计算化学公社

标题: MECP程序搜索交叉点遇到的问题咨询，谢谢指点 [打印本页]

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-23 19:35
标题: MECP程序搜索交叉点遇到的问题咨询，谢谢指点
自己学习了sob老师的帖子和MECP程序：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=865
我的问题如下：
1：我想寻找S1-T2的势能面交叉点。所以，我的Input——Header A和B的文件为：
%mem=2GB
%nproc=12
%chk=S1-gas.chk
#n pbe1pbe/6-311G* force guess(read) td

First State

0 1

%mem=GB
%nproc=12
%chk=T2-gas.chk
#n pbe1pbe/6-311G* force guess(read) td(triplet,root=2)

Second State

0 1

通过把prepare.sh里开头的natm改成实际原子数。然后运行./prepare.sh。运行./runfirst.sh。出现的Job0_A.log和Job0_B.log没有正常结束，末尾为：
6                   5.03728  -3.64617  -0.35
1                   6.5061 -2.5512 -1.48056
1                   3.40645  -4.46848 0.78964
1                   5.55526  -4.59437  -0.44384
End of file in ZSymb.
Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l101.exe at Thu Jun 23 12:01:10 2016.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  6.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

我猜测是不是我输入文件的问题？因为我用例子能正常结束。
谢谢指点。

作者
Author: lyfchem 时间: 2016-6-23 20:04
为什么要加上td呢

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-23 20:27

lyfchem 发表于 2016-6-23 20:04
为什么要加上td呢

你好，我是想找S1和T2的，所以，S1我就写了td。
不知道对不对，谢谢你

作者
Author: lyfchem 时间: 2016-6-23 21:14

小范范1989 发表于 2016-6-23 20:27
你好，我是想找S1和T2的，所以，S1我就写了td。
不知道对不对，谢谢你

肯定不对撒

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-6-24 01:22
末尾加几个空行

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-24 07:29

liyuanhe211 发表于 2016-6-24 01:22
末尾加几个空行

谢谢。我在geom末尾空了一个空行，同时在Input_Header_A和B 中加了空行。为什么还是这个错误？谢谢指点。附件是我的文件，是不是我的表头写错了？这样找S1-T2的表头有错误吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-24 16:28

小范范1989 发表于 2016-6-24 07:29
谢谢。我在geom末尾空了一个空行，同时在Input_Header_A和B 中加了空行。为什么还是这个错误？谢谢指点。 ...

geom后面加俩空行

高斯Linux输入文件末尾至少有俩空行是常识

作者
Author: 遗忘爱神 时间: 2016-12-21 22:54
所以你最后找到了这个圆锥交叉点了吗？为什么我把geom里的结构提出来算单点两个态还差了挺多

作者
Author: 杨小狗 时间: 2017-2-18 20:49

lyfchem 发表于 2016-6-23 21:14
肯定不对撒

这个到底对不对呢加不加td呢我感觉现在改版的sobMECP的extract_energy可以对理论方法进行选择应该不必了

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-12 08:25
再次咨询sob老师一下，@sobereva
就是我用这个sob-MECP模拟test中例子，C6H5+能够正常结束，但是在模拟这个C6H5+_A2-3B1的时候，拷贝的初始的文件，计算不出例子的结果。
geom没有更新，我计算我自己的分子找S1-T1交叉点，也是这个问题。reprotfile没有内容，可能是我运行runfirst和runMECP是通过fan-one.pbs脚本运行，
输出都在fan-one.o55884和55885文件中了。
文件已经上传（我把chk文件删除了，其他都保留了），望sob老师指点一二，谢谢sob老师。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-12 09:51
刚刚有测试了TEST中最后一个分子，还是这样的问题呢、reportfile是0字节，可能我是脚本提交，输出在了.o文件中了。
谢谢老师指点

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-12 10:47

小范范1989 发表于 2017-4-12 09:51
刚刚有测试了TEST中最后一个分子，还是这样的问题呢、reportfile是0字节，可能我是脚本提交，输出在了.o文 ...

