计算化学公社

标题: 新手求助orca DLPNO-CCSD(T)关键词书写 [打印本页]

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Author: sakura1109 时间: 2023-3-20 16:52
标题: 新手求助orca DLPNO-CCSD(T)关键词书写
! DLPNO-CCSD(T) def2-TZVPP RIJK def2/JK def2-TZVPP/C normalPNO tightSCF CPCM KDIIS
%maxcore 20000
%pal nprocs 8 end

%CPCM
smd true
SMDsolvent "chlorobenzene"
End

* xyz 0 4坐标
学生刚接触orca使用DLPNO-CCSD(T)算单点能，想请大佬们看看以上关键词有没有明显错误？以及有以下几个疑问:
1.在帖子http://bbs.keinsci.com/thread-7062-1-1.html里看到sob老师提过“CCSD(T)别写RI-，速度不会有提升”，请问我需要把 RIJK def2/JK删掉吗？还是我的理解有误(最开始写的def2-TZVPP/JK，报错，在帖子http://bbs.keinsci.com/thread-26235-1-1.html里看到zjxitcc老师说“是def2/JK”，后来又看到http://bbs.keinsci.com/thread-31252-1-1.html冰释之川老师提到“在ORCA里def2-TZVPPD没有配套的辅助基组用于RI-J加速”，那def2-TZVPP也是吗，这个def2是指哪个基组呀？)
2.帖子http://bbs.keinsci.com/thread-20143-1-1.html里 wzkchem5老师说过“分子间的色散用DLPNO-CCSD(T)描述”，因为之前写上D3，会提示WARNING: Grimme dispersion and correlated wavefunction methods
beyond MP2 are not to be used at the same time!
Please delete either one from your input.
因此删除了D3关键词，所以其实用DLPNO-CCSD(T)本身就可以描述色散作用吗？
3.帖子http://bbs.keinsci.com/thread-20748-1-1.html里zjxitcc老师说“DLPNO计算应该加TightPNO，默认的有点渣。”DLPNO-CCSD(T)必须要用到tightPNO吗,但是体系有80个原子担心算不动，所以可以保持normalPNO吗？
4.KDIIS是提示不收敛就加上的，似乎它一般要搭配KDIIS+SOSCF使用，目前只加了KDIIS能跑，需要加上SOSCF吗？
体系有80个原子，根据推文https://mp.weixin.qq.com/s/V6vQeROVDulhxdLGFN68mQ预估可能至少一周才能出来结果，先不论结果能用否，目前希望至少关键词没大问题，谢谢各位老师！
还有一个问题5.之前不收敛写Grid5 FinalGrid6提示报错，后来发现帖子http://bbs.keinsci.com/thread-19550-1-1.html中sob老师说“当前写Grid5 FinalGrid6毫无意义，又不是DFT计算”，现在反应过来这个是后HF计算还是MP2呀？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-20 18:52
1. 所谓的不建议写RI只适用于CCSD(T)，不适用于DLPNO-CCSD(T)；DLPNO-CCSD(T)必须用RI。def2/JK适用于所有的不加弥散的def2开头的基组，对于加弥散的基组可能适用也可能不适用，保险起见可以用autoaux。
2. 是的。建议复习一下量化教材，虽然一般教材不讲DLPNO-CCSD(T)，但是会讲CCSD(T)。学懂了原理、知道为什么CCSD(T)自带色散、它和D3的色散有何不同，再去做计算。
3. 当且仅当算得动的时候，用tightPNO。normalPNO精度固然低一些，但是一般仍然比用DLPNO-CCSD(T)以外的方法要准。
4. KDIIS和SOSCF没有任何需要搭配的理由。可能你见过的有限的几个例子里，恰好要么两个都用，两个都不用，但这只是碰巧，或者个别几个人的习惯，并没有任何深层次理由。
5. 自己看量化教材耦合簇计算相关章节，学透了自己就知道了。不然换个稍微不一样的方法，你又不知道是属于什么方法了

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-20 19:09

wzkchem5 发表于 2023-3-20 18:52
1. 所谓的不建议写RI只适用于CCSD(T)，不适用于DLPNO-CCSD(T)；DLPNO-CCSD(T)必须用RI。def2/JK适用于所有 ...

