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标题: 求助mol2输入文件@<TRIPOS>BOND如何设置 [打印本页]

作者
Author: liurui 时间: 2023-3-23 15:35
标题: 求助mol2输入文件@<TRIPOS>BOND如何设置
首先 89和100指的是什么呢？
其次@<TRIPOS>BOND这个指的是什么呢？该如何得到这个键连接关系呢？为什么还有Ar呢？
# Title Card Required
# Created by GaussView 6.0.16
#

#
#

@<TRIPOS>MOLECULE
Molecule Name
89 100
SMALL
NO_CHARGES

@<TRIPOS>ATOM
1 C1 -0.0000    0.0000    7.9101 C
2 C2 -0.8554 -0.8554    7.2131 C
3 C3    0.8554    0.8554    7.2131 C
4 H4 -1.5202 -1.5202    7.7557 H
5 H5    1.5202    1.5202    7.7557 H
6 C6 -7.9101    0.0000 -0.0000 C
7 C7 -7.2131 -0.8554    0.8554 C
8 C8 -7.2131    0.8554 -0.8554 C
9 H9 -7.7557 -1.5202    1.5202 H
10 H10 -7.7557    1.5202 -1.5202 H
11 Zn11    1.1337    1.1337    1.1337 Zn
12 Zn12 -1.1337    1.1337 -1.1337 Zn
13 Zn13    1.1337 -1.1337 -1.1337 Zn
14 Zn14 -1.1337 -1.1337    1.1337 Zn
15 O15    0.0000    0.0000    0.0000 O
16 O16    0.7988    3.0469    0.7988 O
17 O17 -0.7988    0.7988 -3.0469 O
18 O18    3.0469 -0.7988 -0.7988 O
19 O19    3.0469    0.7988    0.7988 O
20 O20    0.7988 -0.7988 -3.0469 O
21 O21 -0.7988    3.0469 -0.7988 O
22 O22    0.7988 -3.0469 -0.7988 O
23 O23 -0.7988 -0.7988    3.0469 O
24 O24    0.7988    0.7988    3.0469 O
25 O25 -0.7988 -3.0469    0.7988 O
26 O26 -3.0469 -0.7988    0.7988 O
27 O27 -3.0469    0.7988 -0.7988 O
28 C28    0.0000    3.6275    0.0000 C
29 C29 -0.0000 -0.0000 -3.6275 C
30 C30    3.6275 -0.0000    0.0000 C
31 C31    0.0000 -3.6275 -0.0000 C
32 C32    0.0000    0.0000    3.6275 C
33 C33 -3.6275 -0.0000    0.0000 C
34 C34    0.0000    7.9101 -0.0000 C
35 C35    0.0000    5.1191    0.0000 C
36 C36    0.0000 -0.0000 -7.9101 C
37 C37 -0.0000 -0.0000 -5.1191 C
38 C38    5.1191 -0.0000    0.0000 C
39 C39    7.9101    0.0000    0.0000 C
40 C40    0.0000 -5.1191 -0.0000 C
41 C41    0.0000    0.0000    5.1191 C
42 C42 -5.1191 -0.0000    0.0000 C
43 C43    0.8554    7.2131    0.8554 C
44 C44    0.8569    5.8210    0.8569 C
45 C45 -0.8554    0.8554 -7.2131 C
46 C46 -0.8569    0.8569 -5.8210 C
47 C47    5.8210 -0.8569 -0.8569 C
48 C48    7.2131 -0.8554 -0.8554 C
49 C49    7.2131    0.8554    0.8554 C
50 C50    5.8210    0.8569    0.8569 C
51 C51    0.8554 -0.8554 -7.2131 C
52 C52    0.8569 -0.8569 -5.8210 C
53 C53 -0.8569    5.8210 -0.8569 C
54 C54 -0.8554    7.2131 -0.8554 C
55 C55    0.8569 -5.8210 -0.8569 C
56 C56 -0.8569 -0.8569    5.8210 C
57 C57    0.8569    0.8569    5.8210 C
58 C58 -0.8569 -5.8210    0.8569 C
59 C59 -5.8210 -0.8569    0.8569 C
60 C60 -5.8210    0.8569 -0.8569 C
61 H61    1.5202    7.7557    1.5202 H
