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标题: 请教一下[C7F15COO-Fe]2+络合物优化的结构与文献中结构对不上的问题 [打印本页]

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Author: 小黑 时间: 2023-3-22 17:01
标题: 请教一下[C7F15COO-Fe]2+络合物优化的结构与文献中结构对不上的问题
请问各位老师，我按照文献上的DFT泛函（b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3bj）和基组（Fe ：LanL2dz，其余元素：6-31g(d,p)）进行了[C7F15COO-Fe]2+（即PFOA阴离子和Fe3+）络合物的结构优化，但是键长和文献的结构对不上，并且C1-C2键还有断键的情况，文献键长为1.55左右，我计算的结构1.64左右，怎么解决这个问题呢。输出文件由于文件限制放不上来，截图请大家帮忙看一看

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Author: wzkchem5 时间: 2023-3-22 17:07
电荷和自旋多重度错误。自己算一下配体和金属的电荷之和是多少，然后按配体场理论计算自旋多重度
此外这个体系没加显式溶剂化，除非你研究的就是气相里的结合，否则结果无意义

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Author: 小黑 时间: 2023-3-22 17:34

wzkchem5 发表于 2023-3-22 17:07
电荷和自旋多重度错误。自己算一下配体和金属的电荷之和是多少，然后按配体场理论计算自旋多重度
此外这个 ...

老师您好，C7F15COO-带有一个负电荷，Fe3+带有三个正电荷，它们的络合物电荷是+2，我是按照这样算的，然后Fe3+的α电子比β电子多3个，coo-的α电子和β电子数量相等，所以自旋多重度设置为4，请问一下应该怎样计算？这个结构需要加显式溶剂模型而不是隐式是因为溶剂会对这个络合物的结构有影响吗？（溶剂是水）

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Author: wzkchem5 时间: 2023-3-22 17:37

小黑发表于 2023-3-22 10:34
老师您好，C7F15COO-带有一个负电荷，Fe3+带有三个正电荷，它们的络合物电荷是+2，我是按照这样算的，然 ...

哦你算的是Fe(III)，那电荷确实没错，但自旋多重度仍然错了。自己重新从配体场理论，判断这个Fe3+是高自旋还是低自旋，然后判断自旋多重度。
Fe的第一配位层的水必须全部显式描述，对于高精度的计算甚至第二配位层也需要显式描述

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Author: 小黑 时间: 2023-3-23 09:46

wzkchem5 发表于 2023-3-22 17:37
哦你算的是Fe(III)，那电荷确实没错，但自旋多重度仍然错了。自己重新从配体场理论，判断这个Fe3+是高自 ...

老师您好，我按照您的方法重新算了，自旋多重度设置为6，然后先加了隐式溶剂模型，目前优化出来的结构和文献中差不多了。因为我还不会加显式溶剂模型，这样的情况是否还需要再加显式溶剂模型。是按照卢老师的《构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法》这篇博文加吗？

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Author: wzkchem5 时间: 2023-3-23 15:56

小黑发表于 2023-3-23 02:46
老师您好，我按照您的方法重新算了，自旋多重度设置为6，然后先加了隐式溶剂模型，目前优化出来的结构和 ...

可以，但不是必须的。如果只加第一配位层的话，可以按化学常识手动加，然后做构象搜索确定氢原子的取向

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Author: 小黑 时间: 2023-3-26 07:48

wzkchem5 发表于 2023-3-23 15:56
可以，但不是必须的。如果只加第一配位层的话，可以按化学常识手动加，然后做构象搜索确定氢原子的取向

好的，十分感谢您！帮我解决了很大的问题

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Author: zdffdz123 时间: 2024-12-25 14:40

小黑发表于 2023-3-26 07:48
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请问针对您这个问题的最后优化后的代码可以发一下嘛，我想看一下学习学习！

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