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标题: turbomole和高斯计算文件，怎样转化？ [打印本页]
作者Author: 小范范1989 时间: 2014-11-29 21:14
标题: turbomole和高斯计算文件，怎样转化？
本帖最后由 小范范1989 于 2014-11-29 21:16 编辑
最近看了看帅老师，彭老师，还有牛老师的momap。他们的计算文件是turbomole的计算，但是，我们这边是高斯计算，两者计算的文件能不能转化一下？
因为，momap开始的文件，就是需要turbomole计算出来的。但是，高斯没办法计算。how to do？thanks
顺带问一下，假如说通过dalton计算隙间跨越速率，等
计算s1-t1的旋轨耦合，输入文件是基于谁的结构？t1的？
计算t1-s1的旋轨耦合，输入文件是基于谁的结构？t1的？
计算s0-t1的旋轨耦合，输入文件是基于谁的结构？s0的？
thanks two
作者Author: sobereva 时间: 2014-11-29 21:20
没有办法直接转换，必须改写接口。
正好前一阵子就把一个团簇搜索程序的Turbomole接口改成了Gaussian接口（turbomole实在难用）。当然前提是高斯能计算出momap要获得的信息。
作者Author: 小范范1989 时间: 2014-11-29 22:02
我看momap，期初是通过计算，得到coord，还有modes等等，这些是通过turboole得到的吧？而且后面计算，用到了这些modes，coord。
我这只能高斯计算，那怎么才能得到这些文件。我给你看看coord的内用：
$coord
0.00000000000000 0.00000000000000 -4.64314597743784 c
-2.39811640048456 0.00000000000000 -3.51977124768280 c
-3.01807498384126 0.00000000000000 -0.94494029373839 c
2.39811640048456 0.00000000000000 -3.51977124768280 c
-1.41860395373020 0.00000000000000 1.15202113303329 c
3.01807498384126 0.00000000000000 -0.94494029373839 c
1.41860395373020 0.00000000000000 1.15202113303329 c
0.00000000000000 0.00000000000000 -6.71654483923331 h
-4.00241373828625 0.00000000000000 -4.82958299394515 h
-5.04650147488635 0.00000000000000 -0.50961265856566 h
4.00241373828625 0.00000000000000 -4.82958299394515 h
5.04650147488635 0.00000000000000 -0.50961265856566 h
-2.17729665888652 0.00000000000000 3.70454600247217 c
-4.13314714263836 0.00000000000000 4.36113822357443 h
0.00000000000000 0.00000000000000 5.23298367995125 c
0.00000000000000 0.00000000000000 7.29911080642416 h
2.17729665888652 0.00000000000000 3.70454600247217 c
4.13314714263836 0.00000000000000 4.36113822357443 h
$user-defined bonds
$redundant
number_of_atoms 18
degrees_of_freedom 17
internal_coordinates 17
frozen_coordinates 0
# definitions of redundant internals
1 k 1.0000000000000 stre 1 8 val= 2.07340
2 k 1.4142135623731 stre 13 14 val= 2.06312
3 k 1.0000000000000 stre 15 16 val= 2.06613
4 k 1.4142135623731 stre 3 2 val= 2.64842
5 k 1.0000000000000 stre 5 7 val= 2.83721
6 k 1.4142135623731 stre 5 3 val= 2.63734
7 k 1.4142135623731 stre 3 10 val= 2.07461
8 k 1.4142135623731 stre 5 13 val= 2.66289
9 k 1.4142135623731 stre 2 9 val= 2.07108
10 k -2.1642373531230 bend 7 3 5 val= -0.11644
1.4976987180649 bend 5 2 3
-0.5345224838248 bend 3 1 2
-0.5345224838248 bend 2 4 1
1.4976987180649 bend 1 6 4