谢谢老师的回复！确实在原理部分欠缺许多，由于任务繁重所以选择先跑起来再说。老师您能看看我的关键词有没有什么大问题吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-20 20:01

sakura1109 发表于 2023-3-20 12:09
谢谢老师的回复！确实在原理部分欠缺许多，由于任务繁重所以选择先跑起来再说。老师您能看看我的关键词有 ...

第一行关键词不用写CPCM（写了是不是错的我不知道，但不写一定是对的），其他没问题

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-20 20:17
本帖最后由 sakura1109 于 2023-3-24 10:28 编辑

wzkchem5 发表于 2023-3-20 20:01
第一行关键词不用写CPCM（写了是不是错的我不知道，但不写一定是对的），其他没问题

好的好的谢谢老师的回复！我以为写上模块同时也要写上关键词才能调用，目前确实没有任何报错罢了，在别处看到“ORCA5在读取关键词设置的时候是按书写顺序。以后出现的设置为准。所以如果开头 !行中书写了关键词，在后面模块部分也书写了，那如果有不一样的设置就按照后面模块中的设置为准。”
这么看确实把关键词中的CPCM删了保险

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-20 20:37

wzkchem5 发表于 2023-3-20 20:01
第一行关键词不用写CPCM（写了是不是错的我不知道，但不写一定是对的），其他没问题

再多问您一下，目前8核，每个核20000MB，这种情况出现ORCA finished by error termination in SCF应该是SCF不收敛而不是内存问题吧？

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2023-3-20 20:44

sakura1109 发表于 2023-3-20 20:37
再多问您一下，目前8核，每个核20000MB，这种情况出现ORCA finished by error termination in SCF应该是S ...

SCF有没有收敛，可以查看SCF步骤的输出，不是靠猜。

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-20 20:51

hebrewsnabla 发表于 2023-3-20 20:44
SCF有没有收敛，可以查看SCF步骤的输出，不是靠猜。

我觉得您说的很有道理，我猛然发现自己完全不知道怎么分析orca的输出文件

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-20 21:04

sakura1109 发表于 2023-3-20 13:51
我觉得您说的很有道理，我猛然发现自己完全不知道怎么分析orca的输出文件

但凡懂英语，都能看懂。
很多人会觉得，需要先学怎么分析输出文件，再去分析输出文件。其实很多时候并非如此，直接把输出文件当英文阅读理解题来做就行。

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2023-3-21 09:57

wzkchem5 发表于 2023-3-20 18:52
1. 所谓的不建议写RI只适用于CCSD(T)，不适用于DLPNO-CCSD(T)；DLPNO-CCSD(T)必须用RI。def2/JK适用于所有 ...

请问一下DLPNO-CCSD(T)为什么必须用RI，我之前的都没用也能算出来，需要重算吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-3-21 11:31

mfdsrax2 发表于 2023-3-21 09:57
请问一下DLPNO-CCSD(T)为什么必须用RI，我之前的都没用也能算出来，需要重算吗？

不用。输出文件里有RI信息，你可以自行查看。参考态HF步骤可以有RI，也可以没有；DLPNO-CC步骤必有RI。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-21 16:38

mfdsrax2 发表于 2023-3-21 02:57
请问一下DLPNO-CCSD(T)为什么必须用RI，我之前的都没用也能算出来，需要重算吗？

DLPNO-CCSD(T)计算即使不写RI，也默认打开RI

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-21 18:03

wzkchem5 发表于 2023-3-20 21:04
但凡懂英语，都能看懂。
很多人会觉得，需要先学怎么分析输出文件，再去分析输出文件。其实很多时候并非 ...

老师您好，我自己分析了一下输出文件，判断是SCF不收敛，正在尝试不同关键词解决，您能帮我看一下确认一下吗？有怀疑过内存，但是确实没看见关于memory的提示，谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-21 18:18

sakura1109 发表于 2023-3-21 11:03
老师您好，我自己分析了一下输出文件，判断是SCF不收敛，正在尝试不同关键词解决，您能帮我看一下确认一 ...

stderr有输出吗？

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-21 19:36

wzkchem5 发表于 2023-3-21 18:18
stderr有输出吗？

老师，stderr指的是这个吗

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2023-3-21 19:57
先把SOSCF关了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-21 20:15

sakura1109 发表于 2023-3-21 12:36
老师，stderr指的是这个吗

对。
可以看到进程被杀掉了，因此不是SCF不收敛的问题（SCF不收敛不会导致进程被杀，而是进程自己报错退出）。检查是不是这个节点本来就不适合并行计算（比如这个是不是提交任务的节点而非运行任务的节点），以及进程是否被管理员杀掉了（问管理员）

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-22 09:43
本帖最后由 sakura1109 于 2023-3-22 09:45 编辑

wzkchem5 发表于 2023-3-21 20:15
对。
可以看到进程被杀掉了，因此不是SCF不收敛的问题（SCF不收敛不会导致进程被杀，而是进程自己报错退 ...