我并不保证程序和pbs之类脚本提交方式兼容
先用单机，把自带的例子里的输入文件跑一下

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-12 23:30

sobereva 发表于 2017-4-12 10:47
我并不保证程序和pbs之类脚本提交方式兼容
先用单机，把自带的例子里的输入文件跑一下

谢谢sob老师指点。执行老师的例子，找s0-T1的交叉点能找到。脚本应该是可以执行的。
今天在群里咨询，想用背景电荷的方式，runfirst没问题，runMECP的时候，采用这个方式遇到如下的错误，（用脚本执行的，脚本文件我也上传了）ProgFile Exists - OK
First Input OK
At line 230 of file MECP.f (unit = 8, file = 'ProgFile')
Fortran runtime error: End of file
Problem with Fortran program
Step Number 0 -- MECP not yet converged
An error has occurred, possibly in the Gaussian Job

高斯任务有错误吗？还是需要修改MECP.f的内容呢？谢谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-12 23:44

小范范1989 发表于 2017-4-12 23:30
谢谢sob老师指点。执行老师的例子，找s0-T1的交叉点能找到。脚本应该是可以执行的。
今天在群里咨询，想 ...

原理上和用背景电荷并不矛盾
检查下高斯输出文件，看怎么报错的
input tail最后也多加一些空行试试

作者
Author: 小强 时间: 2017-5-14 11:38

小范范1989 发表于 2017-4-12 23:30
谢谢sob老师指点。执行老师的例子，找s0-T1的交叉点能找到。脚本应该是可以执行的。
今天在群里咨询，想 ...

请问楼主，你这问题解决了吗？

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-5-14 15:33

小强发表于 2017-5-14 11:38
请问楼主，你这问题解决了吗？

你说的哪个问题？我这里面遇到过好几个问题。你说一下你遇到哪个了呢》？

作者
Author: 小强 时间: 2017-5-14 15:50

小范范1989 发表于 2017-5-14 15:33
你说的哪个问题？我这里面遇到过好几个问题。你说一下你遇到哪个了呢》？

就是运行./runMECP.sh提示这个报错的问题。
ProgFile Exists - OK
First Input OK
At line 230 of file MECP.f (unit = 8, file = 'ProgFile')
Fortran runtime error: End of file
Problem with Fortran program
Step Number 0 -- MECP not yet converged
An error has occurred, possibly in the Gaussian Job
自带的例子运行都没问题，自己的输入文件格式各方面也都核对，没找着问题出哪了？求指点

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-5-14 19:57

小强发表于 2017-5-14 15:50
就是运行./runMECP.sh提示这个报错的问题。
ProgFile Exists - OK
First Input OK

你的例子都运行完了？我记得当时我运行的时候，出现错误了。
你是计算哪个交叉点？采用的什么关键词？
你这地方的错误输出，和我之前的一样啊。

作者
Author: 小强 时间: 2017-5-15 09:28

小范范1989 发表于 2017-5-14 19:57
你的例子都运行完了？我记得当时我运行的时候，出现错误了。
你是计算哪个交叉点？采用的什么关键词？
...

我找的是T1/S1的交叉点，关键词如下：
计算T1用的UKS，关键词是#n b3lyp/6-31g* scrf=(solvent=methanol) force guess=read，自旋多重度为3
计算S1用的TDDFT，关键词是#n b3lyp/6-31g* td scrf=(solvent=methanol) force guess=read
例子我运行了卡宾和苯正离子的T1/S1(C6H5+_A2-3B1)和T1/S0(C6H5+)，没有问题。(觉得没有必要把例子都运行一遍吧，能确保与实际计算相关的例子运行没问题就可以了吧，不知道这么做对不对；不过我现在正在做没完成的例子

)
不知道从以上信息，对解决这问题有没有帮助。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-5-15 09:39

小强发表于 2017-5-15 09:28
我找的是T1/S1的交叉点，关键词如下：
计算T1用的UKS，关键词是#n b3lyp/6-31g* scrf=(solvent=methanol ...