62 H62    1.5138    5.2630    1.5138 H
63 H63 -1.5202    1.5202 -7.7557 H
64 H64 -1.5138    1.5138 -5.2630 H
65 H65    5.2630 -1.5138 -1.5138 H
66 H66    7.7557 -1.5202 -1.5202 H
67 H67    7.7557    1.5202    1.5202 H
68 H68    5.2630    1.5138    1.5138 H
69 H69    1.5202 -1.5202 -7.7557 H
70 H70    1.5138 -1.5138 -5.2630 H
71 H71 -1.5138    5.2630 -1.5138 H
72 H72 -1.5202    7.7557 -1.5202 H
73 H73    1.5138 -5.2630 -1.5138 H
74 H74 -1.5138 -1.5138    5.2630 H
75 H75    1.5138    1.5138    5.2630 H
76 H76 -1.5138 -5.2630    1.5138 H
77 H77 -5.2630 -1.5138    1.5138 H
78 H78 -5.2630    1.5138 -1.5138 H
79 C79 -0.0000 -7.9101    0.0000 C
80 C80    0.8554 -7.2131 -0.8554 C
81 C81 -0.8554 -7.2131    0.8554 C
82 H82    1.5202 -7.7557 -1.5202 H
83 H83 -1.5202 -7.7557    1.5202 H
84 H84 -0.0000 -8.9961 -0.0000 H
85 H85    0.0000    0.0000    8.9961 H
86 H86 -0.0000 -0.0000 -8.9961 H
87 H87 -0.0000    8.9961    0.0000 H
88 H88    8.9961    0.0000 -0.0000 H
89 H89 -8.9961    0.0000 -0.0000 H
@<TRIPOS>BOND
1 1 2 Ar
2 1 3 Ar
3 1 85 1
4 2 4 1
5 2 56 Ar
6 3 5 1
7 3 57 Ar
8 6 7 Ar
9 6 8 Ar
10 6 89 1
11 7 9 1
12 7 59 Ar
13 8 10 1
14 8 60 Ar
15 11 15 1
16 11 16 1
17 11 19 1
18 11 24 1
19 12 15 1
20 12 17 1
21 12 21 1
22 12 27 1
23 13 15 1
24 13 18 1
25 13 20 1
26 13 22 1
27 14 15 1
28 14 23 1
29 14 25 1
30 14 26 1
31 16 28 2
32 17 29 2
33 18 30 2
34 19 30 2
35 20 29 2
36 21 28 2
37 22 31 2
38 23 32 2
39 24 32 2
40 25 31 2
41 26 33 2
42 27 33 2
43 28 35 1
44 29 37 1
45 30 38 1
46 31 40 1
47 32 41 1
48 33 42 1
49 34 43 Ar
50 34 54 Ar
51 34 87 1
52 35 44 Ar
53 35 53 Ar
54 36 45 Ar
55 36 51 Ar
56 36 86 1
57 37 46 Ar
58 37 52 Ar
59 38 47 Ar
60 38 50 Ar
61 39 48 Ar
62 39 49 Ar
63 39 88 1
64 40 55 Ar
65 40 58 Ar
66 41 56 Ar
67 41 57 Ar
68 42 59 Ar
69 42 60 Ar
70 43 44 Ar
71 43 61 1
72 44 62 1
73 45 46 Ar
74 45 63 1
75 46 64 1
76 47 48 Ar
77 47 65 1
78 48 66 1
79 49 50 Ar
80 49 67 1
81 50 68 1
82 51 52 Ar
83 51 69 1
84 52 70 1
85 53 54 Ar
86 53 71 1
87 54 72 1
88 55 73 1
89 55 80 Ar
90 56 74 1
91 57 75 1
92 58 76 1
93 58 81 Ar
94 59 77 1
95 60 78 1
96 79 80 Ar
97 79 81 Ar
98 79 84 1
99 80 82 1
100 81 83 1
这是输入文件，谢谢各位老师！！！！

作者
Author: Jotaro 时间: 2023-3-23 18:45
89 原子数，100 键数，指的是链接关系，四列值分别为第x个键，键两端的原子序号，键的类型，1表示单键2表示双，Ar 苯环上的碳碳键，

作者
Author: zaqxs234 时间: 2023-3-23 21:48
你这个问题，但凡用一点点的搜索引擎都不至于问，这是社长的帖子，仔细看看吧：http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html

作者
Author: liurui 时间: 2023-3-24 12:30

zaqxs234 发表于 2023-3-23 21:48
你这个问题，但凡用一点点的搜索引擎都不至于问，这是社长的帖子，仔细看看吧：http://bbs.keinsci.com/thr ...

噗，谢谢老师，非常感谢

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