计算化学公社

标题: 求助能量分解和相互作用能不对应的问题 [打印本页]

作者
Author: 小翟w 时间: 2023-3-21 09:26
标题: 求助能量分解和相互作用能不对应的问题
老师，请教一下，这个结构我的能量分解算下的总能量和相互作用能的能量差的很多，这是所有的文件，老师们，科研小白，请老师们指导一下

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-3-21 11:39
按照你画圈的内容推断，你觉得第2行最后2列数据相差大还是小？

作者
Author: 小翟w 时间: 2023-3-21 20:51

zjxitcc 发表于 2023-3-21 11:39
按照你画圈的内容推断，你觉得第2行最后2列数据相差大还是小？

老师，这两个结构都差得很多，但是第二个我最后看了，没有弱相互作用，我不准备用那组数据

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-3-22 01:02
（1）aug-cc-pVTZ对当前输入文件所有原子是全电子基组，没有赝势，所以不要写pseudo=read。
（2）8核并行，总内存才给1GB，太抠了，>8GB为宜。
（3）我把你的体系提交给frag_guess_wfn小程序，基组换成了aug-cc-pVDZ（我暂时没有大机器可用），高斯算的相互作用能与GAMESS结果十分一致
frag_guess_wfn输出

If you are performing a GKS-EDA calculation using DFT or a LMO-EDA calculation
using HF, then the following energy should be close to 'TOTAL INTERACTION ENERGY'
of 'OWN BASIS SET' section in GAMESS output:
0.84 kcal/mol
and the following energy should be close to 'TOTAL INTERACTION ENERGY' of
'ALL BASIS SET' section in GAMESS output:
3.68 kcal/mol

复制代码

GAMESS输出

-------------
OWN BASIS SET HARTREE KCAL/MOL
-------------
ELECTROSTATIC ENERGY ES= -0.086045 -53.99
EXCHANGE ENERGY EX= -0.158319 -99.35
REPULSION ENERGY REP= 0.312579 196.15
POLARIZATION ENERGY POL= -0.060404 -37.90
GRIMME DISP CORRECTION DC= -0.006279 -3.94
ELECTRON CORRELATION CORR= -0.000203 -0.13
TOTAL INTERACTION ENERGY E= 0.001329 0.83
-------------
ALL BASIS SET HARTREE KCAL/MOL
-------------
ELECTROSTATIC ENERGY ES= -0.082778 -51.94
EXCHANGE ENERGY EX= -0.155950 -97.86
REPULSION ENERGY REP= 0.307582 193.01
POLARIZATION ENERGY POL= -0.056902 -35.71
GRIMME DISP CORRECTION DC= -0.006279 -3.94
ELECTRON CORRELATION CORR= 0.000168 0.11
TOTAL INTERACTION ENERGY E= 0.005840 3.66

复制代码

你看看你是不是哪里细节搞错了，根据上面的建议再检查、修改一下。

作者
Author: 小翟w 时间: 2023-3-23 08:52

zjxitcc 发表于 2023-3-22 01:02
（1）aug-cc-pVTZ对当前输入文件所有原子是全电子基组，没有赝势，所以不要写pseudo=read。
（2）8核并行 ...

好，谢谢老师，我按照您的建议再检查一遍

作者
Author: 小翟w 时间: 2023-3-23 08:57

zjxitcc 发表于 2023-3-22 01:02
（1）aug-cc-pVTZ对当前输入文件所有原子是全电子基组，没有赝势，所以不要写pseudo=read。
（2）8核并行 ...

有点奇怪，您能量分解出来的数据和我的差不多，您的是3.66kcal/mol ,我的是3.68kcal/mol,但是相互作用能我算i的是-17.98kcal/mol

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-3-23 13:17

小翟w 发表于 2023-3-23 08:57
有点奇怪，您能量分解出来的数据和我的差不多，您的是3.66kcal/mol ,我的是3.68kcal/mol,但是相互作用能 ...

我展示的Gaussian算出的相互作用能是在frag_guess_wfn小程序的输出内容里的。不知道你“算”的Gaussian的相互作用能是从哪里来的

作者
Author: 小翟w 时间: 2023-3-23 16:27

zjxitcc 发表于 2023-3-23 13:17
我展示的Gaussian算出的相互作用能是在frag_guess_wfn小程序的输出内容里的。不知道你“算”的Gaussian的 ...

这样啊，我的是相互作用能用BSSE修正过的

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-3-23 16:30
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-3-23 16:33 编辑

小翟w 发表于 2023-3-23 16:27
这样啊，我的是相互作用能用BSSE修正过的

frag_guess_wfn小程序的输出内容里既有考虑了BSSE的相互作用能、也有没考虑BSSE的（注意看我4L的回复内容）。不用自己再做额外计算，这也是使用frag_guess_wfn的好处之一。你自己再做额外计算，反倒是浪费机时了（还不一定算对了）

作者
Author: 小翟w 时间: 2023-3-23 20:26

zjxitcc 发表于 2023-3-23 16:30
frag_guess_wfn小程序的输出内容里既有考虑了BSSE的相互作用能、也有没考虑BSSE的（注意看我4L的回复内容 ...

这样啊，我懂啦，谢谢老师

作者
Author: 小翟w 时间: 2023-5-2 11:54

zjxitcc 发表于 2023-3-22 01:02
（1）aug-cc-pVTZ对当前输入文件所有原子是全电子基组，没有赝势，所以不要写pseudo=read。
（2）8核并行 ...

老师，打扰一下，想问问，我又重新算了一下，发现和您算的一样，但是相互作用能正常来说不是负的吗，我看我和您算的都是正的，这样的数据是不是就不能用了？要重新优化结构？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-5-2 13:35

小翟w 发表于 2023-5-2 11:54
老师，打扰一下，想问问，我又重新算了一下，发现和您算的一样，但是相互作用能正常来说不是负的吗，我看 ...

负的表示当前两个结构不会结合/复合到一块儿，很正常，万物有吸引有排斥。后续做啥看你的研究目的。

作者
Author: 小翟w 时间: 2023-5-3 11:04

zjxitcc 发表于 2023-5-2 13:35
负的表示当前两个结构不会结合/复合到一块儿，很正常，万物有吸引有排斥。后续做啥看你的研究目的。

好的，老师，目前研究的是二体之间的弱相互作用，相互作用能是正的，是不是说明这个二体之间没有弱相互作用，就不用研究这个结构了，老师，我这样理解对不对

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-5-3 11:08

小翟w 发表于 2023-5-3 11:04
好的，老师，目前研究的是二体之间的弱相互作用，相互作用能是正的，是不是说明这个二体之间没有弱相互作 ...

只能说明当前结构下形成复合物能量比两个单体的能量之和高，不代表其他结构下如何如何。

作者
Author: 小翟w 时间: 2023-5-3 12:07

zjxitcc 发表于 2023-5-3 11:08
只能说明当前结构下形成复合物能量比两个单体的能量之和高，不代表其他结构下如何如何。

好的，谢谢老师

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