计算化学公社

标题: 求助关于ONIOM计算Cl-与O3界面反应的结果处理 [打印本页]

作者
Author: July. 时间: 2023-3-22 17:45
标题: 求助关于ONIOM计算Cl-与O3界面反应的结果处理
各位老师好：
我采用cp2k跑了Cl-与O3界面反应的BOMD模拟，但没有观察到他们之间的反应。所以用ONIOM计算了Cl-与O3在界面上的反应中间体及过渡态（反应中心以及有作用力的水分子设为qm，其余部分设为mm并采用-1固定），之后打算将ONIOM的计算结果与Cl-与O3裸反应的结果相对比，主要是对比相对能量及反应能垒，请问是否可以这样比较。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-22 17:53
比较是可以比较，但是MM区全部固定感觉比较不妥，一般的做法是离QM区足够近的MM原子不固定。因为反正MM区即使做结构优化，也几乎不增加计算量，没必要全部固定

作者
Author: July. 时间: 2023-3-22 20:05
本帖最后由 July. 于 2023-3-22 20:12 编辑

感谢老师建议，我本来想通过对比说明该反应在界面更容易发生，但目前计算出来的结果是ONIOM计算出的能垒是25.5 kcal/mol （左图）气相裸反应能垒为5.6 kcal/mol （右图），与预期结果刚好相反，是否是因为固定原子数目过多的原因？或者是我的预想本来就是错的？不好意思w老师，本来是想回复您的建议的，但没有找到上传图片的地方，只能发在这里了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-22 20:23

July. 发表于 2023-3-22 13:05
感谢老师建议，我本来想通过对比说明该反应在界面更容易发生，但目前计算出来的结果是ONIOM计算出的能垒是2 ...

你是说你预想这个反应在气相里更难？依据是什么？

作者
Author: July. 时间: 2023-3-22 20:28

wzkchem5 发表于 2023-3-22 20:23
你是说你预想这个反应在气相里更难？依据是什么？

老师，我的意思是预想界面反应容易进行，但是我的计算结果却显示气相更容易，我现在不知道那一步出错了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-22 20:42

July. 发表于 2023-3-22 13:28
老师，我的意思是预想界面反应容易进行，但是我的计算结果却显示气相更容易，我现在不知道那一步出错了

实验是怎么知道气相里更难的？会不会不是因为气相里Cl-和O3反应更难，而是因为气相里Cl-更难产生，例如Cl-倾向于以HCl形式存在？

作者
Author: July. 时间: 2023-3-22 20:48

wzkchem5 发表于 2023-3-22 20:42
实验是怎么知道气相里更难的？会不会不是因为气相里Cl-和O3反应更难，而是因为气相里Cl-更难产生，例如Cl ...

非常感谢老师的建议，确实是还没有往这方面考虑过，一直在纠结计算结果的准确性，我再查阅一下相关文献，再次感谢

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