你好，按说没问题的啊。
不过，我运行S1-T1的时候，没有成功。
只成功了T1（0.3）-S0的交叉点。
所以，这个问题我也不知道是啥原因。既然例子能通。主要把坐标什么的改改试试？
不好意思，我也不知道你这是咋回事。

作者
Author: 小强 时间: 2017-5-15 13:18

小范范1989 发表于 2017-5-15 09:39
你好，按说没问题的啊。
不过，我运行S1-T1的时候，没有成功。
只成功了T1（0.3）-S0的交叉点。

经过地毯式排查，我找到了导致这错误的原因了，和你分享下并供遇到同样问题的人参考下。
由于我在把坐标文件(geom)里面的元素符号换成原子序号时，是利用文本文档中的替换功能完成的(windows系统中完成)，这过程把原文件格式换了，才导致出现了这问题(因为我把例子的坐标文件用文本文档打开然后保存（没做任何修改）提交至工作站(linux系统)计算时，就报同样的错误)。
然后我用dos2unix命令对geom做了格式转换，在运行./sobMECP时就没这问题了(或许大家都是这么操作的，是我自己犯了常识性错误)。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-5-15 14:29

小强发表于 2017-5-15 13:18
经过地毯式排查，我找到了导致这错误的原因了，和你分享下并供遇到同样问题的人参考下。
由于我在把坐标 ...

你好，咨询一下“是利用文本文档中的替换功能完成的(windows系统中完成)，这过程把原文件格式换了”啥意思？我都是通过uestudio打开，然后修改元素为数字。这里面有什么格式要求还是什么？谢谢指点。

作者
Author: 小强 时间: 2017-5-15 14:56

小范范1989 发表于 2017-5-15 14:29
你好，咨询一下“是利用文本文档中的替换功能完成的(windows系统中完成)，这过程把原文件格式换了”啥意 ...

倒不是把元素修改为数字有格式要求(当然文件末尾得有空行)，而是在计算之前需要把geom的格式转换下，如果你是在windows上编辑geom文件而在linux系统上进行计算的话。
因为我是在windows下用写字板打开geom文件(自带例子中的)进行编辑并保存的，但是保存的时候会弹出该操作会"删除所有文档格式.....”提示，所以我认为应该是保存的时候把文件格式改成了该程序不识别的格式；所以就用dos2unix转换下格式，然后提交就没问题了(我是在linux系统上计算的)。
我没用过uestudio，但是我觉得解决方法应该是一样的。就是在你计算之前，把geom的格式用dos2unix命令转换下。
不知道说清楚了没，希望对你有帮助。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-5-15 15:24

小强发表于 2017-5-15 14:56
倒不是把元素修改为数字有格式要求(当然文件末尾得有空行)，而是在计算之前需要把geom的格式转换下，如果 ...

嗯，我明白了，我再试试，。谢谢你的指点。thanks

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-5-15 20:55

小强发表于 2017-5-15 14:56
倒不是把元素修改为数字有格式要求(当然文件末尾得有空行)，而是在计算之前需要把geom的格式转换下，如果 ...

老师你好。
我按照你说的方法，尝试了一下，还是不行，还是出现这样的错误
ProgFile Exists - OK
First Input OK
At line 230 of file MECP.f (unit = 8, file = 'ProgFile')
Fortran runtime error: End of file
Problem with Fortran program
Step Number 0 -- MECP not yet converged
An error has occurred, possibly in the Gaussian Job

我的操作就是，把自己修改的geom文件，执行dos2unix geom。
然后再按照sob老师博文的方法，chmod +x * ./prepare.sh等等，
还是不行，老师你看看我这几个文件，你能可以吗》
谢谢老师。

作者
Author: 小强 时间: 2017-5-16 08:31

小范范1989 发表于 2017-5-15 20:55
老师你好。
我按照你说的方法，尝试了一下，还是不行，还是出现这样的错误
ProgFile Exists - OK

我刚刚把你的文件提交算了下。是因为你Input_Tail文件写的不对，这个文件是定义赝势和赝势基组的，我把这文件里面的貌似是坐标的数据删了，然后dos2unix geom，提交就可以了。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-5-16 12:04

小强发表于 2017-5-16 08:31
我刚刚把你的文件提交算了下。是因为你Input_Tail文件写的不对，这个文件是定义赝势和赝势基组的，我把这 ...

非常感谢指点

作者
Author: 小范范1989 时间: 2019-2-28 08:54

小强发表于 2017-5-16 08:31
我刚刚把你的文件提交算了下。是因为你Input_Tail文件写的不对，这个文件是定义赝势和赝势基组的，我把这 ...

