计算化学公社

标题: 求助：利用castep搜索过渡态，怎么计算虚频 [打印本页]

作者
Author: 认真学习的呆 时间: 2023-3-23 11:18
标题: 求助：利用castep搜索过渡态，怎么计算虚频
本帖最后由认真学习的呆于 2023-3-23 21:22 编辑

利用castep搜索到过渡态后，对过渡态结构进行优化和声子谱的计算，但是一直没有收敛成功，提高了优化的精度，但是依然还是不成功，大家知不知道是什么原因呢，或者有没有其他的方法计算过渡态的虚频和吉布斯自由能呢。
报错信息：

(, 下载次数 Times of downloads: 6)
计算设置： (, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 8) (, 下载次数 Times of downloads: 6) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: 认真学习的呆 时间: 2023-3-23 16:08
@卡开发发老师，具体的报错信息就是这样的，麻烦您可以帮忙看一下嘛

作者
Author: 卡开发发 时间: 2023-3-23 20:55

认真学习的呆发表于 2023-3-23 16:08
@卡开发发老师，具体的报错信息就是这样的，麻烦您可以帮忙看一下嘛

你要不然把完整的计算输出（整个计算流程）打个包传网盘上？另外CASTEP搜索过渡态的方式不是太好，要是做反应不是太推荐使用。

作者
Author: 认真学习的呆 时间: 2023-3-23 21:25
本帖最后由认真学习的呆于 2023-3-23 21:32 编辑

卡开发发发表于 2023-3-23 20:55
你要不然把完整的计算输出（整个计算流程）打个包传网盘上？另外CASTEP搜索过渡态的方式不是太好，要是做 ...

老师，我已经将文件上传了，麻烦您帮忙看一下。我是做分子在催化床上吸附和脱附整个催化分解的过程，然后需要搜索过渡态，计算频率和化学反应速率等数据，就是根据Adsorption and decomposition of monopropellant molecule HAN on Pd(100) and Ir(100) surfaces: A DFT study这篇文章做的，那用Dmol3会更好一点嘛。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2023-3-24 09:34

认真学习的呆发表于 2023-3-23 21:25
老师，我已经将文件上传了，麻烦您帮忙看一下。我是做分子在催化床上吸附和脱附整个催化分解的过程，然后 ...

你优化结构的时候，这个过程能量和力就没收敛到既定标准，这样提升你的收敛标准却又达不到也没有意义，也正因为如此，后续声子计算也因为检测到力阈值太大，按castep的机制就报错了。

DMol3比CASTEP好的地方在于，有完整的TS opt过程，可靠性比直接TS search要好很多，缺点也有，比如不能DFT+U，变晶胞优化算法太差等等。CASTEP要避免这个问题，也许可以通过ASE来调用CASTEP进行NEB或者Dimer来找过渡态，我没用做相关的测试，给不了什么直接的手段。

作者
Author: 认真学习的呆 时间: 2023-3-24 15:01

卡开发发发表于 2023-3-24 09:34
你优化结构的时候，这个过程能量和力就没收敛到既定标准，这样提升你的收敛标准却又达不到也没有意义，也 ...

谢谢老师，我重新使用Dmol3优化分子结构并计算了频率，但是会有虚频出现，请问应该怎么调整呢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2023-3-24 16:07

认真学习的呆发表于 2023-3-24 15:01
谢谢老师，我重新使用Dmol3优化分子结构并计算了频率，但是会有虚频出现，请问应该怎么调整呢

不好说，DMol3中解决虚频问题大概有几个尝试方向：
1、提升计算精度。
2、适当微调结构。
3、频率计算的差分步长适当调整。

作者
Author: 认真学习的呆 时间: 2023-3-25 17:15
本帖最后由认真学习的呆于 2023-3-25 19:23 编辑

卡开发发发表于 2023-3-24 16:07
不好说，DMol3中解决虚频问题大概有几个尝试方向：
1、提升计算精度。
2、适当微调结构。

非常感谢老师的耐心解答，我现在用castep已经搜索到了过渡态，但是想得到过渡态的虚频，老师您还有什么更好的办法吗。
我还想问一下，在计算中可以将castep和dmol3结合用嘛，就比如castep优化超晶胞更好一些就用castep来优化晶胞，dmol3搜索过渡态比较好，后面搜索过渡态时就用dmol3计算，这样会对得到的结果有影响嘛。
谢谢老师

作者
Author: 卡开发发 时间: 2023-3-26 22:29

认真学习的呆发表于 2023-3-25 17:15
非常感谢老师的耐心解答，我现在用castep已经搜索到了过渡态，但是想得到过渡态的虚频，老师您还有什么更 ...

原则上最好不要，虽然实际影响可能没那么大。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)