老师，排除掉了人为kill的原因，发现几乎每一次差不多都是在*** Initiating the TRAH-SCF procedure ***这个部分跑不下去的，大部分都存在这样的stderr。
之前也用小任务检查过orca可以并行运行正常结束（论坛上的例子），也怀疑过是不是用剩下的核数跑Gaussian挤到了内存（Gaussian任务会报内存不够然后停下来，orca仍然运行中），但是只跑orca还是会有这样的stderr，不管是添加了KDIIS、SOSCF还是slowconv好像都是在*** Initiating the TRAH-SCF procedure ***这个位置。

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-22 09:44

hebrewsnabla 发表于 2023-3-21 19:57
先把SOSCF关了

好的，没有写SOSCF了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-22 17:00

sakura1109 发表于 2023-3-22 02:43
老师，排除掉了人为kill的原因，发现几乎每一次差不多都是在*** Initiating the TRAH-SCF procedure *** ...

那可能是TRAH用的内存确实太多。检查一下maxcore乘以nprocs，和实际可用的物理内存哪个大

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-23 08:36

wzkchem5 发表于 2023-3-22 17:00
那可能是TRAH用的内存确实太多。检查一下maxcore乘以nprocs，和实际可用的物理内存哪个大

把线程和内存都写得比较小了，想看看报错提醒预估内存，但是还是在同样的位置， WARNING: the maximum gradient error descreased on average only by a factor 1.0
during the last 20 iterations

*** Initiating the TRAH-SCF procedure ***
然后就ORCA finished by error termination in SCF，又停了

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-23 08:58
本帖最后由 sakura1109 于 2023-3-23 15:09 编辑

wzkchem5 发表于 2023-3-22 17:00
那可能是TRAH用的内存确实太多。检查一下maxcore乘以nprocs，和实际可用的物理内存哪个大

老师，这是输入文件，如果可以的话能帮我测试一下吗？我实在找不到原因了，内存写的比较小也没看见memory提醒，核13x10G是没有超出的呀，还是一样的stderr

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-23 15:55

sakura1109 发表于 2023-3-23 01:36
把线程和内存都写得比较小了，想看看报错提醒预估内存，但是还是在同样的位置， WARNING: the maximum gr ...

实在不行的话写NoTRAH把TRAH关了，然后在orca论坛上发帖说一下。也许是TRAH的bug

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-24 20:20

wzkchem5 发表于 2023-3-23 15:55
实在不行的话写NoTRAH把TRAH关了，然后在orca论坛上发帖说一下。也许是TRAH的bug

好的，关掉了TRAH，这是正常不收敛的提示吗？输出文件末尾是                                  ERROR    This wavefunction IS NOT CONVERGED!
   But SCFConvergence was forced (by user or by method)
   Aborting ...
   --------------------------------------------------------------------

ORCA finished by error termination in SCF
Calling Command: mpirun -np 14  /opt/software/orca504/orca_scf_mpi 16em2-37-C-2H1gd-irc-rcsp-DLPNO-CCSDT.gbw b 16em2-37-C-2H1gd-irc-rcsp-DLPNO-CCSDT
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-24 20:25

sakura1109 发表于 2023-3-24 13:20
好的，关掉了TRAH，这是正常不收敛的提示吗？输出文件末尾是 ERROR ...

