计算化学公社

标题: AIMD模拟后借助gmx hbond计算水溶剂分子之间氢键数目问题 [打印本页]

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Author: uyhvtv 时间: 2023-3-21 19:37
标题: AIMD模拟后借助gmx hbond计算水溶剂分子之间氢键数目问题
想请问大家一个关于aimd结果用gromacs计算氢键的问题，本人先将O-H做成group后，并将其作为供体和受体，用gmx_mpi hbond计算氢键数目，出现了donor为0的情况，导致没有结果输出，是哪里出现了问题？

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Author: sobereva 时间: 2023-3-21 23:04
gro文件里原子名必须合适，能让GROMACS认得出元素是氧和氢

作者
Author: uyhvtv 时间: 2023-3-22 10:29

sobereva 发表于 2023-3-21 23:04
gro文件里原子名必须合适，能让GROMACS认得出元素是氧和氢

感谢您的回复，这里我查看了XDATCAR.top文件，里面元素和mass是对的上的，我重新运行了一下，供体和受体都用group O H，错误不变，已group O和group H分别作为受体和供体，也会出现没有donors现象

作者
Author: lyj714 时间: 2023-3-22 16:19
本帖最后由 lyj714 于 2023-3-22 16:22 编辑

从你发的一系列截图不难看出拓扑中的原子名称都是Ru，这肯定是不行的。gmx hbond判供体和受体只根据拓扑中原子名称的第一个字符和成键关系，而非轨迹gro中的。虽然你用其他工具生成了伪top，但是你必须确保名称正确，并且成键（O-H之间的)也要正确。另外，你也可以用vmd进行氢键分析，可以直接通过gro轨迹中的原子名称

作者
Author: uyhvtv 时间: 2023-3-24 21:49

lyj714 发表于 2023-3-22 16:19
从你发的一系列截图不难看出拓扑中的原子名称都是Ru，这肯定是不行的。gmx hbond判供体和受体只根据拓扑中 ...

再次感谢您的回复我查看文件top文献，H和O也是有的，上述是没有截图到，这里关于“成键（O-H之间的)也要正确”这部分还是不太理解，我想是我这部分操作存在错误，能否可以具体阐明一下，谢谢

作者
Author: lyj714 时间: 2023-3-25 00:12

uyhvtv 发表于 2023-3-24 21:49
再次感谢您的回复我查看文件top文献，H和O也是有的，上述是没有截图到，这里关于“成键（O-H之间的)也要 ...

就是top中必须存在[ bonds] 这个字段，并且指定所有的水的氧原子和对应H的成键才行，因为只有成键的氧原子，才能被gmx判断是供体氧，否则孤立的氧只能被认为是受体

作者
Author: uyhvtv 时间: 2023-4-11 20:16
感谢您的回复，我在运行H2O的AIMD过程中，H-O的键长和键角可能是改变的，那[ bonds] 是如何才能添加呢，谢谢

作者
Author: uyhvtv 时间: 2023-4-11 20:17

lyj714 发表于 2023-3-25 00:12
就是top中必须存在[ bonds] 这个字段，并且指定所有的水的氧原子和对应H的成键才行，因为只有成键的氧原 ...

感谢您的回复，我在运行H2O的AIMD过程中，H-O的键长和键角可能是改变的，那[ bonds] 是如何才能添加呢，谢谢

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