中使用的细胞膜由很多个脂质分子构成的，
那还可以利用pbcmolecules = yes将整个膜设置成周期性的分子么？
将所有的脂质分子的itp和在一起是否可以？（比如说体系中有100个脂质分子，原来的模拟中itp是1个，现在把100个和在一起）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-20 16:51
根本没有叫pbcmolecules的选项
如果是periodic-molecules，不需要设yes，本身单个分子不是跨越盒子两头的
不要合在一起，难以管理和修改

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2023-3-20 17:34
谢谢社长！
应该怎么体现膜的周期性呢？

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