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标题: 求助：能量最小化的时候配体断裂 [打印本页]

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Author: MagicMa 时间: 2023-3-20 16:58
标题: 求助：能量最小化的时候配体断裂
各位老师好，我在使用了官方教程中给到的.mdp文件进行能量最小化的时候发现配体相连的键都消失了，甚至受体也分裂出去一块，重复后配体仍是相同情况，请问这可能是哪步出现了问题？
我的配体拓扑是使用multiwfn生成输入文件到ORCA中计算RESP电荷，并使用sobtop输出的，受体使用了修改后的 GROMOS 56A6CARBO_R立场，步骤是根据官方教程来的，因为没有使用官方的方法生成拓扑，因此在topol.top中仅在moleculetype前include了配体的itp文件，并非在posre.itp后include。

作者
Author: MagicMa 时间: 2023-3-20 17:12
补充下，在添加溶剂以及添加离子过程中gromacs均有一次warning，但我都-maxwarn忽略了，可能是因为立场文件本身受到修改导致的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-20 21:11
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

发完帖子好好检查，1L里黑色底色严重影响阅读。发现有问题及时编辑原贴

作者
Author: pupukoNANA 时间: 2023-8-26 17:27
检查拓扑文件里原子顺序和结构文件里的是否一样，如果不一样需要手动调整

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