按https://sites.google.com/site/or ... -convergence-issues的方法解决

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-25 09:32

wzkchem5 发表于 2023-3-24 20:25
按https://sites.google.com/site/orcainputlibrary/scf-convergence-issues的方法解决

因为体系中有Fe，干脆先用二茂铁试一下能不能跑通，请问为什么收敛了却没有能量输出还报错呢？输出文件末尾：
SCF ITERATIONS
--------------
ITER    Energy       Delta-E       Max-DP    RMS-DP    [F,P]    Damp
  0  -1646.3120302640 0.000000000000 0.02550248  0.00061834  0.2203989 0.7000
  1  -1646.2825879754 0.029442288612 0.02532250  0.00073115  0.2090232 0.7000
                           ***Turning on DIIS***
  2  -1646.3617231561  -0.079135180670 0.02425411  0.00059406  0.1714172 0.7000
  3  -1647.8592111464  -1.497487990346 0.01677899  0.00034156  0.1349106 0.7000
  4  -1646.9195128759 0.939698270558 0.01378546  0.00023292  0.1048811 0.7000
  5  -1646.5483067128 0.371206163046 0.03736523  0.00063630  0.0779617 0.0000
  6  -1647.2362203229  -0.687913610047 0.01673543  0.00023775  0.0141074 0.0000
  7  -1647.0491523400 0.187067982878 0.00452764  0.00006763  0.0052154 0.0000
  8  -1646.9851174136 0.064034926408 0.00140553  0.00003019  0.0032085 0.0000
  9  -1646.9473640527 0.037753360876 0.00112761  0.00001650  0.0010367 0.0000
10  -1646.9206835585 0.026680494178 0.00069566  0.00001201  0.0010258 0.0000
11  -1646.9148008351 0.005882723437 0.00053705  0.00000859  0.0003515 0.0000
12  -1646.9186133967  -0.003812561633 0.00020832  0.00000341  0.0005404 0.0000
13  -1646.9125111729 0.006102223770 0.00006253  0.00000074  0.0000671 0.0000
14  -1646.9137455851  -0.001234412145 0.00001882  0.00000015  0.0000086 0.0000
15  -1646.9137207219 0.000024863223 0.00000762  0.00000006  0.0000030 0.0000
16  -1646.9137231574  -0.000002435500 0.00000329  0.00000001  0.0000011 0.0000
                        ***DIIS convergence achieved***

            *****************************************************
            *                   SUCCESS                      *
            *          SCF CONVERGED AFTER  17 CYCLES       *
            *****************************************************

ORCA finished by error termination in SCF
Calling Command: mpirun -np 20  /opt/software/orca504/orca_scf_mpi Fe.gbw b Fe
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-25 16:19

sakura1109 发表于 2023-3-25 02:32
因为体系中有Fe，干脆先用二茂铁试一下能不能跑通，请问为什么收敛了却没有能量输出还报错呢？输出文件末 ...

这个可能是openmpi安装问题了

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-25 20:27

wzkchem5 发表于 2023-3-25 16:19
这个可能是openmpi安装问题了

已经不知道怎么解决了，其它测试任务其实是正常的，并行也好，任务也是正常结束的，有看到会不会是权限问题，参考帖子http://bbs.keinsci.com/thread-569-1-1.html给权限或者干脆直接root交任务，都不行，

作者
Author: dnlx 时间: 2023-3-27 04:24
本帖最后由 dnlx 于 2023-3-27 05:04 编辑

sakura1109 发表于 2023-3-23 08:58
老师，这是输入文件，如果可以的话能帮我测试一下吗？我实在找不到原因了，内存写的比较小也没看见memory ...

你的体系maxcore 20000很可能不够

我刚算过C60H84（饱和稠环，没有双键），和你一样的基组和收敛条件，5.0.3版本，maxcore 20000仍然出错（出错信息是常见的“ORCA finished by error termination in MDCI”），加到50000才通过。因为内存限制，只能用六个核，算了17小时。

作者
Author: sakura1109 时间: 2023-3-27 11:02

dnlx 发表于 2023-3-27 04:24
你的体系maxcore 20000很可能不够

我刚算过C60H84（饱和稠环，没有双键），和你一样的基组和收敛条件 ...

谢谢你的回复，现在的问题主要是打开TRAH没法算，没有任何内存报错直接卡掉，后台检测发现不论如何限定内存，即放大内存缩小核数仍会一直占满直接卡死（考虑到可能是TRAH bug且体系不宜收敛），没有ORCA finished by error termination in MDCI的提示。以及关闭TRAH后存在ORCA finished by error termination in SCF，本想按照不收敛来解决，但是测试二茂铁发现出现非常规报错（附上二茂铁输入文件，您是否可以帮我测试一下能否有正常能量输出？目前计算两分钟就收敛成功但无能量输出），考虑orca运行环境问题，希望能够解决后看能不能带上TRAH计算。所以之前求助会给出输入文件看看是否存在orca安装问题。在此之前用小分子orca运行测试，并行、输出均正常。

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