-2.1642373531230 bend 4 7 6
2.4021222377657 bend 6 5 7
11 k 1.4142135623731 stre 13 15 val= 2.66021
12 k -1.0000000000000 bend 15 14 13 val= -0.63172
1.0000000000000 bend 5 14 13
13 k 1.0000000000000 bend 1 9 2 val= -0.01081
-1.0000000000000 bend 3 9 2
14 k -1.0000000000000 bend 5 10 3 val= 0.21420
1.0000000000000 bend 2 10 3
15 k 1.4142135623731 stre 1 4 val= 2.64819
16 k 0.3908790151697 bend 7 13 5 val= 0.04213
-0.6324555320337 bend 5 15 13
0.6324555320337 bend 13 17 15
-0.3908790151697 bend 15 7 17
17 k 0.6665386350580 bend 7 3 5 val= -0.24011
-0.2966375991822 bend 5 2 3
-0.5345224838248 bend 3 1 2
0.5345224838248 bend 2 4 1
0.2966375991822 bend 1 6 4
-0.6665386350580 bend 4 7 6
17 non zero eigenvalues of BmBt
1 4.215461071 1 0
1
2 3.866538446 2 0
2
3 3.762399758 3 0
3
4 3.114164336 4 0
4
5 2.832850318 5 0
5
6 2.671598130 6 0
6
7 2.117314734 7 0
7
8 1.992104478 8 0
8
9 1.652873197 9 0
9
10 0.943866975 10 0
10
11 0.513381843 11 0
11
12 0.400976435 12 0
12
13 0.354197190 13 0
13
14 0.334285935 14 0
14
15 0.268424759 15 0
15
16 0.212581071 16 0
16
17 0.118042886 17 0
17
$end
作者Author: sobereva 时间: 2014-11-29 22:26
文件的信息不可能直接能完全对应上，应该先看momap程序读哪些信息，再看通过高斯什么任务能输出出相应的信息。
估计就是几何优化出的坐标、振动分析得到的振动模式、频率，以及力常数矩阵等等
作者Author: 小范范1989 时间: 2014-11-30 08:12
偶，谢谢sob:lol
作者Author: mengzi 时间: 2014-12-26 18:39
最近在学习turbomole，感觉好难用的样子，老师您是用脚本交作业么？
作者Author: 小范范1989 时间: 2014-12-26 18:51
我用的都是高斯09.没用tur，这个我不知道，不好意思，
作者Author: mengzi 时间: 2014-12-26 18:57
还是多谢您了
作者Author: sobereva 时间: 2014-12-27 01:56
turbomole是比较麻烦，还不如用orca，免费，速度快，turbomole能实现的也基本都能实现
作者Author: mengzi 时间: 2014-12-27 09:00
多谢Sob的回复
作者Author: 小范范1989 时间: 2014-12-27 09:01
哈哈，很高兴能和你交流，你可以问问，清华帅大牛他们组，我当时看了一个软件，他们就是用tur计算，
作者Author: mengzi 时间: 2014-12-27 09:41
是帅志刚老师那个课题组？
作者Author: 小范范1989 时间: 2014-12-27 11:39
对，应该是、帅老师的组。
作者Author: 去去去 时间: 2021-11-18 18:34
老师您好 想请问一下如果使用turbomole做s0的优化计算 那输出文件里 优化好的结构坐标是在 coord 里面还是在 s0.xyz 里面呢?
感觉用orca算的时候的优化坐标和s0.xyz里的差不多 但是看到有人是用coord里面的坐标算的nto
作者Author: Boer 时间: 2022-6-29 14:43
老师们好，想请问一下参考文献中使用的软件是turbomole，SI中有其计算体系的坐标，但是我现在用的软件是高斯，想借鉴一下他的原子坐标有什么办法吗？我尝试过将他的坐标拷贝，但是好像键连关系有点混乱，不知道该怎么样才能够将他的坐标用到高斯中。请老师们给予一些建议，谢谢~
作者Author: wzkchem5 时间: 2022-6-29 15:45
直接拷过来就行了，但要注意坐标单位，turbomole默认的坐标单位好像是Bohr，需要在gjf文件里写units=bohr才能正确使用turbomole的坐标。
作者Author: Boer 时间: 2022-6-30 09:40
好的，谢谢王老师
作者Author: LYFE 时间: 2023-3-9 09:47
借贴想请教一下turbomole的泛函写法，源文件网站不见了，查看不了源文件
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