计算化学公社

标题: 用molclus调用Gaussian时，服务器断开 [打印本页]

作者
Author: wangzh 时间: 2023-3-23 09:17
标题: 用molclus调用Gaussian时，服务器断开
本帖最后由 wangzh 于 2023-3-27 20:04 编辑

老师们好，我用molclus调用Gaussian进行构象搜索，内存设置28G,已经成功优化完了19个构型，在算第20个构型的时候，服务器断开了，错误信息是galloc: could not allocate memory。我服务器是32G的内存，之后我设置内存为19G,提交任务后，没算多久服务器又关机了，优化输出文件只写入了开头部分。
1.请问出现这种情况的可能原因是什么？
2.有可能是Gaussian默认缓存目录所在分区的剩余空间有关吗？如果这样应该怎么修改？
3.第三次计算前，将Swap的2G改成了32G,这步操作有没有必要？

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2023-3-23 14:42
附件只给了张一句话就能说明白的截图，这个操作我是真没想到
你应该上传自己的被molclus调用的高斯输入文件模板
如果高斯输入文件模板没问题有没有可能是你当时在运行其它高内存消耗的程序导致可用内存小于了19G

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2023-3-23 15:37
服务器断开和服务器死机完全是两码事，我用了这么久Linux从来没遇到过死机的情况

作者
Author: wangzh 时间: 2023-3-23 17:23

mfdsrax2 发表于 2023-3-23 15:37
服务器断开和服务器死机完全是两码事，我用了这么久Linux从来没遇到过死机的情况

不好意思，是断开，重新开机就可以了，已修改

作者
Author: wangzh 时间: 2023-3-23 17:36

ABetaCarw 发表于 2023-3-23 14:42
附件只给了张一句话就能说明白的截图，这个操作我是真没想到
你应该上传自己的被molclus调用的高斯输入文 ...

感谢老师提醒，计算的时候只有我一个任务
高斯在服务器上计算，占用物理内存来运行，占用硬盘空间来储存输出信息等，老师，我的这个理解是对的吗？如果是这样的话，出现服务器断开，有可能会是硬盘空间不够造成的吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-23 17:41

wangzh 发表于 2023-3-23 10:36
感谢老师提醒，计算的时候只有我一个任务
高斯在服务器上计算，占用物理内存来运行，占用硬盘空间来储存 ...

更可能是完全不相关的原因。先联系服务器管理员，确定不是因为碰巧发生了其他的什么事情（比如哪个插头松了、哪个磁盘刚好出现坏区了）导致服务器断开，再讨论你的任务可能会因为哪些原因导致服务器断开。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-24 01:03

wangzh 发表于 2023-3-23 17:36
感谢老师提醒，计算的时候只有我一个任务
高斯在服务器上计算，占用物理内存来运行，占用硬盘空间来储存 ...

机子重启后，检查硬盘空间便知
如果真是把硬盘完全写满了，导致系统后台产生一些临时文件、写入日志等操作都无法实现，倒也不排除导致机子挂掉的可能

作者
Author: wangzh 时间: 2023-3-27 20:02
本帖最后由 wangzh 于 2023-3-28 19:20 编辑

今天重新运行了一下高斯，算了一段时间服务器又断开了，感谢各位老师

作者
Author: wangzh 时间: 2023-3-28 19:20

wzkchem5 发表于 2023-3-23 17:41
更可能是完全不相关的原因。先联系服务器管理员，确定不是因为碰巧发生了其他的什么事情（比如哪个插头松 ...

老师好，我重新放入输出文件，请老师们帮我看看。
检查了内存，物理空间都没有问题，

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-28 20:18

wangzh 发表于 2023-3-28 12:20
老师好，我重新放入输出文件，请老师们帮我看看。
检查了内存，物理空间都没有问题，

你问过服务器管理员了吗？我觉得问管理员更有可能问出真正的原因来，因为这个问题很可能主要涉及你们服务器的具体情况，而非高斯或molclus的特性。

作者
Author: wangzh 时间: 2023-3-29 19:52

wzkchem5 发表于 2023-3-28 20:18
你问过服务器管理员了吗？我觉得问管理员更有可能问出真正的原因来，因为这个问题很可能主要涉及你们服务 ...

老师，现在可以算了，但是具体什么原因不知道，只是换了一下服务器位置，非常感谢您的帮助！

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