你好，咨询一下，当时出现这个问题：
ProgFile Exists - OK
First Input OK
At line 230 of file MECP.f (unit = 8, file = 'ProgFile')
Fortran runtime error: End of file
Problem with Fortran program
Step Number 0 -- MECP not yet converged
An error has occurred, possibly in the Gaussian Job

您就是通过dos2unix geom转换了以后，在提交runMECP可以了吗？
为什么我的还是不行呢？
这样转换了，还是不可以。还是上述的错误，不知道老师您还有没有其他的方法？谢谢我检查了runfirst计算输出文件，都正确。就是跑自己的例子的时候runMECP出现上述错误，sob-MECP自带的例子，没问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-28 14:42

小范范1989 发表于 2019-2-28 08:54
你好，咨询一下，当时出现这个问题：
ProgFile Exists - OK
First Input OK

根据报错提示试图自己检查
诸如End of file代表读取文件的时候读到该读的地方却已经到了文件末尾而没法读取，应该是ProgFile造成的。顺藤摸瓜总能弄清楚什么导致的。一般无非就是操作步骤或者输入文件不合要求

作者
Author: 小范范1989 时间: 2019-2-28 17:19

sobereva 发表于 2019-2-28 14:42
根据报错提示试图自己检查
诸如End of file代表读取文件的时候读到该读的地方却已经到了文件末尾而没法 ...

谢谢sob老师的指点。但是我挨个对照了我计算的文件，和我运行例子输出的文件。对比以后，感觉我的计算文件没问题。
主要的区别如下：
运行例子正常结束，输出的ProgFile为：
Progress File for MECP Optimization
Number of Atoms:
         3
Number of Steps already Run
         5
Is this a full ProgFile ?
         1
Next Geometry to Compute:
  6    0.000000000000    0.000000000000    0.254261704074
  1    0.000000000000    -0.855986907850    -0.462079190002
  1    0.000000000000    0.855986907850    -0.462079190002
Previous Geometry:
   0.000000000000    0.000000000000    0.252540472028
等等

但是，运行我自己的文件，runMECP，错误提示还是
ProgFile Exists - OK
First Input OK
At line 230 of file MECP.f (unit = 8, file = 'ProgFile')
Fortran runtime error: End of file
Problem with Fortran program
Step Number 0 -- MECP not yet converged
An error has occurred, possibly in the Gaussian Job

对应输出的ProgFile文件为：
Title
Number of Atoms
59
Number of Steps already Run
0
Is this a complete ProgFile ?
0
Geometry:
77                0.25192800 0.27869100 0.12569700
  9             -4.79953890 -1.03067910 1.46439303
等等。。

我发现这两个ProgFile不一样，这是为什么？只是更换了geom结构而已啊。
谢谢sob老师指点，自己实在没头绪了。谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-28 17:30

小范范1989 发表于 2019-2-28 17:19
谢谢sob老师的指点。但是我挨个对照了我计算的文件，和我运行例子输出的文件。对比以后，感觉我的计算文 ...

你再参考源代码鼓捣鼓捣吧

我目前是既没时间也没心思处理sobMECP的问题，因为我打算之后写个sobMECP 2.0版，完全脱离harvey那个程序，把使用流程显著简化、把功能强化

作者
Author: 小范范1989 时间: 2019-2-28 21:16

sobereva 发表于 2019-2-28 17:30
你再参考源代码鼓捣鼓捣吧

我目前是既没时间也没心思处理sobMECP的问题，因为我打算之后写个sobMECP 2 ...

期待，

。

谢谢sob老师指点。我在检查一下。

作者
Author: dcs1031 时间: 2020-3-22 21:53

小范范1989 发表于 2019-2-28 17:19
谢谢sob老师的指点。但是我挨个对照了我计算的文件，和我运行例子输出的文件。对比以后，感觉我的计算文 ...

你好，请问你最后解决了么？我跟你的问题一模一样。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2020-3-23 07:05

dcs1031 发表于 2020-3-22 21:53
你好，请问你最后解决了么？我跟你的问题一模一样。

你好，当时这个问题解决了。
有一段时间了，具体怎么有点记不清楚了哈。但是有几个点，我当时记得容易导致问题。
看看是不是高斯计算文件出错，很有可能是编辑文件的时候，没有保留下一样的空行。
再就是将sob老师的那些文件都拖入到文件夹中计算，是不是少了文件？
其他的想不起来了，抱歉

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